同治十年（1871年）俄国以 “代收伊犁” 为名，派兵侵占了伊犁九城，到光绪元年（1875年）三月正式照会清政府声称 “伊犁为俄国暂时管理，若清廷无力收复新疆，俄国将永久占据”。
整个新疆除了哈密、巴里坤等地还在清军手中，其他地区都被沙俄和阿古柏占据，阿古柏甚至建立了所谓的 “哲德沙尔汗国”，还得到了英国的暗中支持，从印度运来大批军火，扬言要 “统一新疆”。事实上这时的新疆已基本从清朝分裂出去。
更为忧心忡忡的是此时的大清内部的 “海防” 与 “塞防” 之争愈演愈烈，有人主张 “放弃新疆，专注海防”，甚至说 “新疆不复，于肢体之元气无伤”。若不尽快定下主意，新疆恐怕就真的保不住了。
左宗棠知道当时日本吞并琉球，下个目标直指朝鲜，大清的海防压力巨大，国家难以拿出钱来同时支撑海防和塞防。但他更清楚，新疆丢失，陕甘就成了前线，蒙古、直隶也将暴露在列强兵锋之下，所谓 “心腹之患”，终将从海疆蔓延到西北内陆。
左宗棠写了一个奏折《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》强调新疆的重要性，他有三点主张，第一，新疆是西北屏障，“重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师”，若新疆丢失，蒙古、直隶将无险可守；第二，海防与塞防并非对立，可 “分缓急，别主次”，当前可先集中力量收复新疆，同时在沿海修建炮台、训练水师，待新疆平定后，再全力加强海防；第三，陕甘已具备支撑塞防的基础，屯垦粮食可供应西征军，税银可补充军饷，无需完全依赖朝廷拨款。
左宗棠收复新疆的决心很坚定，不过奏折递到京城后，立刻引发了更大的争论。李鸿章在朝堂上反驳说：“当前日本虎视东南，沙俄觊觎东北，若不加强海防，恐遭列强从海上入侵。而新疆地处偏远，气候恶劣，收复难度极大，即使收复，也需耗费大量军饷驻守，得不偿失。”
李鸿章的观点得到了不少大臣的认同，有些人认为“新疆土地贫瘠，不如东南富庶”，有些人认为 “西征军已耗费军饷数百万两，若继续进军，恐拖垮朝廷财政”。
军机大臣兼总理衙门大臣文祥站了出来，拿着左宗棠的奏折说：“左大人在陕甘经营多年，熟悉西北局势，他说陕甘能支撑塞防，就一定有把握。而且新疆若丢，列强必将得寸进尺，到时候不仅西北危急，东南海疆也将孤立无援，所谓‘海防’，也将成为空谈。”文祥作为政府高层，他的话是有分量的，随后，他又列举了左宗棠在陕甘的功绩：平定陕甘之乱、推行屯垦水利、整顿吏治税收，每一件都做得有声有色，证明左宗棠不仅会打仗，更会治理地方，由他负责收复新疆，确实让人放心。
经过反复的争论，慈禧太后终于认识到新疆的重要性。她反复阅读左宗棠的奏折，又询问了陕甘的财政和粮食状况，最终决定支持左宗棠的 “海防塞防并重” 主张，下旨任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，全权负责收复新疆事宜，同时从国库拨款两百万两白银，作为西征军军饷，还允许左宗棠向外国银行借款，以补充军饷不足。
消息传到兰州，左宗棠终于松了口气。哈密是新疆的门户，收复它对于收复整个新疆意义重大。他立刻让人将朝廷的旨意传达给正在玉门关待命的刘锦棠，让他率军继续西进，火速驰援哈密；同时让人加快粮草、军火的筹备，从陕甘各地调运粮食、枪支、火炮，经河西走廊运往前线。
光绪元年五月，刘锦棠率领的西征军抵达哈密，成功解除了白彦虎对哈密的围攻。捷报传到京城，朝廷上下一片欢腾，这是一次久违的胜利。自鸦片战争以来清廷对外作战是屡战屡败，清廷的自信心大受打击，这次的胜利让朝廷信心增强。不少原本支持 “海防” 派的大臣，也开始转变态度，认为收复新疆有望。慈禧太后再次下旨，加拨三百万两白银军饷，并下令沿海各省协助左宗棠筹集粮草、军火，支援新疆战事。
身处前线的左宗棠冷静的分析局势，沙俄强大阿古柏相对弱小，制定了先打软柿子再啃硬骨头的方针。六月初，左宗棠抵达肃州。此时，刘锦棠已率领西征军主力从哈密北上，向乌鲁木齐进发；高连升在肃州筹备的粮草、军械，正通过骆驼队源源不断地运往前线；刘典在兰州调度的民夫，也陆续抵达河西走廊，加入粮道运输的队伍。
从光绪二年（1876 年）攻克古牧地、收复乌鲁木齐，到光绪三年（1877 年）南下攻克达坂城、吐鲁番，再到年末收复喀什噶尔、叶尔羌、和田，两年时间里，西征军用马蹄和火枪，一点点将叛乱势力赶出了新疆，除了沙俄占据的伊犁，新疆全境已重新回到大清的版图。
摆在大清面前的最大问题就是从沙俄手里收回伊犁。
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