光绪二十一年初春，循化厅遭遇连续干旱，农田灌溉水源极度短缺，撒拉族社群中的花寺门宦（老教）与新兴的哈比教派（新教），因水利分配、讲经辩理等问题爆发争执。双方从最初的口角相争，逐步升级为持械械斗，冲突持续数月，双方伤亡人数累计超过一千人。
西宁道官员陈嘉绩接到报案后，未对冲突缘由进行细致调查，也未采取居中调停、安抚信众的措施，而是直接率领官兵进入循化厅，关闭城门后，将前来商议事务的老教头目十余人捕杀。
光绪二十一年四月，撒拉族首领韩努力聚众起事，正式围攻循化厅，河湟事变爆发。三月中旬，因清廷援军迟迟未到，循化厅城被起事民众攻破，官员陈渠珍自杀，城内清军与官吏悉数遇难，起事民众焚毁厅署、粮仓与监狱，释放囚犯、夺取武器弹药，势力进一步壮大。
短短两个月内，西宁府、河州（今甘肃临夏）等十余座厅县相继出现民众响应，起事队伍规模迅速扩大，号称有十万之众。
西北局势的持续恶化，让清廷不得不紧急调遣兵力镇压。此时陕甘总督杨昌浚剿抚均无成效，地方绿营军备废弛，围攻河州五月未能解围。经过权衡，朝廷选定喀什噶尔提督董福祥率军西征。
董福祥，字星五，甘肃固原（今属宁夏）人，出身贫寒，早年在西北组织地方团练自保，势力壮大后曾与清廷对抗，后归附左宗棠麾下，随部将刘松山作战，逐步成长为清军的重要将领。
同治九年（1870年）刘松山率军攻打宁夏金积堡的马化龙部，马化龙在被困后假意投降，刘松山轻信降意，率少量随从进入受降场地，最终被马化龙部众突袭杀害。董福祥亲历了这场变故，目睹恩师惨死，自此形成“起事者反复难信，需以严厉手段根除后患”的认知。
甲午战败后，清廷国库空虚，赔付的巨额白银让朝廷无力承担长期战争的军费开支。光绪二十一年五月初二，慈禧太后下旨，令董福祥即刻率甘军回援甘肃，要求“剿抚并用，务期旬月内荡平匪患，不得迁延”，核心诉求为除恶务尽、速战速决，只重平定结果，不限制具体手段。
此时甘军因甲午战争减员仅剩两千余人，董福祥星夜从直隶调兵，沿途招募西北乡勇，至五月下旬抵达兰州时，兵力已扩充至五千人，清廷还调拨数万磅洋火药支援其部，为强硬镇压提供了物资保障。
光绪二十一年八月，董福祥率领甘军抵达甘肃前线，并未急于全线进攻，而是制定了稳扎稳打的平叛策略。
河州成为平叛的重要战场。河州外围的积石关、大东乡等地率先爆发激战，起事民众依托山地地形构筑防御工事，与清军展开拉锯战。光绪二十一年五月初一至初三，韩奴勒、马古录班率千余人攻入积石关，击毙清军提督李日新、总兵刘润山，给清军以重创。董福祥部配备了从沿海调运的克虏伯后膛炮、毛瑟步枪等西式先进武器，在火力上形成绝对优势，面对仅有刀矛、土枪的起事民众，清军的火器打击产生了极强的压制效果。
河州西面的双城是当地重要的防御屏障，清军集中火炮轰击起事民众的营垒，起事民众数次发起冲锋，试图近距离肉搏作战，但在清军的密集火力下接连溃败，战场伤亡惨重，史料记载战场“积尸盈壕，河水尽赤”。攻克双城后，清军直抵河州城下，河州内外聚集的数万起事民众坚守阵地，与清军展开殊死对抗。
在河州外围的康家崖，双方激战三个时辰，起事民众利用崖壁地形，以滚木礌石阻击清军进攻。董福祥指挥甘军分三路包抄，前后夹击突破防线，战斗结束后，清军奏报击毙起事民众千余人，未留俘虏。河州城被攻破后，清军展开巷战与逐户搜捕，起事首领马永琳、马永瑞兄弟被诱捕，董福祥未按常规将其押解至兰州审讯，直接下令将二人与一百三十余名大小头目一并处斩，首级示众以震慑民众。此后，清军以清查余党为名，在河州城内及周边村庄大肆搜捕，大量普通民众被认定为“从逆者”遭诛杀，河州一地的伤亡人数急剧上升。
河州平定后，董福祥率甘军马不停蹄奔赴变乱核心区域西宁。此时西宁外围的多处险要关隘仍被起事民众占据，清军抵达后，随即展开全面清剿。
西宁府南面的南川地区，数千名回民因恐惧清军报复，主动推举代表携带户口名册出城跪地求降，希望能保全性命。清军前锋何得标部假意接受降书，随后将这些手无寸铁的民众集中，以枪械实施集体射杀，事后以“剿匪”为名向董福祥报功。这种处置方式成为甘军在平叛中的常见行为，也让当地民众的伤亡进一步扩大。
西宁外围的后子河一带，清军与起事民众主力展开决战。起事民众占据山梁制高点，居高临下抵御清军，清军依托火力优势反复发起冲击，战斗场面极为惨烈，山梁与河谷间遍布阵亡者遗体。部分起事民众弹尽援绝后，被清军逼至悬崖边缘，最终选择纵身跳崖，不愿被俘投降。此役清军统计击杀人数超过万人，成为河湟事变中伤亡最惨重的战斗之一。
董福祥进驻西宁后，下达“一意主剿，毋稍姑息”的命令，清军在西宁城内及周边乡村挨家挨户搜查，凡被认定参与起事、藏匿武器或收留起事者的家庭，均遭到无差别处置。清军在清剿过程中大肆抢掠金银、粮草等财物，当地老弱妇孺也未能幸免，时任陕甘总督陶模在目睹相关情形后，亦对惨状表示不忍卒读。
至光绪二十二年（1896年）年初，河湟地区的起事力量被全部肃清，这场持续近一年的变乱彻底平息。据清军战后的粗略统计，在平叛过程中，被击毙的起事各族民众超过三万人，河湟地区原本繁华的村镇变得十室九空，大量耕地因无人耕种而荒芜，饥荒与流离失所成为当地民众的生存常态。
河湟事变平息后，董福祥因平定有功，得到清廷的重赏，被加封太子少保，赏赐双眼花翎。
马安良、马麒等在平叛中协助清军的回族将领，借机收编起事残部、扩充私人武装，依托清廷的信任逐步掌握地方军政权力，最终形成了割据青海、宁夏地区的马家军势力。
这一势力在此后数十年间掌控西北地方事务，成为影响近代西北格局的重要力量。
光绪二十六年（1900年），八国联军入侵北京，董福祥时任武卫后军统领，率甘军参与京城防御作战，其部下击杀日本使馆书记生杉山彬。
北京失陷后，董福祥被列强列为“祸首”，清廷迫于压力将其革职，永不叙用，并勒令其返回甘肃原籍。最终，董福祥在故乡郁郁不得志，于1908年病逝。
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