窖内密封发酵：酒醅在高温堆积后，会被放入用窖泥密封的窖池中进行厌氧发酵。窖泥不仅是微生物的温床，其密封性也隔绝了空气，阻止了好氧性杂菌（如醋酸菌、霉菌）的侵入。酒精的自然选择：在发酵过程中，酵母菌将糖分转化为酒精。随着酒精浓度的升高，许多不耐酒精的杂菌生长会受到抑制，而酿酒酵母等则能耐受相对较高的酒精度。
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4. 环境管理与卫生制度尽管是传统工艺，但对环境的极致要求从未松懈。“千年老窖”的微生态：优质的窖泥经过常年累月的驯化，已经形成了一个稳定且以有益菌为主的微生物群落，对外来杂菌具有极强的“排他性”和竞争抑制能力。严格的现场卫生：传统不等于脏乱。现代化的酱香酒厂对酿造车间的卫生有严苛的规定。定期对场地、工具（如锹、推车）进行清洗、消毒，甚至用沸水或蒸汽冲洗，杜绝污染源。水质控制：酿造用水必须洁净，符合标准，从源头上减少杂菌的引入。
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