莱菔素常见的提取方法如：

原料准备：选取萝卜种子，进行冷冻干燥，然后用药物粉碎机粉碎。

脱脂：采用索氏提取法，以乙醚为溶剂抽提萝卜种子中的油脂，得到脱脂残渣备用。

酶解：向脱脂残渣中加入 1 倍量蒸馏水，调节酶解体系 pH 至 3 - 7，封口后在摇床中于 25℃下酶解 0.5 - 8 小时。

溶剂提取：在酶解产物中加入 20 倍量的二氯甲烷，封口后在 20 - 25℃、250r/min 的环境下摇床振荡 5 分钟，然后以 10000r/min 冷冻离心 5 分钟，取二氯甲烷层。相同方法再提取 2 次，合并三次提取液。

浓缩：通过旋转蒸发，将合并后的提取液浓缩至原残渣质量的 20 倍体积，保存于 - 20℃环境下，得到莱菔素粗提物。

另外，还有一种改进的提取方法，是向萝卜籽中加水后进行保温酶解预处理，得到酶解产物，再使用有机溶剂对酶解产物进行萃取后脱除溶剂，得到莱菔素提取物。这种方法中萝卜籽不需要经过脱脂处理，可减少溶剂的使用与回收。