光绪四年（1878年）一月，清军将领刘锦棠率部进入塔里木盆地南缘的重镇和田。在按清军律例进行战后户口清查时，州府统计出了一组反常的数据：城内除了世居的本地百姓，竟盘踞着五千三百多名非大清户籍的外来人口。经核查，这些人绝大多数来自英属印度。
十九世纪六十年代，清朝内部接连遭遇太平天国与捻军起义，西北军政资源被极度压缩。同治三年（1864年），新疆多地发生暴乱，地方官府的基层建制瘫痪。次年，中亚浩罕汗国的军官阿古柏趁机越界入侵，先后攻陷喀什噶尔、叶尔羌、和田等地，在南疆建立起割据政权。
阿古柏能够迅速成事，直接背景是沙俄与英国在中亚地区的利益博弈。沙俄趁乱出兵，强占了北疆的伊犁地区；而统治印度的英国，为了防止沙俄势力继续向南亚次大陆渗透，决定将阿古柏政权扶植为阻挡沙俄南下的缓冲地带。同治十三年（1874年），英国派出官方外交使团，与阿古柏签订了《英阿条约》。该条约使得英国在当地获得了设立外交领事馆、英国商品免关税流通的特权。
面对新疆沦丧的局面，清廷内部在光绪元年（1875年）爆发了“海防”与“塞防”的战略争论。直隶总督李鸿章主张放弃新疆，将有限的财政全部用于东南沿海防御。陕甘总督左宗棠则提出新疆是西北边防的物理屏障，坚决主张出兵收复。最终，清廷采纳了左宗棠的建议，任命其为钦差大臣督办新疆军务。左宗棠采取“先北后南、缓进急战”的策略。为了解决后勤，他在甘肃设立兰州制造局引进德国机床生产开花炮弹，并委托胡雪岩向外国银行高息借款一千多万两白银以筹集西征军费。光绪二年（1876年），装备了克虏伯后膛炮的清军分批出关，先收复北疆，随后向南疆推进。光绪三年（1877年），阿古柏在库尔勒暴毙，其残部迅速溃败。
清军收复和田后，这五千多名外籍人员的处置问题，直接摆在了清廷的决策层面前。这是一个极为棘手的外交与军事难题。
如果按照常规战时军法，将这些依附敌军的外籍人员全部处决，必定会引发严重的国际冲突。当时英国驻华公使威妥玛正以云南“马嘉理案”为政治借口，迫使清政府签订不平等条约。大英帝国远东舰队的主力在东南沿海频繁活动。如果清军在和田大规模处决具有英国臣民身份的人员，英国军方立刻就能以“保护侨民”为由，对清朝沿海港口发动军事打击，阻断清廷的经济命脉。
如果直接将这五千人遣返回印度，后果同样严重。这些人在南疆生活经营多年，对塔里木盆地的绿洲分布、隐秘水源通道，以及清军的兵力部署、武器配置情况非常熟悉。将他们无条件放归，等同于把新疆的边防地形图和军事情报全盘交给了英国军部。
如果将他们继续留在城内听之任之，清军的后勤根本无力负担。当时的西征军费大多靠举债筹措，粮秣需要从几千里外的陕甘地区用骆驼和骡马转运，运输一石粮食的成本往往需要耗费几十石粮食。动用极其昂贵的军粮去供养五千名身份可疑的外籍人员，违背基本的军事常理。况且，让一个庞大的外国情报网络继续盘踞在边陲重镇，随时会引发新的边疆动乱。
接到前线呈报后，左宗棠没有采取激进的强制手段，而是下达了严格的甄别指令。他要求军中调集精通多种语言的译员，对这五千多人逐一进行身份登记、职业记录和背景核查。整个盘查工作十分繁琐，持续了数周之久。
根据核查结果，左宗棠将这些人分为三类进行处理。
第一类是掌握火器维修和机械制造技术的熟练工匠，共计数百人。清军没有将他们遣返，也没有将他们留在南疆，而是派兵将其押解至数千里之外的甘肃兰州制造局。这些外籍技术人员被编入兵工厂，在清军的看管下，参与清朝新式枪支的铜帽底火和开花炮弹的仿制工作。这一举措补充了西北兵工生产的技术短板，客观上提升了驻疆清军的弹药自给率。
第二类是从事普通贸易的商人与手工业者，占据了这五千人的绝大多数。左宗棠向他们提供了两个选择：愿意离开的，限期自筹路费出境；愿意留下的，必须彻底放弃外籍身份，按照大清保甲制度重新登记入户。留居者需要遵守清朝律法，更换服饰，不得再寻求英国领事裁判权的保护，并全额缴纳厘金与常税。通过这一行政手段，清政府剥夺了这批人的治外法权，将庞大的外国商团打散，纳入了普通的民政管理体系。
第三类是携带测绘仪器、地形图纸以及军事情报的间谍和军事教官。对于这部分核心人员，左宗棠下令将他们随身携带的所有物证原封不动地装箱。随后，清政府通过总理衙门，将这批人员连同间谍证据一并移交给英国驻华使馆。面对确凿的物证，英国使馆失去了借题发挥的法理依据，无法以保护平民的理由进行外交讹诈和军事干涉，只能接受人员被遣返的事实。英国在南疆建立的基层情报网络被彻底物理拆除。
在解决外籍人员问题的同时，清军和当地百姓也对阿古柏政权进行了清算。阿古柏死后，其长子曾将其尸骨运回喀什噶尔，并耗费重金修建了陵墓。清军收复喀什噶尔后，当地民众与士兵扒开了陵墓，将阿古柏的尸骨挖出，直接焚烧成灰。
战事平息后，左宗棠通过实地勘察，得出单靠军事驻扎无法长久维系边防的结论。他在新疆沿途推行屯田水利，在驿道旁大规模种植树木以防风固沙。更核心的举措是，他多次向清廷上奏，陈述新疆孤悬塞外的建制弊端，要求在新疆设立行省，推行与内地完全相同的府州县行政管理制度。光绪十年（1884年），清廷正式批准新疆建省，刘锦棠出任首任新疆巡抚。新疆在行政体系上彻底与内地整合，从根本上消除了外国势力利用制度真空进行渗透的政治空间。
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