（3）哈布斯堡王朝时期（1580—1640年）
在1580至1640年这段期间，葡萄牙国王塞巴斯蒂昂一世绝嗣，恩里克一世继位。西班牙国王腓力二世塞巴斯蒂昂一世的舅舅的身份打败了恩里克一世，王位以便落入腓力二世的哈布斯堡王朝手中，而它更成就西班牙殖民帝国的霸主地位。同时，葡萄牙也受西班牙哈布斯堡王朝的支配，于是西班牙国王腓力二世便联合了所有位于伊比利亚半岛的舰队，以清除从亚速尔群岛来进行贸易的法国人。因此，亚速尔就成为最后一个抵抗腓力二世统治的葡萄牙领地。
但与此同时，葡萄牙却开始扩张在条约协定的分界线以西的地方，并在1616年发动了一次军事扩张，驱逐了法国在南美洲的殖民者。此外，葡萄牙人更在1625年率领舰队占据了由荷兰人控制的萨尔瓦多城市。但好景不常，自1627年卡斯蒂里亚经历经济大崩溃后，荷兰人便乘机组织海军，并破坏了西班牙的海上贸易。自此，英荷两国便开始频繁攻击葡萄牙的海岸线，以掠夺西班牙的财富。西班牙人完全不能应付海军的威胁，因此爆发了西荷战争。
1638年至1640年间，荷兰逐渐控制了巴西东北部的地区，并以累西腓为首府。但1648年葡萄牙在对荷兰战争的胜出才扭转这个局势，荷兰当局其后交还巴西予葡萄牙。虽然荷兰在巴西的殖民政策失败了，但其后荷兰却抢夺了锡兰、好望角和东印度群岛一带的土地，更垄断了在日本长崎市的贸易。自此，葡萄牙在远东的势力减少至澳门和东帝汶两地。
（4）巴西帝国 (1640—1822年)
1661年，葡萄牙给予英国孟买和丹吉尔两地作为两国联姻的嫁妆。而其后一百年，英国乘印度莫卧儿帝国的崩溃而逐渐控制整个印度及其贸易。但葡萄牙手中仍然掌握西印度的果阿等地。在1755年里斯本发生了惨绝人寰的大地震后，葡萄牙的殖民野心就被动摇了。因此，葡萄牙殖民帝国在18世纪开始再次走下坡。
尽管巴西在起初并不太重要，但它后来却成为了葡萄牙殖民地的中心，尤其是它积存了来自葡萄牙大量的黄金、宝石、甘蔗、咖啡和谷物等。葡萄牙更在此进行了黑人奴隶的贸易，因此巴西的人口开始大增，并开始走上发展之路。
而巴西的独立运动也在此时开始萌生。在1789年曾经发生过一次起义，但最后失败，领导者亦被绞死。而1808年，法国的拿破仑声称葡萄牙暗中援助英国，因此对葡萄牙发动入侵。而葡萄牙摄政王若奥亲王为免受到波及，便把王室迁往巴西。而若奥六世在1812年赶回葡萄牙以解决国内的问题，并留下儿子佩德罗作巴西摄政王。其后在人民的强烈呼声下，佩德罗便领导人们进行巴西的独立。最后，他在1822年正式加冕为巴西帝国皇帝，而巴西也在此时独立于葡萄牙。
（5）非洲帝国(1822—1945年)
在殖民主义高涨的19世纪中，葡萄牙几乎已经失去了其在南美和亚洲的全部领土。为了挽回劣势，葡萄牙便把殖民政策投放在非洲身上，并把佛得角、圣多美普林西比、几内亚比绍、安哥拉和莫桑比克置于控制之下。
（6）日渐式微
1578年6月，葡萄牙国王塞巴斯蒂昂以讨伐异教徒为名，率军2.5万人（雇佣兵为主）在丹吉尔登陆，开始了对摩洛哥的战争，摩洛哥被废国王穆泰瓦基勒率部投降。摩洛哥国王阿卜德·马立克率步，骑兵5万人迎战。8月4日，葡萄牙军在马哈赞河畔的凯比尔堡附近发起进攻，揭开了马哈赞河会战的序幕。由于此役有葡萄牙国王塞巴斯蒂昂，摩洛哥废王穆泰瓦基勒和摩洛哥国王马利克三位国王参战，历史上称这场战争为“三王之役”。这场战争以葡萄牙人的惨败而告终。
1580年，西班牙兼并了葡萄牙。到1640年，葡萄牙人终于从西班牙的统治下解放出来，若昂四世继位为王。但好景不长，葡萄牙首都里斯本发生大地震，整个城市毁于一旦，惟有王室的全体成员因在热罗尼姆斯大教堂做弥撒而幸免遇难。
1665年，刚果宣布推翻葡萄牙人的统治而成为一个民族独立国家。
19世纪初，法国拿破仑的军队和西班牙的军队进占葡萄牙，王室全体成员和国王去巴西避难。14年后，葡萄牙人在英国军队的帮助下赶走了法国人，葡萄牙国王若昂六世将佩德罗王子留在巴西继续执政，他自己回了国。第二年也就是1822年，若昂六世写信给佩德罗王子要他回葡萄牙，但佩德罗王子撕毁了父亲的信，向周围的人宣布说：巴西从此脱离葡萄牙。他说这话时，是在里约热内卢附近的伊皮兰加河。从此，佩德罗成为巴西帝国的首任皇帝。葡萄牙在东方帝国崩溃之后，在美洲的这一大块殖民地也失去了，从此它走向衰落。1824年，美国承认巴西独立，1825年，葡萄牙也不得不承认这一残酷的现实。
（7）帝国瓦解（1945—1999年）
第二次世界大战后，很多欧洲国家也纷纷自愿及被迫放弃其殖民地。葡萄牙却选择拒绝放弃其殖民地，因此它仍然维持着庞大的殖民帝国。1961年，果阿及葡萄牙统治的印度地区受到印度的入侵，而被迫交还印度。一直到1974年葡萄牙国内发生康乃馨革命，葡萄牙政府才不得不放弃海外殖民地。
20世纪60年代以后，在非洲民族解放斗争高涨，大多数国家已获得独立的形势下，葡萄牙总理萨拉查法西斯独裁政权仍坚持殖民政策，实行陈旧的直接统治制，对国际上宣称葡没有殖民地，只有“海外省”。
1956年，安哥拉和几内亚比绍首先成立民族主义政党“安哥拉人民解放运动”（简称“安人运”）和“几内亚和佛得角非洲独立党”（简称“几佛独立党”）。1957年“安哥拉民族解放阵线”（简称“安解阵”）又宣告成立。莫桑比克也成立了若干影响较小的政党。他们积极进行组织宣传，发动游行示威，希望通过和平方式争取独立。但葡萄牙殖民当局的反应是：将本土的秘密警察调到殖民地，加强控制镇压。1959年8月，葡军警在葡属几内亚的比绍开枪打死示威工人50多人。随后，在安哥拉逮捕了安人运领导人阿戈什蒂纽·内图。次年，又在莫桑比克的木韦达打死500多人。殖民地人民被迫拿起了武器。
安哥拉、几内亚比绍和莫桑比克人民的反殖武装斗争，给葡萄牙当局以沉重打击。为了镇压殖民地日益强大的爱国武装力量，它不得不把越来越多的军队和物资投入非洲，应付殖民战争的需要。1972年，葡萄牙20万兵力中约有16万陷入非洲。据官方公布的数字，到1974年5月止，葡军共伤亡3.4万余人，另有8.4万多人“生病”。战场上的兵源急需补充，而国内兵源不足，迫使葡萄牙当局延长士兵服役的期限，甚至强迫不适于服役的人入伍。殖民战争也使葡萄牙军费开支连年增加。1963年葡萄牙本土及殖民地的军费支出为1.93亿美元，而1967年的军事预算仅海外领地一项即达2.17亿美元。葡萄牙当局所进行的殖民战争在本土也开始引起各阶层人民的不满。60年代末70年代初，葡萄牙国内的工人、青年、学生等各阶层群众广泛开展罢工、罢课、游行示威，反对继续镇压非洲民族解放运动，要求民主与自由。被派往非洲的葡萄牙士兵及下级军官越来越多地采取集体逃跑、拒绝上船出发、甚至起义等方式，反对政府在非洲进行的殖民战争。
由于萨拉查和卡埃塔诺两届政府都顽固地支持在非洲继续进行殖民战争，葡萄牙内外矛盾都越来越尖锐，政局越来越不稳定。1974年4月25日，葡萄牙军队中一批中下级军官发动“康乃馨革命”，推翻了卡埃塔诺政府。新政权表示，将采取政治解决办法而不是军事办法解决海外战争问题。
首先同葡萄牙新政权举行谈判并实现政治解决的是几内亚比绍反殖力量的代表。几内亚比绍人民早在1973年9月23—24日在东部的马迪纳—博埃解放区举行了第一届全国人民议会，正式宣布成立几内亚比绍共和国，几佛独立党新任总书记路易斯·卡布拉尔就任国务委员会主席。至1974年3月，几内亚比绍共和国得到了70多个国家的承认，被接纳为非统组织的成员国。联合国也承认它是独立主权国家。但葡萄牙殖民当局拒绝承认几内亚比绍的独立，并继续占领其部分地区。卡埃塔诺政府垮台后，几内亚比绍共和国派出代表和葡萄牙新政府的代表在伦敦、阿尔及尔等地进行谈判。双方于1974年8月26日达成协议，葡萄牙宣布在法律上承认几内亚比绍共和国，并同意在同年10月31日以前全部撤出它在几内亚比绍的军队。
1974年6月及9月，莫解阵先后两次派出代表同葡萄牙新政府进行谈判，揭露葡萄牙提出的“葡非联邦”的殖民主义本质，坚持要实现完全独立的立场。在莫解阵的努力下，双方达成了《卢萨卡协议》，葡萄牙承认莫桑比克人民的独立权。1975年6月25日，莫桑比克正式宣告独立，莫解阵主席马谢尔就任总统。
非洲其他葡萄牙殖民地也相继加快独立步伐。1975年7月12日，圣多美和普林西比宣告独立。1975年7月5日，佛得角群岛正式宣布独立。
从1975年1月15日起，安哥拉三个民族主义组织在葡萄牙的阿沃尔市同葡萄牙政府举行了一系列谈判，最后签署了关于安哥拉独立的协议，承认安哥拉人民的独立权利，并承认三个民族主义组织是安哥拉人民的合法代表。但由于权力分配上的矛盾，砸碎殖民枷锁半月之后，便爆发了安哥拉内战。安人运于1975年11月11日单独宣布成立安哥拉人民共和国，内图就任总统。至此，除了亚速尔群岛及马德拉群岛外，葡属非洲殖民帝国基本上瓦解了。
葡萄牙所属的非洲殖民地成为莫桑比克、安哥拉、几内亚比绍、圣多美与普林西比等国，而在亚洲的两处殖民地东帝汶与澳门中，葡萄牙放弃葡属东帝汶，东帝汶不久独立，其后受邻国印度尼西亚占领，直至1999年。自此葡属澳门成为葡萄牙唯一也是最后的海外殖民地，葡萄牙的殖民帝国已经形同瓦解。
而葡萄牙的最后一个殖民地──澳门则在1999年12月20日正式交还中华人民共和国。自此，统治达五百多年的葡萄牙殖民帝国正式宣告结束。
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