公司以《员工手册》和协议的形式，让劳动者放弃加班费，在条款中明确约定每晚20:00之前的工作时间不应计入加班时间，拒绝支付劳动者小刘的加班费差额，这样做是否合法？

首先，公司制度约定的加班起算时间无效。

用人单位的规章制度不得违反国家法律、行政法规及政策规定，如果公司在《员工手册》规定20：00之后起算加班时间，比正常下班的时间延后了两个小时，这样的条款既违反了法律法规，又未经民主程序制定公示并和劳动者确认，如公司未能作出合理的解释的，公司应承担为劳动者补齐加班费的责任。

其次，让劳动者放弃加班费协议条款无效。

《劳动合同法》第二十六条规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的，劳动合同无效或者部分无效。公司通过协议内容使劳动者放弃加班费的条款，明显排除了劳动者的合法权利，免除了公司自己的法定支付义务，这样的条款是无效的。用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班，如安排了加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。