RNA 引导的核酸酶依赖向导 RNA 识别靶序列并进行特异性切割,是基因编辑技术的核心工具。通过对核酸酶或向导 RNA 进行工程化改造,可优化或改变其分子功能,例如实现核酸酶到切口酶的活性转化。切口酶在双链 DNA 上产生单链切口,可促进同源重组修复,并提升碱基编辑和先导编辑的精准度。

目前,链特异性切口酶活性的实现,主要依赖对蛋白关键催化位点的突变。相比之下,在保持核酸酶结构与功能完整的情况下,通过改造向导 RNA 实现切口酶活性,可实现更灵活的切割模式调控,例如在不同位点针对不同 DNA 链产生切口。然而,基于 RNA 改造实现切口酶活性的研究仍较为有限。如何在分子机制解析的基础上设计具有跨靶点普适性的工程化向导 RNA,仍有待进一步探索。

2026 年 3 月 13 日,天津医科大学基础医学院/肿瘤医院张恒课题组在Molecular Cell上发表了题为「Molecular Basis for Dual-spacer-guided Target Cleavage by the TIGR-TasH System」的研究论文。该研究阐明了 RNA 引导核酸酶 TIGR-TasH 系统的分子机理,并提出「向导 RNA 调控型」新型基因编辑机制。通过理性设计向导 RNA,该系统可在双链 DNA 上产生单链切口(nick),显示出 TIGR-TasH 系统在基因编辑技术开发中的应用前景。

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TIGR-Tas 系统是一类由 RNA 引导、靶向双链 DNA 的新型核酸作用体系,主要分布于细菌、古菌及病毒中。其典型基因座包括 TIGR(Tandem Interspaced Guide RNA)阵列及 Tas(TIGR-associated)蛋白编码基因。TIGR 阵列由重复序列与间隔序列交替排列组成,可被转录并加工为成熟向导 RNA(tigRNA)。成熟 tigRNA 含有两个串联排列的间隔序列,可分别与靶 DNA 双链的两条单链配对,实现对双链底物的协同靶向。该识别模式不依赖 PAM 或 PFS 等靶标邻近基序,理论上拓展了可靶向序列范围。

Tas 蛋白以源自真核 box C/D 家族 snoRNP 复合体的 Nop 结构域为核心,并常与 RuvC 或 HNH 等核酸酶结构域融合,形成具有 DNA 切割活性的 TasR 或 TasH。Tas 核酸酶仅约 300-400 aa,大小约为 SpCas9 的 30%,在作为基因组编辑工具时具有明显的小型化优势。然而,该系统的向导 RNA 产生、底物识别及变构激活等过程的分子机制仍不清楚。

团队对噬菌体来源的 SpTasH 系统(下称 TasH)开展研究。在复合体体外组装实验中,研究人员意外发现,TasH 仅依赖自身 Nop 结构域活性位点处理 TIGR 转录本,生成 36-nt 成熟 tigRNA。这与此前报道的 TaTasR 系统需要宿主因子参与 tigRNA 处理不同,提示 TasH 系统具备多靶点基因编辑的潜力。在底物识别方面,团队发现 TasH 在 Mg2+或 Mn2+等二价金属离子存在下,可切割末端完全配对的双链 DNA。生化实验和结构解析证实,一个独特的 β-发夹精确限定 TasH 对靶 DNA 的识别长度,并参与招募 HNH 核酸酶结构域;一个保守的赖氨酸残基在 DNA 双链打开过程中发挥关键作用。此外,该系统对 RNA–DNA 杂交区的错配容忍度较低,具有高保真的底物靶向识别特异性。

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RNA 介导的 TIGR-TasH 切口酶活性

Tas 蛋白普遍具有同源二聚结构特征,较难通过蛋白水平突变实现 nickase 活性。研究团队在理解 TIGR-TasH 分子机制的基础上,通过在 tigRNA 重复区引入突变,调控其相邻配对区的 DNA 链切割活性,并在人细胞系中进行了验证。该策略首次实现了由向导 RNA 重复区定义的链特异性切口酶活性,为构建高精度基因编辑工具(如碱基编辑和先导编辑)提供了新的分子底盘。

综上,这项研究揭示了 TIGR-TasH 系统从 tigRNA 自加工、复合体组装到双链识别与变构激活的完整分子机制。作为一类小型化、无 PAM 限制的 RNA 引导核酸靶向系统,TIGR-TasH 有望通过进一步工程化改造发展为新一代基因编辑工具。天津医科大学张恒教授为论文通讯作者,杨洁博士、王童谣、刘志坤、孙仰跃、吴文齐博士、詹焱程博士为论文共同第一作者。

天津医科大学基础医学院/肿瘤医院张恒课题组长期从事免疫防御系统相关基础研究,聚焦新型核酸中心型微生物免疫系统的功能与分子机制,并开展衍生技术工具的开发与应用转化,以通讯作者在Nature, Nature Microbiology, Nature Chemical Biology, Molecular Cell, Cell Research等期刊发表研究论文。课题组现招聘测序、微生物学、生物化学等方向博士后,欢迎联系。实验室官网:https://www.zhanglab.life/

文章链接:https://doi.org/10.1016/j.molcel.2026.02.017

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