同治元年（1862）的春天，太平军扶王陈得才率部翻越秦岭，直逼商州，川滇农民军蓝大顺部从四川北上，杀入陕南。此时陕西的精锐绿营多半被抽调到东南战场镇压太平军与捻军，省城西安守军不足千人，各州县更是防务空虚。慌乱之下，清廷下诏令各州县速办团练，由地方士绅募勇自保。
当时渭南有五百名回民勇丁被编入团练，赴华州刘裕口阻击太平军，结果一战即溃，队伍四散。其中一个叫叶三元的回勇，途经华州小张村时，看中了村民王老汉家的一片竹园，打算买些竹竿回去打造兵器柄。双方谈好价钱，约好次日带人来砍。
第二天叶三元如约而至，王老汉的儿子却突然反悔，说竹子不卖了。双方争执不下，很快从口角升级为斗殴。附近村庄的汉民闻讯赶来帮忙，人多势众之下，两名回民当场被打死。
出了人命，叶三元等人抬着尸首到华州衙门告状，只求官府秉公惩凶。可华州知州濮垚素来偏袒汉民，非但不追查凶手，反而认定回民越界砍竹理亏在先，将告状的回民当众责罚一顿，赶出了衙门。死者家属不甘心，又跑到渭南县衙申诉，渭南知县曹士鹤干脆拒不受理，还将带头告状的人枷号示众。
四月二十四日，华阴团总赵权中以“回民勾通太平军”为借口，带着团丁血洗了秦家村及周边的回民村庄，见人就杀，见房就烧，整个村子被夷为平地。
四月二十五日，华州回民率先竖起起义大旗，渭河两岸的回民村庄纷纷响应。为了统一调度、协同作战，起义军在起事之初便整编出十八大营，推举任武、赫明堂、洪兴、禹得彦、禹彦禄等人为各营统帅。
起义爆发的速度远超官府预料，旬日之间，大荔、华州、渭南及邻近州县的回民便尽数起事。各地地主团练起初还想着趁火打劫，四月二十五日，蒲城县南乡龙阳、孝同数十个村庄的团练纠集上万丁壮，主动围攻起义军，结果一战即溃，死伤惨重。五月二日，回民起义军北进蒲城，接连击败伏龙、平路各乡团练，攻克兴市镇、王庄堡，歼灭团练一千七百多人。
四月二十九日，耀州、富平的团练数百人闯进耀州寺沟堡，杀死回民数十人，烧毁清真寺，随后又到同官韩家原，开枪放炮挨家搜杀。
两地回民无力抵抗，只得扶老携幼逃往临潼县的苏、拜等村避难。五月九日，渭北的回民起义军突破地主团练在渭河南岸的封锁线，南渡渭河，横扫了东到华州城、下庙，西到赤水、大涨，南到田村、郭村、双碑、涨村等地的团练武装。经此一战，渭南、华州一带的团练势力被彻底打垮，起义军声势大振。
此时省城西安的防守极为空虚，陕西巡抚瑛棨手里无兵可调，外面又没有援军，眼看起义军越闹越大，便想出了缓兵之计。五月四日，他请出赋闲在家的前任江西巡抚、督办团练大臣张芾，带着临潼县令缪树本、西安回绅马伯龄等一行二十余人，前往临潼油房街“安抚”起义军，试图以谈判拖延时间。
张芾是陕西泾阳人，出身官宦世家，在地方素有声望。瑛棨本以为凭他的身份，至少能稳住局面。可张芾从心底里轻视回民起义军，谈判伊始便态度倨傲，非但不提制止团练烧杀的事，反而以武力相威胁，强令起义军交出所有武器，还要把首领任武交出来治罪。
这番话彻底激怒了在场的起义军将士，原本就对官府缺乏信任的众人，认定这是清廷的诱捕之计。谈判当场破裂，张芾一行人全被扣押。五月十三日，经过公审，张芾、缪树本等人被押到仓头镇南门外的渭河滩上处死。
张芾被杀的消息传到京城，朝野震动。瑛棨趁机将事情定性为“回民攻城戕官，谋逆叛乱”，主张全力弹压。清廷也认定回民行为已属叛逆，当即决定调兵入陕镇压。瑛棨随即发布告示，将所有回民都定性为“叛匪”，号召各地地主团练配合官兵一体镇压，格杀勿论。
五月中旬，西安城郊回民在孙玉宝的带领下举起义旗，又得到渭北马生彦、白彦虎部的渡河支援，一举攻克金胜寺，随后拿下西安城北的团练大本营六村堡，彻底打破了清军对西安城郊的封锁。七月间，起义军接连进攻泾阳、三原、咸阳等地，兵锋直抵西安城下。
八月，清廷任命钦差大臣胜保率领近万精兵入陕，从潼关向西推进。胜保是镇压太平军出身的老将，本以为区区回民起义不堪一击，没想到沿途不断遭到回民军的伏击，连战连败，连咸阳城都攻不下来。败报传回京城，慈禧太后大怒，下旨将胜保革职拿问，押解回京赐死。
同治二年正月，清廷改命多隆阿为钦差大臣，督办陕西军务。就在多隆阿清剿渭北的时候，关中西部的凤翔府正被崔伟率领的凤翔回民军围困，已经围了半年之久，城内粮尽援绝，官员坐困愁城。九月，多隆阿命部将陶茂林率部驰援凤翔，激战数日之后才解了凤翔之围。
曹克忠部攻破三水、白吉原，雷正绾部解了邠州之围，多隆阿本人则率军攻陷渭城。至此，陕西境内的起义军大部分据点都被清军控制，陕西回民军难以在关中立足，只得从凤翔、白吉原等地分批向西撤退，进入甘肃境内的董志原
就在这时，清军主帅多隆阿在攻打周至的蓝大顺部时，被城上的流弹击中，伤重而死。清军一时群龙无首，再加上甘肃本地的回民起义已经全面爆发，甘肃本省的绿营兵分散各地，根本无力镇压。
从陕西追过来的雷正绾、陶茂林、曹克忠几部兵力有限，只能顾着攻打灵台、泾州、秦安、平凉几个要点，无暇顾及董志原。这就给了退到这里的陕西回民军难得的休整机会。
同治五年十一月，西捻军张宗禹率领数万大军从河南打入关中，陕西局势再度剧变。张宗禹派人联络董志原的回民起义军，约定共同对付清军。
陕西回民军随即发动返陕战役，从董志原大举东下，陕西各地告急。危急关头，清廷任命左宗棠为陕甘总督、钦差大臣，督办陕甘军务。
同治六年，西捻军东渡黄河救援东捻军，左宗棠率军一路追击，将西捻军逐出陕西。同治七年，西捻军在山东覆灭，左宗棠随即率大军返回西安，全力对付陕西回民军。
对付回民军，左宗棠没有采取多隆阿那样的猛冲猛打，而是制定了“节节剿洗、步步为营”的战术，修堡垒、挖壕沟，逐步紧逼，一点点蚕食回民军的活动空间。面对清军的稳步推进，回民军难以抵挡，只得再次退回董志原。
为了集中兵力应对危局，他们在萧金镇召开军事会议，将十八大营合并为四大营，由白彦虎、禹得彦、崔伟、马正和四人担任统帅。同治八年，清军攻破董志原，白彦虎等人率回民军撤出经营多年的根据地，向金积堡一带撤退，与马化龙领导的宁夏回民军汇合。
同年秋天，清军进围金积堡。马正和、陈林等人率领部分回民军，在金积堡会同马化龙部一起抗击清军；白彦虎、禹得彦、崔伟等人则率部在隆德、会宁、静宁一带袭击清军粮道，牵制清军兵力。
同治九年正月，左宗棠坐镇平凉，督促刘松山加紧攻打金积堡。二月，回民军在马五寨设伏，一举击毙清军主将刘松山。主帅阵亡，清军士气大跌，回民军趁机发起反攻，先后收复灵州至固原的广大地区，还大规模攻入陕西境内的定边、陇州以及关中东部的蒲城、大荔、渭南等处，关中再度告急。
刘松山死后，左宗棠命其侄刘锦棠接统金积堡前线的清军，同时调集陕甘各路清军堵击回师陕西的回民军。回民军兵力不足，难以在陕西立足，只得陆续退回甘肃。随着清军越围越紧，金积堡内的粮草渐渐耗尽，外援也被完全切断。同治十年正月，金积堡最终陷落，陈林率领一万余陕西回民军向清军投降。
金积堡陷落前，白彦虎、崔伟、禹得彦等人已经率领陕西回民军主力及眷属向南撤退，前往西宁，驻扎在大小南川一带。同治十一年七月，左宗棠进驻兰州，随即派刘锦棠率军进攻西宁。白彦虎、禹得彦、崔伟率领陕西回民军，与马桂源领导的西宁回民军并肩作战，在西宁以东的大小峡与清军血战六十余日。
湟水两岸的峡谷狭窄崎岖，易守难攻，回民军在山上修筑堡垒，层层阻击。清军每前进一步都要付出惨重代价，五十余战下来，湘军损兵折将，始终无法突破防线。可随着战事拖延，回民军弹药渐渐耗尽，兵力也得不到补充。最终因为实力悬殊，起义军战败，崔伟、禹得彦等人率部投降清军，白彦虎则带着数千陕西回民军向西撤退，经河西走廊直奔肃州。
在肃州，白彦虎部与当地回民军汇合，继续与清军作战。可此时整个甘肃的战局已经无可挽回，清军重兵围困肃州，起义军寡不敌众。同治十二年六月，白彦虎率部冲出肃州，向西出嘉峪关，退往新疆。至此，持续了十二年的陕西回民起义，在清军的层层围剿下最终失败。
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