裕王爷（隆庆帝）登基，戚继光调入京城禁军担任神机营副将，属于嫡系部队。为了远离政治漩涡，也是发挥自己特长，戚继光申请镇守边疆区。谭纶此时担任蓟辽总督，保举戚继光镇守北方，官至蓟州总兵。
后谭纶升任兵部尚书，戚地不动、官不动，但是逐步进爵（这就可以看出，戚主动和权力中枢保持距离），先后辅佐4任蓟辽总督，长达14年之久。期间与蒙古战事稀少，几乎没有战绩。
戚申请将浙江训练的士兵（亲兵）调到蓟州，员额3000，这都是戚的铁杆，后扩充至2万。俗称戚家军。
1582年，张居正逝世后不到六个月，戚继光遭受弹劾而被罢免，后来调为广东总兵，官阶依旧。1585年，被参劾，免职，回乡。朋友少有来往，又被老婆抛弃，积蓄甚少，晚年一贫如洗，甚至医药费不继。1588年，有御史上-疏建议重新起用，受万历驳回、责罚。三个月后，死于家中。
万历中期（1590年代），明朝因连年战事（如万历三大征之宁夏之役、朝鲜之役）财政吃紧，军饷常被拖欠。原戚家军余部作为精锐，虽仍保持较强战斗力，却因远离故土、遭嫡系边军排挤，处境愈发艰难。万历二十年（1592年），日本入侵朝鲜（万历朝鲜战争），明廷派李如松率大军援朝。战后，部分原驻蓟镇（今河北一带）的浙兵（含戚家军旧部）被调往朝鲜留戍。
万历二十三年十月二十日，蓟镇三协（马兰峪、松棚路、太平路）南兵，三千三百多名南兵。因第一次东征朝鲜结束而提前撤回来预防倭寇。蓟镇三协的南兵（部分原戚家军）因长期未发军饷，向参将吴惟忠（原戚家军将领）申诉，但未解决。蓟镇总兵官王保把他们召集到演武场，并且骗他们：今日发饷，不必着甲。随后，士兵们高高兴兴前往教场等着发饷，结果总兵王保以“倡乱”为名，诱杀三千余人。南兵们等待而来的不是关于为何“长久拖欠南兵军饷”的说法，而是无数自己人（北兵）的屠刀。这一事件被称为“蓟镇兵变”或“王保杀降”。据《明神宗实录》载，“斩首三百一十一级”（官方统计），但实际死亡人数可能更多（民间野史称“坑杀三千人”）。
“南兵不顾生死，一向直前，吴惟忠（戚家军老将，浙江义乌人，蓟镇南兵主将）之功最高”——《朝鲜宣祖实录》。“吴副总惟忠，浙江金华府义乌县人也。癸巳之役攻平壤，先登功最。”——《碧梧先生遗稿》。
《经略复国要编》：兵部侍郎、蓟辽经略宋应昌，定下南兵东征军饷，普通士兵达年薪43两余，而大明通行的募兵年薪仅为18两。后宋应昌援朝结束被撤回京，接着便解职隐居杭州西湖孤山，所欠军饷自然无踪。南兵主将吴惟忠的首功赏银同样没有，最后只拿到20两了事。
“建昌营调南兵三千留养……钱粮不加，含忿谋作乱。事觉，杀三千三百余口”——《朝鲜宣祖实录》
注意措辞，谋作乱，就是还没作乱，可能有较大的怨言，有一些不配合的行动，但是作乱的动作尚未彰显。此时，银子，那是一毛都没有的，刀子，管够。提前杀了，省得真作乱了，又省银子又安全，属于两难自解了。
大明还有个缺大德的政策，行进过程中的部队，要到达目的地后，才能给补给。明末那些官僚把程序正确玩的登峰造极，让着苦哈哈的丘八，去保家卫国还不给钱不给粮食，饿着肚子上前线。
王保的行为被部分官员弹劾（《明神宗实录》载御史马文卿疏劾王保“杀降冒功”），但明神宗朱翊钧因王保“平乱有功”，仅将其调职了事，未予严惩。蓟镇兵变后，浙兵精锐损失殆尽，北方边防实力大减。同时，此事加剧了边军对朝廷的不信任，成为明末兵变（如天启年间宁远兵变）的先声。
晚明军事体系彻底崩溃！
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