抗战进入到1939年，日军虽在正面战场接连取胜，侵占中国大片土地，但仍不能摧毁中国军民的战斗意志。
事实上，随着战线的延长以及守备区域扩大，日军兵力愈发紧张。由此，日海军部认为，陆军已再难实施大规模作战，必须通过切断中国对外通道，断绝外援命脉，从而尽早结束战争。
此釜底抽薪之计极其毒辣，当时中国工业十分薄弱，用于作战的武器、药品等急需物资，需经由外界输入。主要通路有两条：一是连接广西、越南的中越铁路，二是连接云南和缅甸的滇缅公路。中越线作用尤为突出，1939年9月运入中国的1万多吨物资，经由中越线的占八成以上。
当时广西由桂系驻防，但在部署上存在漏洞，兵力布防基于以下预判：日军最可能的进攻路线是从海南岛出发，由较近的湛江登陆再北上侵桂，而不会绕远从北海至防城一线登陆。
因此兵行险招，在这段海岸线只象征性放了两个师，其中防城到钦州一带是新编19师防区，这支由民团而来的部队，战斗力较为有限。
如此布置显然低估了日军的“冒险精神”，那是一群彻头彻尾的亡命之徒。1939年11月13日，以第5师团和台湾混成旅团为主的日军部队，约3万余人，从三亚秘密出发，直奔防城—钦州一线。17日防城、钦州失陷，随即北上威逼南宁。
由于事发突然，赶到南宁布防的只有桂系两个师及200师一部，而钦州距南宁仅一百多公里，日军进展极快，到24日南宁即告失守。
昆仑关位于南宁东北约60公里处，是一片丘陵地带，以南以北皆为平地，因地形地貌复杂，被视为南宁门户。12月4日昆仑关被日军侵占，并留下一个800余人的精锐大队看守。
至此，中越运输线被切断，而日军所付出的代价不过是伤亡900余人。
当日军初占南宁时，白崇禧就提出，趁敌兵力薄弱（3万多）后援未继时发动反攻，但没得到批准。直到12月份，方才确定先打昆仑关而后收复南宁。但此时日军防御布置已完成，错过了最佳时机。
包括第5军在内约14万余国军陆续集结到位，第5军主攻，其余部队协攻或阻援。
着重介绍下此战“主角”第5军，系国军五大主力之一，配备德、苏、意等国先进武器装备，是一支机械化部队，战斗力在国军序列中属于顶尖。军长杜聿明，麾下名将云集，下辖荣1师（郑洞国）新22师（邱清泉）和200师（戴安澜）。
攻击部署如下：由200师和荣1师负责正面攻击；新22师迂回昆仑关背后，阻击南宁方向援军；另以两个团兵力侧翼辅攻。
12月18日战斗打响，经过炮火准备后，步兵开始攻坚，由于守关日军没有退路，只能亡命相抗。更为麻烦的是，南宁日军派出大批飞机，疯狂对国军扫射轰炸，给攻击造成巨大障碍。因此在攻击当天国军虽取得重大进展，但未能拿下目标。
战至次日，已夺取日军主阵地，将残余日军压在几个小高地上，眼看胜利在望。然而在此要紧关头，形势发生重大变化。
南宁日军派出21旅团三木联队前来支援，当路过新22师阻援线时，被邱清泉故意放过，让其钻入战车部队预设伏击圈。面对国军坦克的痛击，无法反抗的三木联队只得抱头鼠窜，汽车和重武器几乎损失殆尽，但步兵得以大部保全，与昆仑关日军会合。
由此暴露了国军坦步协同的漏洞，如果配合得当应可全歼三木联队。邱清泉冒着军法处置的风险，擅自纵敌入套，也落下个“邱疯子”的绰号。
得到补充的昆仑关守敌进行疯狂反扑，重新夺回主阵地，而后固守待援，第5军之前的成果付诸东流。
此时南宁日军方感不妙，急忙调兵遣将支援昆仑关，台湾混成旅团两个联队被死死堵在外围，其中第2联队长渡边大佐被击毙，只得退回。
战斗渐趋白热化，进入胶着阶段，昆仑关守敌渐渐不支，频繁告急，而21旅团长中村正雄也率部拼命靠拢，无奈遭受严厉阻击而难于寸进。
12月21日，国军上峰对迟迟未能攻克昆仑关十分不满：“前方各部如不能努力进攻，或限期内完不成任务者，当以畏敌论罪，可就地处置”。这等于给前线部队下了死命令，“不成功便成仁”。
接下来是亮点，24日，中村正雄和军官们在路边开会时，被200师某部发现，迫击炮弹如雨点般飞入会场，令21旅团长中村正雄重伤而亡。在他的口袋中发现一个日记本，上面写道：
21旅团在日俄战争中赢得钢军称号，是因为我方顽强超过了俄国人的顽强。但是在昆仑关，我遇到了比俄国军队更顽强的军队。
中村的死亡令21旅团陷入混乱，其职位由42联队长坂田接替，并于29日突破防线进入昆仑关，当他会同三木战损统计后，悲哀的发现，整个21旅团只剩余3千多残兵，弹药也所剩无几，无奈下只得削竹为刀，做好“为天皇尽忠”的准备。
此时国军已攻克界首高地，居高临下用迫击炮、机关枪招呼残余日军。而不甘引颈就戮的日军，也展开疯狂的自杀式攻击，给国军造成重大损失。
战至12月31日，坂田绝望自杀，战役进入收尾阶段。1940年1月3日，第5军发起最后总攻，全歼21旅团残余。
昆仑关战役令日军伤亡8000余人，21旅团几被全歼，所有中高级军官阵亡，低级军官阵亡率八成以上，伤亡6000余人，其中阵亡4000余人。日军战史对此写道：“通观事变以来全部时期，这是陆军最为暗淡的年代”。字里行间充斥着凉凉的味道。
第5军损失也极为惨烈，伤1.1万余，阵亡5600余，另有失踪者800余，虽被打残但建制依然完整。
随着日本援军不断到来，南宁地区敌我兵力已趋向对等，同年2月底，桂南会战结束。
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