1901年，《辛丑条约》签订之后，各国列强一致把董福祥统领的甘军定为庚子事变的罪魁祸首，强硬要求朝廷严惩统帅、解散部队。清廷一边要应付外交压力，一边又清楚甘军扎根陕甘宁青，手下汉回士兵数量庞大，如果直接赶尽杀绝，很容易在西北爆发大规模动乱。
最后朝廷决定：甘军原本完整二十五营人马，一次性裁汰五千五百名年老、体弱的底层兵丁，让他们就地返乡务农；剩下能征善战的精锐重新缩编为八个营，拆分两处管理，回族骑兵主力交由马安良统辖，汉族步兵分给固原提督、陕西提督分头驻守；而甘军最高统帅董福祥被彻底革去所有官职，只允许保留三营亲兵返回固原老家安置。
上万名退伍士兵、数十名中高级将官没有被朝廷统一安置，各自返回河州、固原、平凉、凉州、西宁、甘州、肃州、陇南这些原籍老家，手里还留存大量制式枪械。清末最后十年，陕甘好几任总督多次想要收拢整合这批散落武装，可各路将领要么消极拖延，要么就地自行招募同乡、同族青壮年扩充队伍，私下截留地方粮草赋税，不受中央调遣的私人武装慢慢成型，这就是后来陇上八镇最早的底子。
早在同治年间，固原人董福祥收拢陕北战乱流民、归降义军，从中挑选精锐编成董字三营，甘军正式成型。之后三十多年，这支队伍先后打赢金积堡之战、平定西宁乱局、长途翻越天山收复新疆全境，光绪二十一年又千里回师平定河湟回民起义，1897奉旨整队入京，划入荣禄设立的武卫军，编号武卫后军。
1900庚子年间，甘军先是在廊坊车站阻击西摩尔率领的联军，打出庚子第一恶战；八国联军进攻北京城时，甘军死守正阳门、东便门多处城墙，多名马家将领战死；京城失守之后，又是甘军全程护送慈禧、光绪两宫一路向西逃亡西安。也正是因为甘军奉命进攻东交民巷使馆，才被列强锁定为追责对象，才有了后来全军拆分的结局。
等到民国建立，北洋政府面对疆域辽阔、地广人稀的甘肃，根本没有足够兵力全面管控，于是按照地域划分八大防区，每个防区设置一名镇守使，独自掌管辖区内军队、赋税、治安、民政，这八大势力就是后世所说的陇上八镇。八名镇守使回汉各四人，四位回族镇守使全部完整跟随甘军参与过庚子战事，四位汉族镇守使里，两人是董字三营初代骨干，另外两人长期协同甘军作战，辖区兵力全部由甘军退伍士卒组成。
回族四大镇守使的甘军渊源：
第一位宁夏护军使马福祥，河州本地武举出身，兄长马福禄当年组建乡勇，河湟起义时整体编入甘军，归入武卫后军简练军。廊坊阻击战、正阳门血战，马福禄带头冲锋战死，马福祥接手兄长全部回族骑兵。两宫西逃途中，马福祥挑选两百名熟水性士兵护送皇室渡过黄河，深得慈禧信任。甘军裁撤之后，他带着本部马队扎根宁夏，辛亥革命组建昭武军，也就是日后宁马军阀的根基。
第二位宁海镇守使马麟，他的父亲马海晏原本是河州义军首领，归顺董福祥之后在甘军担任旗官，庚子年驻守正阳门，护送两宫西行途中在宣化病逝，马麟和兄长马麒承袭父亲全部骑兵部队，驻守青海化隆，慢慢收拢周边部族，成为青马军阀的源头。
第三位凉州镇守使马廷勷，他是甘军回族最高统帅马安良的长子，马安良当年带着全部河州回民武装归附董福祥，全程入京抗敌、护驾西狩，裁兵之后手握完整回族精锐组建西军，马廷勷成年接管河西凉州防区，麾下老兵清一色都是原甘军战士。
第四位甘州镇守使马璘，常年跟随马安良征战，庚子年间一同驻守正阳门抵御联军，甘军拆分后留在张掖，掌控河西整条线路的回族骑兵。
四位汉族镇守使：
陇东镇守使陆洪涛早年在新疆从军，调回甘肃后跟随甘军元老张行志作战，张行志是董字三营左营将领，陆洪涛依靠固原大批甘籍老兵组建振武军；
肃州镇守使吴桐仁，河湟起义时期就编入甘军作战，裁兵后留在酒泉收拢河西屯田老兵；
陇南镇守使孔繁锦曾经主管甘军保定粮台，负责全军军械粮草转运，清亡后整合甘军步兵驻守武都；
河州镇守使裴建准虽然没有入京参战，但辖区内部主力依旧是马安良遗留的甘军回族部队。除八大镇守使之外，董福祥的孙子董恭、固原提督邓增、总兵朱万荣这些甘军旧将，都是各方势力争相拉拢的重要军事力量。
1911辛亥革命爆发，陕西率先成立革命军政府，时任陕甘总督长庚、前巡抚升允调集甘肃全部兵力东征，想要攻下西安镇压革命，这支东征大军的统帅几乎全是甘军旧人。汉军方面有张行志壮凯军、陆洪涛振武军、董恭恭字营、吴桐仁建威军；回军主力是马安良精锐军、马福祥昭武军、马麒西宁部队。
行军途中，各路将领不再完全服从总督调度，自主掌控征兵、收税、军械储备，实质上已经成为独立势力。清帝退位之后，各路将领拒绝上交部队，北洋政府无力出兵压制，只能正式设立八大镇守使，陇上八镇割据格局就此固定，各镇互不统属，各自为政。
到1920年直皖战争结束，皖系出身的甘肃督军张广建失去靠山，马福祥牵头联合马麟、马廷勷、马璘四位甘军出身的回族镇守使，打出“甘人治甘”的旗号，联名通电揭露张广建弊政，发动驱张自治运动，部队主力依旧是传承二十年的甘军回族骑兵。
张广建离职之后，甘肃爆发督军之争，马福祥代表回族诸马争夺督军之位，陆洪涛联合陇东甘军汉将公开反对，两边全部依靠甘军遗留武装作为博弈筹码。北洋政府为避免西北大乱，只能折中安排，任命陆洪涛留守甘肃，把马福祥调往绥远，两股源自甘军的势力就此拆分。
甘军留下的影响贯穿整个民国早期甘肃。首先军队结构完全复刻甘军，汉步兵、回骑兵分开编组，多民族混编的模式没有改变；其次依靠同乡、宗族招兵的传统延续，外来官员很难插手地方驻军；同时镇守使军政一体，兼顾防务、屯田、征税，照搬当年甘军新疆戍边制度。哪怕后来冯玉祥国民军进入甘肃瓦解八镇体系，宁夏、青海的诸马依旧依靠甘军遗留的根基长期割据。
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