同济大学回应的那篇 Nature 论文，有哪些疑点值得细品|同济大学|图版|学术|实验|论文|读者

昨天，同济大学发布情况说明：针对近日网络上对我校教师王某发表的相关论文数据存疑的反映，学校高度重视，已成立调查组，启动调查程序。学校一贯对学术不端行为秉持「零容忍」态度，将根据调查情况严肃认真处理。

2024 年 11 月，这篇题为Human HDAC6 senses valine abundancy to regulate DNA damage的论文发表于Nature。论文提出，HDAC6 可能作为细胞内感知 valine 水平的关键分子，并进一步影响 TET2、DNA 去甲基化和 DNA 损伤。由于这一研究同时涉及营养感知、表观遗传调控和肿瘤治疗，它在发表后很快引起了广泛关注。

但随后，这篇论文也在 PubPeer 上引发了持续讨论。起初，讨论主要集中在图片和图版展示上；后来，部分读者进一步把注意力转向了文中的定量数据，认为其中存在值得认真核查的异常模式。

当然，不是论文上了 PubPeer 就要被一棒子打死，想弄清事情原委，还是得一件一件仔细掰扯清楚。

01 这篇论文究竟研究了什么？

这篇论文真正想提出的新意，不是「HDAC6 参与了某条通路」，而是把它提升成了一个 valine 传感器。作者声称，HDAC6 可以通过一个灵长类特有的 SE14 重复区直接结合 valine；当 valine 缺乏时，HDAC6 会从细胞质进入细胞核。

图片来源：Nature

接下来，论文把 HDAC6 和 TET2 联系了起来。

按照作者的模型，HDAC6 进入细胞核后会影响 TET2 的活性，推动 DNA 去甲基化，并进一步通过后续过程增加 DNA 损伤。换句话说，作者试图建立一条相当完整的链条：valine 水平变化 - HDAC6 入核 - TET2 活性变化 - DNA 损伤增加。

论文后半部分又将这条链条和肿瘤联系起来。

作者在移植瘤和患者来源移植瘤模型中报告说，限制 valine 的饮食可以抑制肿瘤生长，并增强 PARP 抑制剂的效果。文中还比较了不同限制强度，认为 0.41% valine 的饮食条件在抑瘤作用和副作用之间表现出一个相对可接受的平衡。

如果只看主线，这篇论文的叙事确实很完整：一个营养分子，一个新的感知机制，一条通往 DNA 损伤的分子路径，最后再落到潜在治疗启发上。这也是它在发表时会迅速受到关注的原因。

02 最早的质疑，首先来自图片问题

正因为这篇文章备受关注，所以网友们也提出了不少问题。

最早几条质疑，集中在免疫荧光图像的重叠和图版错放上。有读者指出，不同图中出现了可疑的重叠区域；随后作者之一公开回复，承认存在图版误放，并表示已联系期刊处理。

图片来源：PubPeer

如果事情只停在这里，那么它更像一篇高水平论文里并不光彩、但也并非完全罕见的图版整理问题。真正把争议推向更严重方向的，是后续读者开始分析这篇论文的定量数据本身。

PubPeer 上最受关注的一组质疑，集中在图 4c。根据原论文图注，这一部分是对 γH2AX 阳性细胞比例的定量，每组统计了 35 个显微视野。有评论者先指出，部分数据的小数位分布显得异常整齐；随后又进一步指出，在作者公开的这组数据中，把某一列逐行都加上 0.3%，就能得到旁边一列本应独立的数据；类似地，还有列与列之间呈现逐行加上 2.15% 的关系。

图片来源：PubPeer

作者随后在 PubPeer 上回应称，这些数值来自 Gen5 软件对图像的分析，再按「阳性细胞数除以总细胞数」换算得到，并贴出了更详细的原始计数表，试图说明这些百分比的来源。也就是说，作者的解释并不是「数据录错了」，而是「软件分析和计算流程就是这样得到的」。

但质疑并没有因此结束。

之后有评论者继续指出：即便接受作者给出的原始计数，这些本应来自独立视野、独立计数的数据，仍然出现了连续 35 行保持完全相同 0.3% 差值的情况。更进一步，有评论者基于概率计算认为，这种现象偶然发生的可能性极低。这里需要特别说明的是，评论者的统计论证，不是期刊已经给出的正式结论。

但正是这种分析，让争议从「图片问题」升级成了「数据生成逻辑问题」。

另一组高度集中的质疑则针对图 4f。

图片来源：Nature

评论者指出，作者后来贴出的这一组详细数据中，70 个百分比数值全部只有 1 位小数。表面上看，这像是四舍五入；但评论者进一步对照作者给出的阳性细胞数和总细胞数后认为，很多值并不只是常规四舍五入，而是恰好落在「只会出现 1 位小数」的特殊分数位置上。基于这一点，评论者认为，如果这些值真是独立测得，那么全部都呈现这种格式的可能性也是非常低的。

后续评论并不只盯着图 4c 和图 4f。还有评论者指出，把图 4c 的 8 列数据画成折线后，其中 7 列的曲线形态都异常相似；同一条评论还列举了扩展图 5c、图 5f、扩展图 6c、扩展图 6m 等位置，认为来自不同实验的数据之间出现了一对一对应或高度相似的曲线模式。