1987年，十三大召开后，军委主要领导班子成员进行重大调整，像副秘书长兼总长杨得志、副秘书长兼总政主任余秋里、副秘书长兼国防部长张爱萍退居二线，副秘书长兼总后勤部长洪学智继续在一线，但不再担任总后部长。

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此时，上级任命迟浩田为总长，杨白冰为总政主任，秦基伟为国防部长，赵南起为总后部长。

1988年1月，上级又增补刘华清为军委副秘书长。从当时新一届领导班子可以看出与上一届有何不同。上一届三总部负责人和国防部长都是军委副秘书长，参与军委日常工作。现在专设两位副秘书长，三总部负责人和国防部长不再兼任。

到1988年，上级为17位将军授予上将军衔，其中10位是被二次授予将星，分别是洪学智、刘华清、秦基伟、张震、李德生、李耀文、向守志、王诚汉、尤太忠、郭林祥。1990年，洪学智、李德生、李耀文、向守志、王诚汉、尤太忠、郭林祥7位将领从领导位置上退下来转入二线。只剩下刘华清、张震、秦基伟。

他们三位为何没有退下来呢？

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刘华清是军委副主席，而八十年代到九十年代军队现代化建设最急切的是武器装备，而他在解放后长期负责海军、以及全军武器装备研制领导工作，对武器装备非常了解，把他放在主要位置上的作用不言而喻，有资历，有经验，更能协助正职处理好军队现代化工作。

张震是多次想要退下来，在1985年想退下来过，但被任命国防大学校长；在1990年，军队精简改革时也希望退下来，比他小一岁的李德生政委都退了，自己也77岁了。但上级不仅没有同意，还让他兼任政委工作。到1992年，提拔为军委副职，协助正职处理军队事务。

秦基伟为何没有退下来呢？

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他担任国防部长，在他之前国防部长都是老帅担任，彭总、林总、叶帅、徐帅等都担任过，解放后到八十年代初期，国防部做为“军委对外的名称”的职责，在外人看来是军事最高机构，到1982年以后，仅仅是国务院系统的军事工作机关。

国防部长一职是由提名选举产生，个人去留也是要通过代表大会通过才行，如果没有问题一般会干满一届，而一届为5年。

到1990年时，秦基伟才履职第三个年头。直到1993年召开十四大时，他才被免去防长职务，改为人大副委员长。