乾隆四十六年（1781年）深秋，甘肃循化厅（今青海循化）的黄河谷地一片萧瑟。往日里炊烟袅袅的撒拉族村落，如今断壁残垣，田间杂草丛生。清军刚刚结束对新教信徒的清剿，撒拉族世代聚居的“十二工”（十二个行政与宗教合一的单位），已有九个因信奉新教被“歼除殆尽”。这场由宗教冲突引发的起义，最终以惨烈的族群清洗收场。
元末明初，撒拉族先民从中亚撒马尔罕迁徙至循化，在黄河与湟水之间的河谷地带定居。经过数百年繁衍，他们逐渐形成了“十二工”的聚居格局，“工”既是行政单位，也是宗教活动的基本组织，每个工设有掌教、乡约，管理族内事务。
这十二工分别是：查汗工、孟达工、夕厂工、清水工、张尕工、苏只工、查加工、街子工、草滩坝工、托隆都工、卡尔岗工、孟达工（部分史料记载略有差异，核心为十二处核心聚居点）。它们沿黄河两岸分布，彼此相距不远，却各有界限，形成了“大聚居、小分散”的格局。其中，查汗工、孟达工、夕厂工地势相对偏远，居民多信奉老教（花寺门宦）；其余九工地处河谷平原，交通便利，后来成为新教（哲赫忍耶）传播的核心区域。
在乾隆朝前期，十二工的撒拉族过着相对安定的生活。他们以农耕为主，兼营畜牧与贸易，伊斯兰教是维系族群的核心纽带。老教掌教与土司相互配合，既要管理宗教事务，也要负责向清廷缴纳赋税、维持治安。清廷对撒拉族采取“以番治番”的政策，通过土司间接统治，只要不发生叛乱，便不过多干预内部事务。这种稳定的局面，直到新教传入后被彻底打破。
乾隆十年（1745年），河州回民马明心从也门游学归来，传入哲赫忍耶教理，创立新教。与老教（花寺门宦）繁琐的仪式、世袭的掌教制度不同，新教主张“传贤不传子”，简化宗教仪式，强调布施应周济穷人，而非被掌教私占。这种亲民的教义，迅速吸引了撒拉族底层民众的关注。
新教首先在清水工、张尕工传播开来。清水工的撒拉族农民韩哈济，率先追随马明心，成为新教在撒拉族中的首位掌教。他按照新教教义，在村里设立简易礼拜点，不收取高额布施，还组织信徒互助互济，很快赢得了周边工的支持。苏只工、查加工、街子工等八个工的撒拉族民众，纷纷改信新教，加上清水工，形成了九工新教、三工老教的格局。
新教的崛起，直接触动了老教掌教与土司的利益。老教掌教通过收取布施、兼并土地积累财富，新教的“周济穷人”主张断了他们的财路；而新教反对掌教世袭，更是动摇了老教与土司长期维持的统治秩序。两派的矛盾从教义争论逐渐升级为实际冲突：老教信徒砸毁新教礼拜点，新教信徒阻止老教收取高额布施，十二工内部的械斗日益频繁。
乾隆二十七年（1762年），新教首领马明心应邀到街子工讲经，与老教掌教韩五发生激烈冲突，双方信徒爆发大规模械斗，死伤数十人。循化厅同知张春芳介入调解，却偏袒老教，将马明心驱逐出循化，并下令关闭新教礼拜点。这一处置不仅未能平息矛盾，反而让新教信徒对官府产生怨恨，宗教冲突逐渐掺杂了反清情绪。此后十余年间，九工新教与三工老教的冲突从未间断，十二工的和平局面彻底终结。
乾隆四十六年（1781年）正月，循化新教与老教的冲突达到顶峰。张尕工新教信徒与苏只工老教信徒因宗教仪式发生械斗，老教首领韩三十八被新教信徒杀死。老教信徒赴循化厅告状，陕甘总督勒尔谨派兰州知府杨士玑、河州协副将新柱前往弹压。
新柱抵达循化后，态度强硬，公开宣称“只办新教，不办老教”，甚至扬言要“洗尽新教信徒”。这一言论彻底激怒了九工新教信徒，清水工新教首领苏四十三决定发动起义。他召集九工新教骨干，歃血为盟，提出“杀贪官、护新教”的口号，迅速集结了千余名信徒。
当年三月，苏四十三率领起义军冲进循化厅衙，杀死杨士玑、新柱等官员，随后攻占河州，直扑甘肃省城兰州。起义军沿途得到回族、撒拉族信徒响应，队伍扩大到两千余人。此时，马明心已被官府诱捕关押在兰州狱中，起义军围攻兰州，明确要求释放马明心。
甘肃布政使王廷赞见局势危急，逼迫马明心登上城楼劝降。马明心毅然拒绝，王廷赞随即下令将其杀害，并悬挂首级示众。这一行为进一步激化矛盾，起义军攻城愈发猛烈，乾隆皇帝急调阿桂、和珅率领两万余名清军前往镇压。起义军退守兰州西南的华林山，凭借山地地形顽强抵抗，清军多次进攻均遭惨败，伤亡近千人。
乾隆皇帝震怒，又调京师火器营、四川藏兵和蒙古兵增援，采用断水断粮的围困战术。经过四个多月的激战，起义军弹尽粮绝，华林山被清军攻破，苏四十三战死，残余信徒退入华林寺，最终被清军火焚寺院，全部壮烈牺牲。这场由九工新教主导的起义，虽然重创清军，却也为自身带来了灭顶之灾。
苏四十三起义被镇压后，乾隆皇帝下旨：“新教为叛逆之源，撒拉族九工信奉新教者，务必歼除净尽，不留余孽”。阿桂、李侍尧按照旨意，率领清军返回循化，对九工新教信徒展开了大规模清剿。
清剿行动异常残酷，清军采取“逐工清剿、宁可错杀、不可放过”的策略，挨家挨户搜查新教信徒。清水工作为新教发源地，首当其冲。清军抵达后，将全村包围，凡家中发现新教典籍、参与过起义的信徒，一律当场处死。据《钦定兰州纪略》记载，清水工共有三百余户、一千五百余人，清剿后仅剩下数十名老弱妇孺，“房屋被焚，田产入官”。
张尕工、苏只工、查加工等八工的遭遇更为惨烈。清军在苏只工展开“血洗”，全村八百余口人，除少数逃亡外，其余全部被杀害，村落被纵火焚毁，成为一片废墟。街子工作为撒拉族的核心聚居点，清军在这里设立了临时刑场，新教信徒被分批处决，“尸积如山，黄河水为之变红”。
对于逃脱的新教信徒，清廷下令通缉，悬赏捉拿。撒拉族九工的新教信徒，或躲进深山，或逃往新疆、云南等地，却大多被清军搜捕归案，最终难逃一死。乾隆四十六年八月，清剿行动结束，据阿桂奏报：“撒拉族十二工中，九工新教信徒九百七十六户，歼除殆尽，仅存老教三工，人口不足两千”。
除了屠杀，清廷还对九工的财产进行了彻底清查。所有新教信徒的田产、房屋、农具均被定为“叛产”，收归官府，随后分给老教信徒或汉族移民。九工的清真寺被全部拆毁，砖石木料被运去修建清军营房，宗教典籍被焚烧殆尽，掌教、阿訇等宗教首领要么被处死，要么被流放极边烟瘴之地。
九工消亡后，清廷对撒拉族的管理进行了彻底调整，十二工的传统格局被打破，仅存的查汗工、孟达工、夕厂工老教聚居点，也面临着严苛的管控。
清廷废除了撒拉族原有的“工”制，将剩余三工合并为“八工”（后续重新划分，与原十二工无关），设立“总乡约”管理，由官府直接任命，三年一任，不得世袭。乡约的核心职责是监控宗教活动，防止新教死灰复燃，每年需向循化厅出具“无新教活动”的甘结。
清廷下令，撒拉族不得再设立“掌教”“阿洪”等职位，宗教活动由乡约监督；清真寺只能保留老教场所，且不得增建、修缮，规模严格限定，高度不得超过一丈。禁止收留外来学经者，不准跨区域邀请阿訇讲学，宗教仪式必须按照老教规矩进行，违者重罚。
清廷招募汉族、回族移民，迁入九工原聚居地，开垦被没收的“叛产”。这些移民得到官府提供的种子、耕牛，三年免征田赋，迅速在九工的废墟上建立起新的村落。而仅存的三工撒拉族，被限制在偏远地区，不得随意迁徙，不得购买土地，只能耕种贫瘠的山地。
清廷还对撒拉族的族群身份进行了重新界定，将其从“番民”改为“回民”，归入回民管理体系，进一步削弱其族群独立性。
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