单细胞技术在哺乳动物细胞研究中成果迭出。而与之类似的基于微流控的单细胞技术在原核微生物中的应用，因技术欠稳健等原因长期以来未能广泛开展，往往只尝试模式细菌研究【1】。
近日，复旦大学贾慧珏团队在Cell Genomics上发表了文章Microbial single-cell omics in situ。研究团队在人体共生微生物组学方向，从宏基因组首次推进到微生物单细胞组学，采用激光诱导前沿（Laser-induced forward transfer）与单细胞形态和拉曼光谱相结合的国产设备，从唾液、土壤、肠道组织切片等复杂样本中直接弹射、扩增获得微生物高质量单细胞基因组或转录组。该技术无须预知参考基因组，即可对样本不同位置的微生物单细胞数据组装获得基因组或转录组，并作功能注释，相比基于MERFISH杂交的原位转录本技术【1】应用范围也更广。
作为首篇技术论文，文章报道了该技术区分相邻细胞、精选特定形态或细胞类群以减少冗余测序的能力。仅采集数十个细胞即可广泛包括人体口腔微生物主要类群，荧光活菌标记后从小鼠肠道切片中可获得了中高质量的微生物单细胞基因组。单细胞转录组刻画了分离自口腔的地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformis在柠檬酸处理后形成孢子的细胞命运决定过程。人体结肠癌样本中单细胞基因组与转录组均获得了拟杆菌，表达可以代谢黏蛋白上的唾液酸基团、常年吸烟的尼古丁等的多种功能基因。
复旦大学博士后蓝希红、梁桥星依托粤港澳大湾区精准医学研究院（广州），和广州医科大学附属番禺中心医院何金华主任医师为本文共同第一作者，贾慧珏研究员为本文通讯作者（博士后申请信息待今年后续发布）。
https://www.cell.com/cell-genomics/fulltext/S2666-979X(25)00384-2
制版人： 十一
参考文献
1. Pountain, Andrew W, and Itai Yanai. “Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis.”Science(New York, N.Y.) vol. 389,6764 (2025): eadp6252. doi:10.1126/science.adp6252
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