康熙初年，新疆白山派领袖阿帕克和卓因内部斗争失势，离开喀什向东辗转，途经哈密、河西走廊进入青海河湟区域，在西宁南山一带长期停留讲学。
当时西宁已有大量西域移民后裔，城中东关、北关、南川形成连片回民村落，凤凰山一带开阔山地适合静修参悟，阿帕克和卓便在此设立静修场所，向当地穆斯林传授纳格什班迪耶虎夫耶修持方式，同时收授本地弟子，其中最具代表性的便是巴藏沟出身的鲜美，以及东关大寺任教的李太巴巴、马殿功等本地知名阿訇。
阿帕克和卓将八件当时传教信物分交几位当时门徒，嘱咐他们在河湟、洮岷一带传播学理，这一批本地门徒，也成为西北最早一批苏非传承者，直接打破了此前单一格底目平稳发展的局面。
跟随阿帕克和卓学习的马守贞，祖籍长安，祖上是唐代随军东来的大食将士，幼年随母亲定居西宁，后遵师令前往临洮东峪沟扎根传教，创立穆夫提门宦；同为门下弟子的鲜美则留在青海，以平安巴藏沟为根基发展信众，形成鲜门门宦。同一时期，经阿帕克和卓引荐，中亚传教师阿布杜拉抵达西宁，同样收授门徒，后续衍生出毕家场门宦。
短短数十年间，以西宁为发源地，虎夫耶体系下多个门宦先后成型，各有固定信众范围：鲜门门宦主要覆盖西宁、平安、湟中、大通；穆夫提门宦信众集中在河州、民和、化隆；毕家场门宦扩散至洮州、岷州一带。
在此之前，甘宁青穆斯林不分支派，全部遵循传统格底目教坊，而西宁诞生的几大门宦，率先制造出教义、功修层面的区分，康乾时代第一次大规模教派分化就此出现，河湟谷地自然成为分化的当时发源地。
除虎夫耶各支，格底林耶也依托西宁地域发展壮大。清代嘉庆年间，大通良教人杨保元远赴麦加、中亚多地寻访道堂苦修，前后在外游历三十余年，掌握完整格底林耶修持体系后返回青海，在西宁北小街设立道堂收徒，晚年定居大通后子河，由此形成后子河门宦。
杨保元不局限于本地传教，常年往返陕、川、甘、新各地拜访贤达，吸纳不同民族信众，其门下弟子遍布西宁、湟源、大通、湟中，后子河拱北建成之后，成为格底林耶在青海的当时圣地。
新疆归来的千总马方将海外苏非学理带回大通，收授康成、阿里穆萨等本地信徒，衍生大通新辈门宦。
短短百余年，仅西宁府管辖的西宁、大通、平安、民和、化隆各地，就诞生五支独立门宦，每一支都以西宁周边村镇为源头，向外辐射周边州县，原本统一的西北穆斯林信仰圈层，被河湟诞生的诸多支派切割划分。
教派分化带来的不仅是功修差异，各地清真寺的归属、经堂教育的讲授内容、民间婚丧礼仪标准全部出现分歧，教坊之间时常出现辩论争执。乾隆年间，河州马来迟来到化隆、循化一带传播另一支虎夫耶支系，也就是华寺门宦，这支教派同样以西宁为重要活动区域，在湟中、巴燕设立讲学场所，与此前穆夫提、鲜门信众时常产生观念冲突，不同门宦为争夺清真寺主导权、经师资源发生矛盾，教争逐渐常态化。
而西宁东关清真大寺作为区域规模最大的中心寺院，成为各支派争夺的关键场所，先后由冶氏家族世代执掌，冶正国、冶正明兄弟主持扩建寺院时，兼顾各派诉求，一度暂时缓和矛盾，但随着各门派势力持续扩张，仅靠一座中心寺院调和已然无力，整个河湟乃至甘肃东部的宗教秩序，都因西宁发源的门宦体系彻底重构。
教派格局变化，同步改变了地方社会结构。明代西宁推行土汉参治，十六家土司分管各地民众，穆斯林事务由土司与传统阿訇协同管理，不存在教团势力干预基层的情况。康乾分化之后，各门宦形成以拱北、道堂为当时的圈层社群，信众凡事听从本门教主指引，土地、商贸、婚嫁往来都以门宦圈层为边界，土司、地方官府治理难度大幅提升。
民和县米拉沟冶土司家族，原本统辖当地全部穆斯林，穆夫提门宦传入后，大量冶姓民众改随门宦，土司号令难以通行；化隆、平安各地屯庄，也因民众分属不同门宦，村落社群一分为二，地方基层管理体系发生明显变动。清廷也察觉到河湟教派分化带来的治理难题，在西宁增设办事大臣，专门处理宗教相关民间纠纷，茶马司、地方乡约同步介入清真寺管理，一套全新的边疆宗教治理模式，因西宁兴起的门宦群体逐步成型。
康乾教派分化埋下的矛盾，在晚清同治、光绪两次河湟事变中集中爆发。同治年间起事群体中，华寺门宦教主马归源是当时领袖，依托西宁城建立据点，不同门宦信众分别站队，有的参与起事，有的选择依附官府，教派隔阂进一步加深。
战乱平息后，大量清真寺被拆毁，拱北遭破坏，大批穆斯林从西宁城内被迁往南川、西纳川偏远谷地，原有聚居格局被打散，各门宦为保存信众，主动向河西、甘南、宁夏、新疆扩散传教，原本局限河湟的教派势力，彻底铺满整个西北。
光绪二十一年河湟事变再度爆发，教争矛盾与民间冲突相互交织，事后清廷推行分散安置政策，将西宁大量民众拆分迁往大通、贵德、化隆，各门派借着人口迁徙向外拓展信众范围，西宁作为教派源头的辐射作用变得更为突出。
清末民初，另一支全新教派在西宁崛起，再次重塑西北伊斯兰格局，也就是伊合瓦尼。东乡人马万福朝觐归来，提出“遵经革俗”的主张，批判门宦拱北朝拜、繁复道乘修持等仪式，最初在河州传播时遭到各门宦联合抵制，难以立足，辗转新疆途中被羁押，途经甘肃时被时任甘边宁海镇守使马麒接往西宁。
马麒意图借助新教派削弱各大世袭门宦的地方势力，巩固自身在青海的管控，于是全力扶持马万福，将西宁东关清真大寺定为海乙总寺，建立总寺统管周边百余座中小清真寺的层级教坊制度，由东关大寺统一培训阿訇，派往湟中、大通、平安、民和、化隆乃至甘肃临夏各地主持教务。
依托马家军政力量的支持，伊合瓦尼在西宁快速铺开，湟中邦巴、鲁沙尔，化隆群科、巴燕，平安洪水泉等大型清真寺全部改为伊合瓦尼讲学基地，马万福培养出十大知名阿訇，分赴甘宁青各地传播主张，直接与存续两百余年的各门宦形成对峙。
传统门宦主张先贤拱北朝拜、重视道乘静修，伊合瓦尼则简化仪式，反对世袭教主制度，两种体系的分歧遍布城乡清真寺，西北伊斯兰教再次迎来大规模格局调整。
宁海回教促进会在西宁东关大寺成立，马麒担任会长，马万福任副会长，宗教传播与地方军政力量结合，伊合瓦尼以西宁为大本营，短短二十余年覆盖青海全境，并深入宁夏、河西、甘南，原本由各大苏非门宦主导的西北宗教版图，形成格底目、各门宦、伊合瓦尼三足并存的全新形态，而这场巨大变革的起点，依旧是西宁。
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