噬菌体作为一类专门侵染细菌的病毒，是合成生物产业（尤其是工业发酵、生物制造领域）的“隐形杀手”。其凭借繁殖速度快、传播途径广、潜伏性强等特点，可在短时间内侵袭生产菌株，导致细胞裂解、产物合成中止，甚至整批发酵体系报废，造成巨大经济损失。在合成生物技术飞速发展的背景下，噬菌体污染的防控已成为保障工业化生产稳定性、推动合成生物产业化落地的核心课题。
一、噬菌体污染的核心危害与传播路径
（一）主要危害
噬菌体污染对合成生物制造的破坏具有毁灭性和连锁性。烈性噬菌体感染宿主菌后，会遵循“吸附-注入-复制-组装-裂解”的生命周期，仅需20-60分钟即可完成一代繁殖，快速扩散并摧毁发酵体系。具体表现为：发酵液光密度值骤降、pH异常波动、溶氧浓度急速回升，菌体大量裂解后释放的碎片进一步污染设备与环境；产物合成彻底停滞，无论是重组蛋白、氨基酸、酶制剂还是生物能源产品，均会因菌株失活导致产量清零或大幅缩水。更棘手的是，工厂中多呈现“低感染复数反复浸润”模式，生物被膜、气溶胶与原材料构成持续再污染回路，单一防控手段难以根除风险。
（二）传播路径
噬菌体污染的传播途径具有多样性，可贯穿合成生物生产全流程。空气与气溶胶是主要传播载体，涡旋振荡、开盖倒液等操作产生的微小飞沫可携带噬菌体扩至整个车间；水源、原材料（如玉米粉、糖蜜）及种子液若未经严格处理，可能携带噬菌体或敏感宿主菌，成为污染源头；设备与管路的死角残留、交叉使用的耗材（离心管、枪头）、操作人员的不规范操作（手套交叉污染、动线混乱），则会加速噬菌体的扩散与藏匿，形成长期污染隐患。此外，噬菌体可在设备表面长期存活，一旦环境条件适宜便会再度引发感染。
二、噬菌体污染的检测技术体系
及时、精准的检测是噬菌体污染防控的前提，目前已形成“间接警示-直接鉴定-深度溯源”的多层次检测体系，可根据生产需求选择适配方法。
（一）指示性检测（早期预警）
此类方法通过监测宿主菌或发酵体系的异常变化间接推断污染，适合现场快速筛查。双层平板法（噬斑测定法）是经典定量方法，将样品与敏感宿主菌混合培养后，噬菌体感染形成的透明噬菌斑可直观反映其存在，通过计数噬斑形成单位实现定量，但需过夜培养，耗时较长。液体培养法通过监测发酵过程中的生长指标（如OD值、pH、溶氧）异常，实现污染早期警示，但特异性较弱，需结合其他方法确认。显微镜观察法则可在污染后期观察到细菌碎片增多，透射电镜可直接观察噬菌体颗粒形态，但设备昂贵且无法定量。
（二）特异性检测（精准鉴定）
直接针对噬菌体核酸或结构蛋白检测，兼具高灵敏度与特异性。实时荧光定量PCR（qPCR）是主流快速检测技术，可在数小时内实现定量，检测限低至10²-10³ PFU/mL，还能区分烈性与温和噬菌体，多重PCR可同时检测多种潜在污染噬菌体。酶联免疫吸附测定法（ELISA）利用特异性抗体捕获噬菌体颗粒，适用于无法进行分子检测的场景，但抗体开发耗时，灵敏度低于qPCR。新兴的CRISPR-Cas检测技术（如Cas12a、Cas13a）结合等温扩增，可快速产生荧光信号，在资源有限环境下极具应用潜力。
（三）综合性评估（溯源与研究）
全基因组测序是噬菌体污染溯源与深入研究的黄金标准，可准确鉴定噬菌体种类、分析功能基因、追溯污染源头，为防控方案优化提供分子依据。该方法尤其适用于反复污染场景，能精准定位污染传播链路，从根源上阻断扩散。
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