当阿合马取得了阿克苏、吐鲁番的统治地位，控制了东莫卧儿斯坦和维吾尔斯坦地区，阿合马的哥哥马哈木继承了父亲羽奴思的家业。继位并成为塔什干和西蒙兀儿斯坦的统治者。

1488年，帖木儿王朝的最后统治者试图从马哈穆手中夺回塔什干，但在塔什干郊外的奇尔奇克地区被马哈穆击败。然而，马哈茂德犯了一个致命的错误。他收养了著名的穆罕默德昔班尼，并于1508年被昔班尼处决。

马哈木死后，察合台后裔被逐出西突厥斯坦，在天山东部生活了百余年。在维吾尔斯坦的吐鲁番、喀拉沙尔和库车地区，阿希玛的长子满速儿汗从1503年开始统治这里40年。最初，满速儿汗的处境很艰难。居住在喀什噶尔的杜格拉特部落伊米·阿巴扎其尔继续攻打阿克苏，掠夺了察合台后裔的财宝，随后又继续摧毁库车、拜城。

1514年，满速儿的弟弟赛义德汗对阿巴扎乞丐发起反攻，并于当年6月从阿巴扎乞丐手中夺回了喀什噶尔、莎车、和阗。乞丐逃到拉达克山区。另一位杜格拉特主义者，历史学家杜格拉特·梅尔扎(DarwinMeerza)在这场斗争中给予赛义德汗极大的支持。阿巴扎乞丐叛乱被平息后，天山东部成为赛义德汗兄弟的天下。

喀什本身就是赛义德汗统治的，赛义德汗的哥哥满速儿统治着莫卧儿斯坦的伊犁、于勒都斯以及整个回鹘斯坦。两兄弟之间的亲密关系确保了中亚的和平与统一。“旅客可以从费尔干纳到哈密，然后完全安全地进入中原。

据杜格拉特家族王位继承人穆罕默德海达尔二世所著的《拉失德史》书中记载，这一时期，察合台和杜格拉特家族的后裔已经拥有了相当先进的文化。羽奴思汗年轻时与察合台的后代生活在一起。在希拉，他接触到了波斯文化，并因此而带入了波斯的优雅。

同样，海达尔也是一个被社会环境彻底改造的蒙古王子。由于他是一个虔诚的穆斯林，他祖先的语言可能只是被认为是异教徒。事实上，他和他的祖先一样使用察合台突厥语，但他反映蒙古人在中亚历史的《拉失德史》是用波斯语写的。海达尔的朋友帖木儿王朝末代皇帝巴布尔也写了一部著名的回忆录，不过是用察合台突厥语方言写的。这些事实表明，16世纪初，东突厥斯坦已是文化繁荣的中心。

但今天，该地区的文化已经堕落到令人遗憾的地步。东突厥斯坦虽然没有像透眼地区那样长期作为文化中心的辉煌历史，但在突厥-波斯文艺复兴时期，撒马尔罕、布瓦拉的文学成就对喀什、阿克苏、吐鲁番地区产生了深远的影响。影响。海达尔与巴布尔的密切关系，说明察合台家族的可汗和杜格拉特家族的秘书是符合西方礼仪的。

巴布尔时期，已经伊朗化的撒马尔罕与东突厥斯坦关系非常密切，交往频繁。因此，河中的巴布尔可以用察合台突厥语书写，莫卧儿斯坦的伊米海达尔也可以用波斯语书写。

如果你认为16世纪察合台家族可汗建立的蒙古帝国是一个没落的帝国，这种观点无疑是错误的。这个时期，像羽奴思、海达尔这样的高学历人士的存在，完全可以反映出相反的结论。

在这片土地上，中原已经窒息了民族认同，他们极力阻止外来文化进入这片地区。当时，在这个地区，来自伊朗-突厥伊斯兰国家的各种文化还很活跃，羽奴思的人生经历就是一个很好的证明。羽奴思在西拉文学的影响下长大，后来成为库车和吐鲁番的统治者。

HaydarMierzan是一位文艺复兴时期的王子。1547年，在征服克什米尔之前，他与巴布尔在河中作战。他还帮助成吉思汗的后裔赛义德汗成功收复了喀什噶尔和莎车。虽然于勒都斯和回鹘斯坦各部落仍然过着古老的游牧生活，但察合台汗国最终将喀什、库车、特鲁姆、吐鲁番等回鹘古国与撒马尔罕分离，赫拉特的波斯文明与伊朗化的突厥文明联系在一起。

帖木儿王朝时期，伊斯兰突厥-伊朗文化开始复兴，察合台汗国的可汗试图将这种伊斯兰文化带到远东，也就是中原边境地区。这场战争记录在《明史》。《拉失德史》指出这场冲突是一场针对异教的圣战。双方争夺戈壁中的绿洲哈密。1517年，驻守哈密的乌鹘斯坦亲王满速儿向中原甘肃的敦煌、甘州发动进攻。与此同时，满速儿的弟弟、喀什统治者赛义德汗也在西藏拉达克省发动圣战。

满速儿的长子、继任者沙汗于1545年至1570年统治吐鲁番。他的弟弟马黑马向他发起挑战。在卫拉特人的支持下，马黑马很快占领了哈密大部。

到1570年沙汗去世时，马黑马已经成为吐鲁番的统治者，但他很快就受到弟弟佐菲尔坦的挑战。佐菲苏坦曾派使者到中原求援。然而，自佐菲苏坦以来，史书中就没有关于吐鲁番察合台汗国事件的记载。但有记载称，一位被中原人民认为是察合台汗国真正后裔的吐鲁番苏丹，曾于1647年和1657年两次派使者进京。

在喀什，赛义德·汗的儿子阿卜杜勒·拉希德继承了他父亲的王位。新汗很快就与强大的杜格拉特家族发生了争斗，他杀死了杜格拉特家族的一位领袖——历史学家海达尔的叔叔赛义德·马希玛·米尔扎。海达尔忠于赛义德汗，为赛义德汗征服拉达克做出了巨大贡献。然而，叔叔被杀后，他担心自己也会陷入困境，于是离开喀什前往印度。

1541年，海达尔成为克什米尔地区的统治者。拉希德继承王位后，一直与企图占领伊犁、伊塞克湖地区的吉尔吉斯哈萨克人进行斗争。杀。尽管拉希德尽了最大的努力，仍然没能阻止吉尔吉斯-哈萨克人占领莫卧儿斯坦的大部分地区，最终他的领土只剩下喀什。

1565年，拉希德去世，他的儿子阿卜杜勒·哈利姆继位。他一直掌权，直到1593年阿哈穆拉奇写了这本书。当时，喀什噶尔的首府是莎车，喀什是阿卜杜勒·哈林的弟弟马法麦德的封地。1603年，马法麦德继承了莎车阿卜杜勒哈利姆的王位，而阿克苏则落入马法麦德的侄子手中。

关于喀什王朝的事迹，史书上已经没有更多的记载了。不过，埃涅阿斯曾提到，1750年至1775年间，王朝中可能存在一位名叫伊斯玛仪的可汗。不过，当时的喀什察合台汗国可能已经分裂为莎车、喀什、阿克苏、于阗等几个小汗国，它的权力掌握在伊斯兰哈祖手中。

和卓，信仰伊斯兰教的穆斯林，他们自称是先知穆罕默德或阿拉伯前四任哈里发的后裔。在布哈拉和喀什，这样的家庭还有很多。据《拉失德史》记载，喀什噶尔统治者赛义德汗深受这些和卓人的影响，成为一名虔诚的穆斯林。萨伊德汗甚至想成为一名托钵僧，但在他强烈劝阻他离开撒马尔罕后才放弃了这个想法。

赛可汗还祭拜了另一位被誉为老师、能创造奇迹的赫卓哈斯拉·玛希杜米·努烈。1536年，这位何卓以喀什穆斯林信徒的身份前往印度。当地还有一个传说：1533年，另一位杰出的和卓从撒马尔罕来到喀什参加喀什噶尔汗与乌兹别克人的谈判。这个和卓有两个妻子，两个儿子。他的一位妻子来自撒马尔罕，另一位来自喀什。和卓的两个儿子将彼此的仇恨传给了自己的孩子，喀什噶尔分裂为两派，一派称为白山派，一派称为黑山派。白山派统治喀什，黑山派统治叶尔羌。

无论是什么原因造成了喀什的分裂，事实上，从16世纪末到17世纪中叶的几十年里，两派都在喀什享有实权。在伊犁地区，白山派有吉尔吉斯哈萨克族的支持，在天山以南，黑山派有喀拉吉尔吉斯族的支持。察合台汗国的后裔逐渐被这两个伊斯兰教教派所控制。直到1678年，喀什噶尔最后一位可汗伊斯梅尔才开始反击这两个伊斯兰教教派。

伊斯梅尔将白山派首领哈西尔·阿巴克和卓逐出喀什，阿巴克向准噶尔求救。准噶尔人进入喀什噶尔，俘虏了伊斯梅尔，并任命阿巴克接替他的位置。准噶尔人还帮助阿巴克击败了他的另一个对手，即莎车的黑山派，后者将莎车定为首都。至此，阿巴克统一了喀什。然而，它处于“伊斯兰神权政治”的保护伞下，是准噶尔人建立的新蒙古帝国的附庸国。