1949年6月5日，南下干部大队与台属工委在天台召开大会，宣布中共浙江省委决定和各县区领导班子名单。根据省委决定，建立海门直属区，任命陈振中为中共海门区工委书记，梅法烈兼海门区区长。
1949年6月9日，浙南游击纵队三支队一大队分三路进攻海门，驻海门的国民党水警大队逃跑下海，人民政府尚未建立，海门成为真空地带。椒南工委利用旧政府人员和开明士绅维护社会性秩序。
6月9日后，旧政权多数人员逃走，前国民党区长孔庆荣仍留区署维持。他欣然接受椒南工委要他出面工作的要求，与潘梦麟一起，联络开明士绅商会会长王仲光、工商界人士赵连城、周雁飞以及地下党员孙仲琦、李伯康等各界人士20多人，成立了“应变会”，暂时维持社会性秩序。
6月中旬，椒南工委工作人员组织考察与吸收知识青年参加工作。台州中学一批学生及海门各小学中的一些进步男女教师，从海门来到黄岩县城，由椒南工委组织学习，通过审查吸收进工作队伍。
台州地委组织部长王槐秋也率领黄岩、温岭、仙居三个县的南下干部，抵达黄岩，向在黄岩城内的干部传达了省委、省政府的决定，即按原行政区域成立县委、县政府和区、乡政府。
6月25 日，中国人民解放军21军62师184团从前所渡过椒江，海门解放。
椒南工委的部分人员20多人与南下干部18人一起由工委书记陈振忠带领，于海门解放当天就进入海门接管伪政府及机关等单位。不久在海门成立了台州专署海门直属区工委。
还接受了浙江省渔业管理处，农工日报、工商日报、台州民国新闻三家报社，国民党、三青团机关报，国民党区党部（空房18间，单短枪三支），三青团分团部，伪水警局局部，台州中学，海关 （公寓房一幢），十一伤兵医院，税务局及盐仓等。
对旧政权的全面接管，意味着新政权即将诞生。
1949年5月中旬，浙江省政府按原行政区域建立县、区政权、刻制钤记，其时海门尚未解放。6月初，省、地领导决定，华东局批复，海门为专署的直属区，并在干部配备、管理上都按直属区对待。
1949年6月25日，海门解放。根据中共浙江省第六（台州）地委的决定，建立海门直属区人民政府，受台州专员公署领导，下辖海门镇、葭沚乡、三山乡、山东乡，区政府开始启印视事。由于新印章没有刻制好，仍借用“临海县人民政府海门区公所钤记”印章。
7月，任命徐德为海门区代区长。9月椒江北岸的涌泉、玉砚、章安、前岸四个乡划归海门直属区管辖（1950年3月，接台州专署指示将椒北四乡划归临海县）。
解放初，海门区乡行政区划基本沿袭旧制，区委以海门镇为主体，安定与建立革命秩序，利用旧保甲人员听训，每日三次至一次，召开各界座谈会，大会小会说明形势发展、约法八章、人民政府态度，建立码头工人组织，解决渔民三个月停顿生产问题，开放港口，以葭沚乡为基点组织区工作队下乡，开展农村工作。
各乡镇依工作条件相继成立乡镇政府。1949年7月，设立海门镇、葭沚乡人民政府；9月设立三山乡、山东乡、章安乡、玉砚乡、前岸乡人民政府；10月，设立涌泉乡人民政府。八个乡镇的正副乡镇长由区委、区政府任命。
中华人民共和国的政权组织形式，是实行民主集中制的人民代表大会，但在建国初期，由于各方面条件还不成熟，不可能在短时期限内召开普选出的人民代表大会，为此创造了各界人民代表大会议这一过渡形式。
1949年12月，中央人民政府发布省、市、县各界人民代表会议组织通则，规定凡具备条件的地方应抓紧召开各界人民代表大会议，并促使其逐步代行人民代表大会职权，选举产生各该级人民政府。
1951年1月15日至19日，海门直属区第一次各界人民代表大会议召开，出席会议代表121人，区长程精业作工作报告。审议通过《彻底粉碎美帝细菌战继续深入抗美援朝》《进一步做好治安加强海防》《筹募小学民办经费》《市政建设》等4项决议。选举产生常务主席1人、副主席2人、委员16人。
各界人民代表大会议设常务委员会，至1953年4月共召开了6次会议，选举产生了6任常务委员会。1954年7月，遵照《中华人民共和国宪法（草案）》的规定，改为人民代表大会制度。
1954年7月12日至15日，海门直属区人民代表大会第一次会议召开，出席会议代表67人。会议议程为政治报告、政府工作报告、宪法草案报告以及决定今后任务和选举出席省人民代表大会代表。
直属区人民代表大会成为全区最高的权力机关，大会的召开标志着全区政权建设的完善。
各级人民政府成立之后，积极发动与组织群众、维护社会秩序、剿匪反霸、恢复与发展生产，从政治上、军事上、经济上保卫胜利果实，巩固人民政权。
海门解放，各级人民政权建立，正面的敌人消灭了，隐藏的敌人蠢蠢欲动，山匪海匪互相勾结，伺机反扑，形势仍十分严峻。
地方政府主动负责了解敌情、摸清土匪活动的规律，通过关系户和比较靠近政府的中上层人士，以及遭受匪特残害或威胁的人来了解掌握基本情况，排出可疑人员名单、土匪出没地点、具体人数及武器、活动规律等，与驻地人民解放军配合肃匪反特。
1949年7月，首次出动部队对北山一带土匪进行围剿，捕获2人。8月24日，集中184团在城区的人员分成84组，对全城实行大检查，共收押嫌疑分子500多人，次日经甄别审查，拘留87人。
在这一行动的震撼下，一旧政府工作人员举报匪特隐藏的军用物资、黄色炸药1200多斤。乡下的土匪也渐渐不敢入城。
经过两个月的清剿，到8月底公开在海门境内活动的土匪渐趋减少。9月，以部队干部为主，地方干部为辅组成工作队，分驻各乡，帮助各地进行民主改革，组织农会，发动群众，揭发斗争地主恶霸，清算其罪行，切断了土匪在农村的关系。
派出武装班跟工作队下乡，其主要任务就是剿匪反霸，捍卫民主政权。1950年初驻台部队被抽调去解放舟山，匪势又开始猖獗。5月舟山解放，184团回驻海门，解放军战斗力加强，土匪活动有所收敛。
8月8日，人民解放军在地方政府的协助下，对椒江、路桥、金清等地的土匪进行拉网式的大规模清剿。22日，对北岸桐峙山区土匪进行清剿，直捣其老剿。经此，南北两岸大股土匪不复存在，不再对地方政权构成危害。
海门解放初，特情十分严重，既有军统局撤离前潜伏的特务，又有大陈岛国民党驻军派遣来海门刺探情报的，潜特还为敌机轰炸作向导，对海门的建设存在重大威胁。
海门直属区成立后，即成立公安分局，1950年6月后又设立椒东、椒西、太和、枫山、椒江等派出所。1949年8月16日，首次破获国民党“浙江外海水上警察局”潜伏特务组，逮捕潜伏特务6人。
10月，侦破匪“国防部第三十六纵队”椒江地下军组织。至年底，公安干警共侦破匪特地下组织14股，潜伏的匪特组织基本上被肃清，其后主要是反敌派遣特务。1955年，一江山岛、大陈岛相继解放后，匪特的潜在威胁不复存在。
为发动群众，新政府组织群众团体，推进政府工作。
1949年7月，中共海门直属区区委成立海门工运工作组，区委副书记徐保民为组长，负责工运工作，陆续建立店员、工厂、码头、草帽、手工业、成衣、理发、人力车、挑水等9个产业、行业工会，至1951年6月已发展会员2483名。
1951年建立海门区总工会筹备委员会，筹备成立工会。同年12月27日召开第一次工会代表大会，成立海门区总工会，赵立祥当选为首届总工会主席。
1950年，工会动员667名失业工人回乡务农，组织120余名失业海员拆除海滩的破旧船，解决暂时困难，动员89名海员工人支援人民解放军解放舟山及台州湾近海岛屿。工会组织在维护社会秩序、恢复发展生产、协助政府推进政务等方面发挥了很大作用。
各乡、村先后成立了农民联合会。1950年11月召开海门区农民代表大会，成立海门区农民协会，程精业兼任农协主任。1951年召开渔民代表大会，成立渔民协会。
1950年6月，中国新民主主义青年团海门工作委员会建立，至1952年，有党支部19个，团员278名。1952年召开新民主主义青年团海门区首届一次代表大会，改为团海门区委，并选举林正为书记。
1951年“三八”节召开海门区各界妇女代表大会，到会代表100多人。会后，各居委会成立妇女基层组织。1954年成立海门区民主妇女联合会，丁原琴为首任妇联主任。
1950年3月，在21军城市工作队的组织发动下，海门工商业联合会筹备委员会举行成立大会，主任委员王仲光，会员327户。至1952年，下设酒酱、草帽、书纸、行商、竹木5个同业公会与24个小组。
在直属区、乡镇的建政初期，各地都闹干部“荒”。区委重视从实践中发现、培养、使用干部。1953年区行政干部从1949年8月的128人，增加到250人，乡干部人数也有很大增加。大部分干部都是称职的。
建国初期的行政干部，有地方坚持干部、南下干部，还有许多是从本区选拔的工农积极分子。新吸收的知识青年干部，充满革命热情，但大部分不了解情况，缺乏群众工作经验，语言不懂，城乡深入工作进程艰难。
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