空间转录组学近年飞速发展，但始终面临一个“不可能三角”：成像法分辨率高，但只能看几十到几百个预设基因；测序法通量全，但分辨率低，看不清单个细胞。还有一个更隐蔽的短板——绝大多数方法无法区分同一基因的不同RNA异构体，而这些异构体在细胞身份、信号传导和疾病中作用各异。
2026年7月16日，哈佛大学庄小威团队在Cell在线发表题为“Whole-transcriptome-scale isoform-resolved spatial imaging of single cells in tissues”的研究论文，该研究打破了这一局面。
2026年4月28日，哈佛大学庄小威及Catherine Dulac团队合作在Cell在线发表题为“Spatial organization and detection of social odors in mouse primary olfactory system”的研究论文，该研究首次以前所未有的分辨率和完整度，绘制出了小鼠嗅觉系统的全景“分子-功能”图谱，揭示了气味感知从鼻腔到大脑的精确空间编码规律（点击阅读）。
RT&T-AMP：原位RNA扩增新方法
研究团队开发了RT&T-AMP——一种原位RNA扩增方法。原理是先逆转录、再转录，把单个RNA分子在原地扩增成大量拷贝，然后再用MERFISH技术检测。扩增步骤解决了短转录本和异构体难以检测的问题，MERFISH保证了高通量和单细胞分辨率。
小鼠大脑成像：33,000种RNA
利用该方法，团队在小鼠脑组织中成像了约33,000种不同的RNA分子——包括约23,000个基因和约10,000种异构体。这是首次在同一实验中同时达到全转录组覆盖、单细胞分辨率和异构体分辨率。
文章模式图（图源自Cell
生物学发现
系统分析了空间相关基因模块，这些模块精确定义了解剖结构和不同脑区；揭示了大量具有区域和细胞类型特异性异构体使用的基因；某些脑结构的异构体特异性尤为丰富；分析了基于配体-受体的细胞间通讯，展示了空间微环境如何调控信号交互。
意义
这项技术相当于把空间转录组从“标清”推到了“4K超高清”——不仅能看清每个细胞里有哪些基因在表达，还能分清每个基因用的是哪个版本。对神经科学、发育生物学和肿瘤研究来说，异构体层面的空间信息可能打开全新的认知窗口。
参考消息：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00747-6
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