吴石于1894年出生在福建闽侯螺洲的一个普通书香门第。1911年辛亥革命爆发时，年仅17岁的他便加入福建北伐学生军，较早地投身于推翻帝制的革命行动中。辛亥革命成功后，他进入武昌陆军中学学习，1914年考入保定陆军军官学校第三期炮兵科。
毕业后，吴石先在地方部队任职，随后前往日本留学。1934年回国后，他任职于国民政府参谋本部第二厅第一处，担任处长一职，主要负责对日情报工作。在此期间，他耗时三年，广泛搜集日本报纸、杂志等资料，编纂成《参二室蓝皮本》，该书后来成为国民政府对日决策的重要参考依据。
全面抗日战争爆发后，吴石直接参与了多场重大战役的参谋工作。在武汉会战期间，他与同僚于指挥部精心绘制地图，标注日军可能的行军路线。在长沙会战、湘桂会战、桂南会战、昆仑关战役以及桂柳会战等战役中，他负责统筹兵力部署与规划后勤路线。
1945年，抗战取得胜利，鉴于他在战争期间的卓越贡献，被晋升为陆军中将。此后，他先后担任国防部史政局局长、第十六集团军副总司令等职务，得以接触核心军事档案。
1947年4月，在上海锦江饭店的一间屋内，经何遂父子引荐，吴石与中共中央上海局的相关人员会面。自此，他开始凭借职务之便，为共产党提供重要情报。
办公室里，他晚上翻部队番号、装备清单、海防图，把关键数据抄下来，通过香港渠道送出去。渡江战役前，他提供了长江江防兵力部署图，细到团一级。福州解放前，他还安排人把298箱国民党军事档案藏在福建省研究院书库，后来移交给解放军。
1949年8月13日，吴石接到蒋介石密电，带着妻子王碧奎和两个小孩坐飞机去台湾，就任国防部参谋次长。到台湾后，他继续干老本行。
在办公室里，他借看文件的机会，记下台湾战区战略防御图、海峡海流资料、各军兵力分布、机场机型、舰艇部署这些东西。先后跟联络人秘密见面六次，地点选安全地方，先对暗号，再快速交缩微胶卷或图表，从来没出过事。
1950年3月1日晚，台北他家门外突然有人急敲门。保密局特务冲进来，翻箱倒柜，在抽屉里找到签给朱谌之的特别通行证。吴石当场被抓，押到军法局。
审讯室里连续好几天提审，他受了酷刑，一只眼睛因此瞎了，但始终没说出组织细节。3月到4月侦讯结束，5月30日军事法庭判吴石、陈宝仓、聂曦、朱谌之四人死刑。
6月10日下午，台北马场町刑场，四个人被押过去执行。吴石那年56岁。判决后半小时就执行，四人跪在坡地上，枪响后吴石中两枪，朱谌之中了六枪才咽气。遗体装薄棺埋了。
吴石案在台湾高层震动很大。国民党刚退到台湾没多久，内部出这么大漏洞，蒋介石马上要求全面清查，同时加快重建对大陆的情报渗透体系。吴石的名字在台湾成了禁忌，在大陆后来被追认为革命烈士，1973年正式认定。
吴石牺牲后，台湾情报部门没停手。从1950年代开始，他们训练大批人员，学无线电、暗号、伪装、武器，通过飞机夜间空投或者小船海上偷渡往大陆送人。每次行动都有联络暗号、指定区域、接应方案。
大陆那边基层管理抓得很紧，城市有街道居委会，农村有村级组织，陌生人一出现，口音不对或者举动可疑，很快就被居民注意到，有人马上报告民兵或者公安。多数空投或者登陆的人落地没多久就被围捕，根本开展不了工作。
不少派出去的人根本没踏上大陆土地。他们到香港或者澳门就停下来，租房子，每天买大陆公开报纸，晚上听广播，把公开消息整理一下，包装成内部情报，按时发回台湾领经费补贴。
在整个20世纪50年代，台湾情报系统表面上运行顺畅，情报报告纷至沓来。蒋经国主管情报安全事务，长期依据这些情报材料进行决策，自认为对大陆情况了如指掌。
1962年，台湾方面策划了一次行动，派遣46名经过训练的人员执行任务。此次行动准备较为充分，高层寄予厚望。然而，行动伊始便状况频出，这些人员刚完成集结或登陆上岸，就被察觉并遭到围捕。此次行动的失败，使蒋经国开始对之前的判断产生质疑。
1963年，蒋经国于台北办公室审阅一批涉及大陆地名的情报文件时，敏锐察觉到其中存在明显异常。文件中的部分地名仍沿用1953年以前的旧称，而大陆早已对这些地名进行更改，不再使用。此种情况仅有一个合理的解释，即撰写报告之人并不身处大陆，其信息源自陈旧资料。
有鉴于此，蒋经国进一步查阅更多文件，发现类似错误愈发频繁。他当机立断，下令开展内部彻查，要求对过去多年的情报来源进行全面核实。
彻查结果远比预期更为严峻。台湾所获取的内线情报，大部分系伪造。多年来，台湾在情报工作上投入了巨额经费、大量人员以及众多物资，每年的情报预算在财政支出中占据相当比例，然而换来的却是一堆毫无价值的虚假信息。经过核实，过去积累的情报报告基本失去参考价值。此次彻查，使得蒋经国多年来对大陆情报渗透所怀有的信心几乎荡然无存。
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