西北回民反清运动平息后，时任陕甘总督的左宗棠主导善后事宜，他认为回民动乱的根源在于“聚居则易生事，勾结则难控制”，因此定下了“回民则近城非所宜、近汉庄非所宜、并聚一处非所宜”的三不准原则。
主要就是通过强制迁徙，将回民从富庶的平原、交通要道迁出，分散安置在偏远、贫瘠且彼此隔绝的区域，彻底瓦解其族群凝聚力。
同治九年（1870年），金积堡被清军攻破，马化龙被俘处死，其部下及家属成为首批迁徙对象。
根据左宗棠的命令，金积堡及周边的回民“一律迁出，不准留居原地”。
此次迁徙涉及人数达一万余人，包括回军余部、家属及当地普通回民，分为多个批次押解。
第一批迁徙的是回军骨干及家属，约三千余人，被押往平凉府华亭县的化平川。
化平川是一片荒无人烟的滩涂，土地贫瘠，水源稀少，此前从未有人开垦。
回民到达后，被要求“按户分拨土地，每户给荒地数十亩”，官府仅发放少量种子和耕牛，让他们自行开垦。
为了防止逃跑，清军在化平川周边设置了哨所，派官兵驻守，回民未经允许不得离开区域半步。
第二批迁徙的是金积堡的老弱妇孺，约七千余人，被解赴固原州附城数十里的荒地安插。
这些回民大多缺乏劳动能力，迁徙途中病饿而死者不计其数。据记载，从金积堡到固原的路程仅三百余里，却走了整整一个月，沿途有近千人因饥饿、疾病倒下，尸体被随意丢弃在路边。
到达安置地后，他们发现所谓的“荒地”多是盐碱地，根本无法耕种，只能租种附近汉族地主的土地，缴纳高额地租为生。
金积堡原本是宁夏南部的富庶之地，回民聚居于此数百年，形成了完善的农业和商业体系。
回民迁徙之后，清廷将金积堡的土地全部没收，分给前来屯田的汉族移民和镇压的清军官兵，昔日的回民聚居区彻底变成汉民聚居地，至今宁夏吴忠、青铜峡一带的民族分布，仍受此次迁徙影响。
同治十一年（1872年）马占鳌降清后，左宗棠对河州的回民采取了“区别对待”的迁徙策略：甘回（本地回民）大多留在河州周边，但需迁往偏远乡村。
陕回（从陕西逃至河州的回民军）则必须全部迁出河州，前往平凉、会宁、静宁等地安置。
此次迁徙的陕回共有六千余人，分为六个批次，每批次由清军押解，路线各不相同，目的就是防止他们途中联络。
张代雨率领的二百九十一名陕回被迁往平凉的张家庄、曹家庄；
拜崇花率领的五百三十七名陕回被迁往会宁的姚王家、曲家口。
这些安置地彼此相隔数十里，且都远离城镇和汉民聚居区，形成了“各居一隅、互不相连”的分布格局。
为了确保“隔离”效果，左宗棠特意下令，陕回安置地与甘回安置地之间必须保持至少二十里的距离，不准相互往来。
同时，严禁陕回返回陕西原籍，凡私自返回者，按“通匪”论处。许多陕回原本是陕西渭南、大荔等地的农民，起义失败后逃至河州，如今又被强制迁往甘肃中部的荒滩，一生历经三次迁徙，家园屡失，颠沛流离。
同治十二年（1873年），西宁被清军攻破，回军余部及家属一万余人成为迁徙对象。与其他地区不同，西宁的迁徙回民多为陕回，他们是从陕西逃至西宁的回军残部，由崔伟、禹得彦等率领。
左宗棠对西宁回民的安置策略是“化整为零”，将一万余名回民分为十余个小批次，分别迁往平凉、秦安、华亭、清水等地。
每个批次的人数不超过一千人，且安置地必须选择在荒山上，远离交通要道。
例如，崔伟率领的两千余名陕回被迁往平凉的大岔沟，这里是一片深山沟谷，仅有一条小路与外界相通，清军在路口设置关卡，严格控制出入。
迁徙途中，清军对回民的管控极为严格，要求“每日行程不得超过三十里，宿营时需集中驻扎，由官兵看守”。
这些幸存者成为最后一批迁徙对象，被解往兰州，分别安插在平番（今永登）、皋兰、金县（今榆中）等地。
肃州的回民迁徙规模虽小，但管控更为严格。
由于肃州回民反清坚持时间最长，清廷对当地回民的猜忌更深，规定“每户回民需由一名汉族保长担保，若有异动，保长连坐”。
安置地多为偏远乡村，回民被要求“编入汉民保甲，与汉民杂居”，但实际上汉民对回民多有排斥，两者仍处于隔绝状态。
清廷在回民安置地全面推行保甲制，规定“十户为一牌，十牌为一甲，十甲为一保”，每个牌设牌头，每个甲设甲长，每个保设保正，全部由官府挑选的“恭顺回民”或汉族地主担任。
保甲长的主要职责是监控回民的言行，“每日登记出入人数，每月上报有无异动，每年出具甘结，保证辖区内无新教活动、无勾结行为”。
如果辖区内出现回民聚集、私藏武器、传播新教等情况，保甲长将被杖责八十，情节严重者流放边疆。
为了避免连坐，保甲长对回民的监控极为严格，甚至连家庭纠纷、宗教活动都要一一上报。
平凉化平川的回民曾因私下举行宗教仪式，被保甲长上报官府，结果参与仪式的十余人全部被杖责，宗教活动的领头人被流放云南。
为了防止回民迁徙后相互联络，清廷推行路票制，规定回民“凡离开安置地，无论远近，必须向保甲长申请路票，注明往返时间、目的地、事由，经地方官审批后才能出行”。
路票上需详细登记回民的姓名、年龄、相貌特征，沿途关卡逐一查验，无票者或票证不符者，一律按“逃犯”论处。
回民的路票申请极为困难，若因耕作、就医等正当理由申请，需等待数日甚至数月才能获批；若申请前往其他回民安置地探亲，几乎都会被驳回。
华亭县的一名回民因母亲在静宁安置地病重，申请路票探亲，被官府以“防止勾结”为由拒绝，等他最终设法到达静宁时，母亲已经去世。
路票制彻底切断了各地回民的联系，让他们陷入“孤立无援”的境地。
清廷延续了乾隆朝的“扶旧除新”政策，禁止回民私建清真寺，不准增建或修缮原有寺院，宗教活动必须在官府指定的场所进行，且需由保甲长全程监督。
不准回民邀请外来阿訇讲学，不准私藏宗教典籍，违者重罚。
许多安置地的回民只能在自家窑洞内秘密举行宗教仪式，不敢公开礼拜。
起义前，陕西是回民的主要聚居区之一，关中平原的渭南、大荔、华州等地，回民“聚堡而居，户口稠密”，仅西安城内外就有回民三万余人，全省回民总数不下百万。
迁徙之后，陕西回民除西安城内少数人外，其余全部被迁往甘肃，关中平原的回民聚居区彻底消失，至今陕西的回民人口占比仍远低于甘肃、宁夏。
甘肃的回民分布则从原来的河州、宁夏南部等集中区域，扩散到平凉、定西、天水、兰州周边等偏远地区，形成了“大分散、小聚居”的格局。
例如，平凉的化平川、华亭县，定西的安定区，天水的清水县，都因此次迁徙形成了新的回民聚居点，这些聚居点大多位于山区或荒滩，与汉民聚居区相互隔绝。
除了在国内的迁徙，部分回民军在反清失败后选择西逃新疆，甚至跨境进入中亚，形成了新的族群。同治十二年（1873年），白彦虎率领两千余名陕西回军从肃州西逃，经过新疆进入俄国七河地区，这些回民在中亚定居，逐渐形成了东干族。
东干族至今仍保留着同治年间陕西、甘肃的方言和民俗，他们的聚居地被称为“陕西村”“甘肃村”，成为西北回民迁徙的海外分支。
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