先天免疫反应必须在感染后期及时终止防止不必要的炎症。m6A修饰的RNA及其结合伙伴在这一过程中的作用尚不清楚。
2023年10月3日，浙江大学/南开大学/中国医学科学院/北京协和医学院曹雪涛团队在Cell Reports在线发表题为“Enzymolysis-based RNA pull-down identifies YTHDC2 as an inhibitor of antiviral innate response”的研究论文，该研究开发了一种基于酶解的RNApull-down(eRP)方法，利用酿脓链球菌(IdeS)的免疫球蛋白G降解酶来提取m6A修饰的RNA相关蛋白。
该研究利用eRP捕获甲基化单链RNA (ssRNA)探针相关蛋白，并鉴定YT521-B同源结构域2 (YTHDC2)为m6A修饰的干扰素β (IFN-β) mRNA结合蛋白。YTHDC2在病毒感染后期在巨噬细胞中被诱导，募集IFN刺激的外切酶ISG20 (IFN刺激的外切酶基因20)来降解IFN-β mRNA，从而抑制抗病毒先天免疫反应。体外和体内缺乏YTHDC2会增加病毒感染后期IFN-β的产生。
另外，2023年9月6日，中国医学科学院北京协和医学院曹雪涛及Xu Xiaoqing共同通讯在Cell Death & Disease在线发表题为”Lysine methyltransferase SMYD2 inhibits antiviral innate immunity by promoting IRF3 dephosphorylation“的研究论文，该研究报道赖氨酸甲基转移酶SMYD2在病毒感染时抑制巨噬细胞中IFN-I和促炎细胞因子的表达。Smyd2缺陷小鼠通过产生更多的IFN-I和促炎细胞因子来抵抗病毒感染。在机制上，SMYD2抑制巨噬细胞对病毒感染的IRF3磷酸化，而不依赖于其甲基转移酶活性。该研究发现SMYD2通过其插入SET结构域(SETi)与IRF3的DNA结合域(DBD)和IRF关联域(IAD)结构域相互作用，并可募集磷酸酶PP1α以增强其与IRF3的相互作用，从而导致IRF3在抗病毒先天应答中的磷酸化降低。总之，该研究发现SMYD2是对抗病毒感染的IFN-I产生的负调节因子。这种调节IRF3磷酸化的新方法将有助于了解先天反应中IFN-I的产生，并可能干预相关的免疫疾病。
2023年7月4日，浙江大学/中国医学科学院/北京协和医学院/海军军医大学/南开大学曹雪涛团队在Cell Death & Disease在线发表题为“E3 ligase HECTD3 promotes RNA virus replication and virus-induced inflammation via K33-linked polyubiquitination of PKR”的研究论文，该研究报道了E3泛素蛋白连接酶HECTD3的缺乏导致体外和体内RNA病毒清除加速和炎症反应减少。在机制上，HECTD3与dsRNA依赖性蛋白激酶R (PKR)相互作用并介导PKR的Lys33连接的泛素化，这是PKR的第一个非蛋白水解泛素修饰。这一过程破坏了PKR的二聚化和磷酸化以及随后的EIF2α活化，从而导致病毒复制加速，但促进了PKR-IKK复合物的形成和随后的炎症反应。这一发现表明，一旦药理抑制，HECTD3是同时抑制RNA病毒复制和病毒诱导炎症的潜在治疗靶点。
2023年5月20日，海军军医大学/中国医学科学院/北京协和医学院/南开大学曹雪涛团队在Journal of Autoimmunity在线发表题为“Metabolic enzyme Suclg2 maintains tolerogenicity of regulatory dendritic cells diffDCs by suppressing Lactb succinylation”的研究论文，该研究表明代谢酶Suclg2可以通过抑制Lactb琥珀酰化维持树突状细胞diffDCs的耐受性。该研究发现琥珀酸-辅酶A连接酶亚基β-Suclg2是一种关键的代谢酶，通过阻止NF-κB信号激活，将成熟DCs的促炎状态重编程为耐受性表型。diffDCs在向成熟DCs分化的过程中下调琥珀酸水平，增加Suclg2的表达。suclg2干扰破坏了diffDCs诱导T细胞凋亡的耐受性功能，增强了diffDCs中NF-κB信号的激活和炎症基因CD40、Ccl5和Il12b的表达。此外，该研究发现在lysine 288残基琥珀酰化被Suclg2抑制的diffDCs中，Lactb是NF-κB信号转导的一个新的正调节因子。该研究表明Suclg2是维持diffDCs免疫调节功能所必需的代谢酶，为DCs免疫和耐受代谢调节的机制提供了新的认识。
2023年4月18日，海军军医大学/中国医学科学院基础医学研究所/南开大学曹雪涛及海军军医大学刘娟在Trends in Cell Biology在线发表了题为“Glucose metabolism of TAMs in tumor chemoresistance and metastasis”的综述论文，该综述总结了糖代谢对TAM的影响：（1）TAM中葡萄糖代谢的增加导致多种肿瘤代谢物的积累，这些代谢物通过调节基因表达和信号转导表现出强大的促肿瘤能力；（2）葡萄糖摄取也促进o- glcn酰化和其他翻译后修饰，促进TAM的促肿瘤极化和功能；（3）葡萄糖代谢协调TAMs与TME中各种类型细胞之间的相互作用，形成一个促进肿瘤进展的复杂网络；（4）靶向葡萄糖代谢是将TAM从促肿瘤功能转变为抗肿瘤功能的一种有希望的癌症治疗策略。
2023年2月15日，中国医学科学院北京协和医学院曹雪涛及姜明红共同通讯在Cell Reports在线发表题为“RNF138 inhibits late inflammatory gene transcription through degradation of SMARCC1 of the SWI/SNF complex”的研究论文，该研究为核小体重塑、炎症和泛素化之间的相互作用提供了机制上的见解，并强调了E3泛素连接酶在控制炎症反应的程度和持续时间方面的重要作。
2023年1月18日，海军军医大学/中国医学科学院北京协和医学院/南开大学曹雪涛及海军军医大学刘娟共同通讯在Cell Reports在线发表题为“Glycosyltransferase Extl1 promotes CCR7-mediated dendritic cell migration to restrain infection and autoimmunity”的研究论文，该研究表明糖基转移酶Extl1促进CCR7介导的树突状细胞迁移以抑制感染和自身免疫。该研究为CCR7触发的DC迁移在免疫和耐受性中的调控提供了机制见解，并为治疗感染性和自身免疫性疾病提供了潜在的靶点。
2023年1月5日，海军军医大学曹雪涛与刘娟在Cell Research杂志在线发表题为“RBP–RNA interactions in the control of autoimmunity and autoinflammation”的综述文章，这篇综述总结和讨论了RBP-RNA相互作用在控制异常自身免疫性炎症中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。
感染诱导的先天免疫反应是清除病原体的关键。同时，许多策略已经在宿主体内发展，以确保及时终止先天免疫反应，以防止不必要的炎症和组织损伤。例如，产生足够的I型干扰素(IFN-I)可确保病毒清除；然而，在病毒感染后期，IFN-I的表达也受到不同类型的负调控因子的抑制。不能适当抑制IFN-I的产生将增加慢性感染和炎症性自身免疫性疾病发生的风险。因此，需要进一步研究紧密调节先天反应和炎症的新途径。
基因表达的转录后调控在控制先天免疫反应的大小和持续时间方面起着重要作用其中，m6A修饰已被发现在先天免疫转录物的转录后调控中起关键作用，特别是在易位、翻译和稳定性方面特别是，据报道，m6A修饰降低了IFN-β mRNA的稳定性，促进了病毒的传播。然而，先天免疫应答中IFN-I表达的转录后调控的详细机制在很大程度上仍然未知。
机理模式图（图源自Cell Reports）
RNA-蛋白相互作用对抗病毒先天反应的调控至关重要。RNA-蛋白相互作用的精确鉴定和功能研究可以帮助人们更好地理解转录后基因调控。RNA pull down通常用于研究RNA-蛋白质相互作用，其中生物素标记的RNA首先与链霉亲和素磁珠偶联，然后使用RNA珠从细胞裂解物中pull down相关的蛋白质复合物。RNA结合蛋白(RBPs)最后在变性缓冲液中煮沸洗脱。然而，磁珠本身通常会非特异性地结合大量蛋白质。这些蛋白质在洗脱时会产生噪音，使蛋白质鉴定的准确性复杂化。因此，需要开发能够减少这些噪音的策略。
IdeS的免疫球蛋白G (IgG)降解酶是一种由酿脓链球菌产生的半胱氨酸蛋白酶。IdeS可以特异性地在铰链区下方的第237个甘氨酸残基处切割IgG重链(HC)，从而产生F(ab’)2和Fc片段。由于这种针对IgG的特异性活性，IdeS已被用于降解器官移植和自身免疫性疾病患者的自身抗体。然而，IdeS的这种酶活性也表明其作为抗体相关实验的有价值工具的潜力更大，例如用于鉴定RBPs的RNA pull down。
该研究开发了一种基于酶解的RNA pull down(eRP)方法，该方法使用IdeS降解IgG抗体以洗脱m6A修饰的RNA相关RBPs。利用eRP，在巨噬细胞中发现YTHDC2是m6A修饰的IFN-β mRNA的结合蛋白，并发现YTHDC2募集IFN-刺激的外切酶ISG20 (IFN-刺激的外切酶基因20)来降解IFN-β mRNA，从而在病毒感染后期终止先天免疫反应。该研究建立了一种eRP方法来有效地识别RNA蛋白质相互作用，并为维持体内平衡的先天反应的终止提供了机制见解。
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113192
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