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说起垂直管理部门体系，就不得不提到公安系统。可能很多人会有疑问：公安系统不也是属地管辖吗？上级公安部门对下级公安机关主要是业务指导。实际上，公安系统是一个庞大的部门，各地公安机关虽隶属于当地政府，但其中仍有部分实行垂直管理。最大的两个垂直管理部门便是铁路公安局系统与国家移民局系统。铁路公安局的官方全称为公安部铁路公安局，也称公安部第十局，是公安部的内设职能局之一。2019年机构改革后，它结束了公安部与铁路总公司的双重管理模式，转由公安部直接领导，核心使命是维护铁路运输安全、站车秩序和旅客生命财产安全，打击铁路领域的违法犯罪行为。

国家移民管理局同样是由公安部管理的国家局，同时加挂出入境管理局牌子，2018年机构改革后，整合原公安部出入境管理局与原公安部边防管理局，成立国家移民管理局，该局领导全国出入境边防检查机构、边境管理机构、非法移民遣返机构、常备力量处突机构，并指导地方公安机关的出入境管理业务。

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