1935年2月，西北工作委员会成立统一领导陕甘边特委与陕北特委两块根据地；又成立西北军事委员会统一指挥红26军和红27军作战，负责人是刘志丹。
仅仅几个月后，北方代表派朱理治和上海临时中央局派聂洪钧到西北领导军地工作。因为有人此前给上级写信汇报陕甘边特委与红26军存在右倾机会主义。聂洪钧回忆到：临行前上海临时中央负责人谈话：有很多张慕陶右派跑到陕甘、陕北苏区，刘志丹是陕甘苏区和红军的创造者，但思想很右，要依靠陕北特委的郭洪涛来好好解决陕甘、陕北苏区的右派问题。
当朱理治和聂洪钧到西北后，一开始并没有立即展开反右，因为刘志丹在西北的威信很高，而且1934年，陕北苏区两位负责人从北平来西北，带来北方代表的信，信里都批评红26军右倾问题等，引来军地不满。
他们俩位到西北后，张秀山回忆没有在陕甘边特委以及红26军干部谈话，也是听取某些人的汇报。
9月份，随着红25军到来，西北形势发生很大变化，因为红25军与26军、27军不熟悉，有人争取25军支持后。将西北工委撤销成立陕甘晋省委，朱理治为书记，郭洪涛为副书记。聂洪钧接替担任西北军事委员会主席，又将3个军缩编为三个师组建红15军团，徐海东为军团长；他们分别负责地方和军事工作，此外以朱理治、聂洪钧、程子华为中央代表团，负责地方和军事工作。
在展开反右工作，朱理治让戴季英为保卫局局长负责后方；让聂洪钧负责前方。当时的刘志丹担任15军团副军团长，在劳山战役后，后方来信说有人供出刘、高很多高级干部为右派，要聂洪钧立即逮捕刘、高等人，防止发生变乱。也就从这一刻开始举动，此后几十年里在反思。
眼看陕甘边特委干部与原红26军干部被逮捕，形势危急时，中央来西北叫停错误的做法。对直接负责人戴季英最后一次警告，对聂洪钧严重警告处分。对朱理治、郭洪涛继续使用，但也承担应该有的责任。
聂洪钧撤去职务后，改为西北办事处工作，担任副主任，从此的几十年里，他的任职很坎坷，甚至不被认可。
在短暂西北办事处副主任不久后，改为后方政治部组织部长、西北办事处内务部副部长，又调白区工作部当干事。三大主力红军会师后，调任红2方面军政治部统战部部长。
抗战爆发后，他并没有被调任120师，而是到中央组织部调查统计科科长；1938年5月，调湖南担任省委军事部长兼统战部长，主要建立统一战线工作；1940年调任桂林办事处转入新四军工作。没想到又转战延安党委研究室工作。
1942年，西北高干会上，对1935年陕北问题问题定性，朱理治、郭洪涛、聂洪钧等都担负责任。
1944年，跟着南下支队南下，在工作上一直反省自己，下定决心改正主观片面的思想方法，工作上小心谨慎。随着抗战胜利，他被调任北平执行部工作，随着全面内战，被派往东北地方工作，担任财务处副处长兼东北粮食总局局长，东北局驻绥芬河逮捕兼办事处处长，统一绥芬河地区党政军保卫交通指挥河领导工作，这是临时任务。
他做粮食工作汇报时，高、张提出许多问题，高就是高岗，张是张秀山，都是陕甘红军军地干部，在当年问题上，聂洪钧是他俩的上级，又将其逮捕过，如今他们成为聂的上级。聂洪钧说多亏李富春、叶季壮解释，还有罗荣桓的支持，因此对过去粮食工作没有展开批评。言外之意耐人寻味。
随着辽沈战役结束，东北部队入关作战，他负责的粮食工作任务减轻一些。1949年4月，上级通知他南下到湖北工作，希望李富春给自己意见，对方指出他的缺点：第一把每个问题钻研到底不够；第二把自己陷于粮食圈内，不愿和多方面接触，限制了自己政治上的发展。同时，特意说到：高那里，你是应该多去谈谈的。可聂当时没听懂对方的意思。也或许因为1935年的事情，他也是可以回避吧。
没想到5月，他的工作有新变化，原定的工作，因南下高级负责人当中有一部分人不同意，东北局来电提出反对意见，上级只好调任他去华中粮食部工作，自己表示同意，表示做什么都行，但希望在组织上应当了解我在陕北肃反错误以后是否有了改变。
上级把他特意找去谈话，王首道给他证明：一起工作多年，聂洪钧的改变虽不能说很够，但应该有很大改变。中央首长问聂洪钧：在东北高干会上，你发言没有？告诫他，没有争取在一切机会中进行自我批评，纵有改变，别人不知道，怎么能使人对你不保持旧 的印象呢。
上级的话很简单，过去有错误，应该在一些会上多争取自我批评机会，时刻让人知道你在一些问题上的态度，而不是只从行动上有变化。善于自我批评，有利于团结，有利于改变大家对自我的印象。即便过去有错误，各方面都是积极的，大家依然会对你认可，而不是将自己封闭起来，让人家看你。
不过，后来上级也对他的职务进行重新安排，改为湖北省人民政府第一副主席、担任中南财经副主任，1964年待任全国政协常委，成为正部级职务。
子女回忆说：他对陕北错误问题痛心疾首，一生都在致歉。
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