微山县中医院因使用劣药“阿胶”被处罚，具体违法事实及处罚如下：

违法事实

微山县中医院使用劣药“阿胶”，其行为违反了《中华人民共和国药品管理法》第九十八条第一款的规定。

处罚内容

没收违法所得：人民币1040元；

没收剩余劣药：“阿胶”共20克；

罚款：货值金额四倍，即人民币40000元。

法律依据

根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条第一款规定，市场监管部门对上述违法行为予以处罚。

来源：微山县市场监督管理局、曲阜信息港