五角大楼报告显示，F-35第五代战斗机项目在2025财年未实现任何新的作战能力升级，主要原因是软件问题导致技术升级两种配置的作战测试全面延迟。TR-3最新软件版本40R02“不适合专用作战测试”，而TR-2版本30R08因稳定性问题“基本无法使用”。
F-35拥有570万行代码，是早期五代机F-22（170万行）的三倍有余，这种极端复杂性使其软件问题持续了十年之久。Block 4升级计划已大幅缩水，原定66项能力仅剩部分，全面实现要等到2030年代初。当前在中东冲突中，F-35机队因缺乏Block 4软件，无法使用包括AGM-88G反辐射导弹在内的多种空对地武器。
技术升级2（TR-2）和技术升级3（TR-3）两种飞机配置的作战测试延迟。五角大楼作战测试与评估主任的年度报告指出，这一发现反映了软件极端问题数十年来阻碍该项目发展的长期趋势。
根据报告，开发团队在2025财年同时推进两条与不同硬件基线相关的独立软件线。大部分机队依赖较旧的TR-2软件，使用一种基线；而部分较新的飞机使用第二种基线，旨在更好地支持TR-3软件。升级后的TR-3航电系统旨在实现未来的Block 4任务系统能力，该能力的发展被视为具有战略重要性，但一再被推迟。尽管F-35此前计划早就应当拥有Block 4标准的大部分能力，但现在预计要到2030年代初才能实现。
最新报告强调，最新的软件版本30R07和30R08花费的时间比计划长，为解决缺陷所需的软件迭代次数比预期多，而且这两个版本交付或将交付的能力都低于原计划。结果是没有任何有意义的能力提升，40系列的TR-3软件进一步落后，并累积了新的缺陷。这些软件延迟现在正在影响项目的作战测试能力。
与越南战争时期的F-4A（拥有1000行代码）和早期五代机F-22（拥有170万行代码）相比，F-35拥有570万行代码，这是导致其复杂性的主要因素。作为全球唯一生产的北约兼容第五代战斗机，F-35项目的问题对美国及其盟友的安全利益具有特别重大的影响，特别是当美国面临来自中国尖端第五代和第六代战斗机项目的同级压力时。
2025年2月，作战测试与评估主任的年度报告强调了F-35项目在使飞机达到严重延迟的TR-3标准方面面临的持续困难。此前这一问题曾导致所有战斗机交付暂停，并继续对项目造成严重干扰。由于TR-3软件对于F-35执行高强度作战至关重要，其实战化的延迟对全球隐形战斗机机队的作战潜力产生了重大影响。
同年9月，美国空军第461飞行测试中队接收了一架独特的、专门配备仪器的F-35A战斗机，旨在加强严重延迟的新软件测试，采购这架飞机旨在帮助加速将软件完全提升到TR-3标准的努力。TR-3标准此前预计在2020年代初实现，为Block 4标准的F-35在2025年左右投入实战铺平道路。
美国政府问责局（GAO）2025年9月发布的一份基于对F-35项目审计的报告显示，将F-35现代化升级至Block 4标准的工作面临越来越严重的延迟，尽管大幅缩减了升级范围，仍需额外两年时间来开发和安装计划中的改进。报告指出，Block 4现在将“拥有更少的能力，将经历进度延迟，并将产生未知的成本”。
报告还强调“Block 4现在将包括最初66项能力的一个子集以及后续几年增加的能力”。自2月28日美国和以色列发动中东战争以来，F-35缺乏Block 4软件的后果已清晰可见，因为其F-35机队可使用的武器种类受到严重限制，缺乏任何类型的空对地导弹，包括对防空压制行动至关重要的AGM-88G导弹。这些能力要到2030年代初Block 4标准姗姗来迟地实现时才能获得。
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