1916年6月7日，黎元洪继任大总统，政府改组势在必行，此时，国会中的一些浙江籍议员审时度势，决定邀请正在国外的蔡元培回国担任浙江省省长，他们发电与蔡元培商量，正在德国的蔡元培回复称，他可以回国，但并不想做官。
正当北京的马叙伦听闻汤尔和提到北京大学校长胡仁源面临困境时，他灵机一动，建议不妨请蔡元培回来接替胡仁源的职务，汤尔和表示赞同，但提出蔡元培并非善于办事的人才，需要有人协助他马，叙伦毫不犹豫地表示自己目前无法协助，但他会事先安排好北京大学内部的事宜，确保蔡元培能够顺利上任，之后也不会有任何问题。
蔡元培
马叙伦提出，可以邀请陈独秀担任文学院院长，这无疑是一个非常合适的人选，理学院院长则由夏元瑮担任，他的声望完全够格，法学院院长继续留任，同时再请沈尹默在实际上提供帮助，汤尔和对此表示高度赞同。
第二天，汤尔和急忙向教育总长范源廉汇报，范源廉正为找不到合适的校长而烦恼，听到汤尔和的推荐后，顿时喜出望外，于是，在九月一日，范源廉以北京政府教育总长的名义，向尚在法国巴黎的蔡元培发出邀请，请他回国担任北京大学校长。
蔡元培，这位中国文化孕育出的著名学者，充满了西洋学人的精神，尤其是古希腊文化中的自由研究精神，他对学问的信仰，源于对古希腊文化的深入理解，这种信仰与中国传统的“学以致用”思想形成了强烈的对比，蔡元培对学问的看法，据蒋梦麟所说，基本上与孙中山的看法一致，只不过孙中山的见解源自自然科学，而蔡元培的见解则源于希腊哲学。
蔡元培认为，对美的欣赏的重要性甚于宗教信仰，这一观点堪称与古希腊文化交融的典范，在他的思想中，融汇了中国学者对自然的传统热爱与希腊人对美的敏感，由此衍生出对西洋雕塑和中国雕刻的喜爱，他倾心于中国的山水画，也同样醉心于西洋油画，对于中西建筑和中西音乐，他都持有同样的喜爱。
他对宗教的看法，基本上沿袭了中国人的传统观念，认为宗教只是道德的一部分，他希望通过培养爱美的习惯来提升青年的道德观念，这也就是古人所云“移风易俗莫大于乐”的传统信念，高尚的道德源自七情调和，而七情调和则必须借助艺术和音乐，或与音乐有密切关系的诗歌。
蔡元培对自然科学怀有虔诚的信仰，他坚信科学不仅可以催生发明、机器以及其他实际利益，更可以培养系统的思想和研究心理习惯，有了系统的思想和研究，才有了定理定则的发现，而定理定则是一切真知灼见的基础。
△蔡元培与蒋梦麟（左一）、胡适（左三）、李大钊（左四）合影。图片来源：浙江在线
年轻时的蔡元培才华横溢、见解精辟，与当时四平八稳、言之无物的科举八股形成鲜明的对比，他曾在绍兴中西学堂担任校长一职，某日晚上参加宴会时，他酒过三巡后高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底性，因为他主张保留清室来领导维新，说到激昂处，他高举右臂喊道：“我蔡元培可不这样，除非你推翻清廷，否则任何改革都不可能！”
蔡元培在早年的生活中撰写了许多才华横溢、见解精辟的文，章与当时四平八稳、言之无物的科举八股形成强烈的对比，一位浙江省的老举人曾经告诉蒋梦麟，蔡元培写过一篇怪文，一开头就引用《礼记》里的“饮食男女，人之大欲存焉”一句，交卷时间到时，他就把这篇文章交给考官，蔡元培就在这场乡试里中了举人，后来他又考取进士，当时他不过三十岁左右，之后便成为翰林。
1916年的冬天，蔡元培在法国接到教育部的电报，紧急回国接任了北京大学校长，当他到年底回国的时候，他初到上海，有人劝他不必急于就职，他们说北京大学腐败不堪，若不能进行整顿，反而会损害他的声誉，蔡元培明白这种劝告是出于对他的爱护，然而，也有少数人认为，既然知道北京大学腐败，更应该进去整顿，即使失败了，也算是尽心尽力了，这如同“我不入地狱谁入地狱”的意味，当然，责任心驱使蔡元培接受了后一种观点，因此，他决定无论是否担任北京大学校长，都应该进京实地考察，看看能否着手进行整顿，他决定用实际行动回应所有的质疑和挑战。
△1920年6月，蔡元培（前排右二）与到北京大学讲学的法国数学家班乐卫等合影。图片来源：北京参事室文史馆
12月26日，大总统黎元洪颁布法令，任命蔡元培为北京大学校长，新的一年如期而至，蔡元培于1月4日正式上任，接管了这所知名学府的领导权，这位新任校长迅速展现出他坚定的决心和高效的工作态度，着手开始对北京大学进行一系列深刻的改革，1月9日，蔡元培发表了就职演说，他以“抱定宗旨”、“砥砺德行”、“敬爱师友”作为治理整顿北京大学的基本方针，他提醒在场的每一位学生：“诸君来此求学，必有一定宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质，”他强调，大学是研究高深学问的地方，而非追求功名利禄的场所。
蔡元培以一种既充满热情又诚恳的态度对北京大学的学生们说：“现在外面的人常常指责北京大学腐败不堪，他们认为所有来这里求学的人都有做官发财的念头，然而，我们是否真的如此不堪我呢们？是否真的只关心自己的利益而忽视学问？让我们扪心自问，如果我们真的如此腐败，那么我们的内心会感到满足和快乐吗？我们应该知道，只有通过不断地学习和努力，才能实现我们的理想和追求。”
蔡元培的这番演讲，犹如一盏明灯，照亮了北大师生的前行之路，他的话语中充满了对大学的热爱和对学生的关心，他告诫学生们要抱定宗旨，不为功名利禄所动摇，只有通过这样的坚持和努力，才能实现个人的价值和追求。
在蔡元培的领导下，北京大学开始了新的篇章，他的改革措施有力地推动了学校的发展，使得这所著名学府在国内外享有更高的声誉，蔡元培的演讲和他的改革措施都体现了他的教育理念和价值观，这些都深深地烙印在了北京大学的历史上。
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