RNA药物是新兴药物形式,可治疗多种疾病,新冠mRNA疫苗的全球成功推动了其开发与应用。治疗性RNA结构多样,通常包含帽结构、5′非翻译区(5′UTR)、编码序列(CDS)、3′非翻译区(3′UTR)及多聚腺苷酸尾(poly(A)尾),其mRNA药物结构对保障翻译可靠性和稳定性至关重要。目前已知并研究的RNA种类丰富,如常规mRNA、自扩增RNA、环状RNA等。
mRNA药物递送面临多重难题,一是自身理化性质不稳定,二是可能引发不必要的免疫反应,三是向靶细胞和靶组织递送存在困难。且因自身结构和电荷特性,mRNA易降解,导致向细胞递送效率低下。脂质纳米颗粒(LNPs)和脂质复合物是mRNA药物的关键递送载体。LNPs通常由可电离脂质、磷脂、胆固醇、聚乙二醇(PEG)脂质及辅助脂质(如二硬脂酰磷脂酰胆碱,DSPC)组成,这些脂质成分协同作用,可保护mRNA、提高细胞摄取率,并保障治疗性蛋白质的高效表达。此外,LNPs的结构可根据给药途径、靶细胞以及mRNA衍生蛋白质的表达情况(如静脉注射、皮下注射、肌内注射,蛋白质分泌型或细胞内型)进行定制。
mRNA递送系统具有独特性,其PK分析需通过多项检测来明确药物独特的PK属性。以LNP-mRNA药物为例,需检测循环系统(如血清、血浆、脑脊液、尿液)中包封的mRNA以及LNP各成分(如可电离脂质、PEG脂质)的含量,这些成分对RNA药物的递送和疗效均起关键作用。在构建PK/PD模型时,会将mRNA的PK与表达蛋白质的动态变化及其他生物标志物相关联,以建立剂量-暴露-效应关系。本文重点介绍mRNA药物PK的单一组成部分,即循环系统中mRNA的定量分析。
当前用于PK分析的定量PCR技术缺乏生物分析方法验证的规范性指导,且现有的生物分析方法验证监管指南仅针对配体结合和色谱分析方法,不适用于PCR。因此,本文聚焦逆转录定量PCR(RT-qPCR),旨在提供用于支持mRNA药物(如LNP-mRNA)PK分析的RT-qPCR监管检测方法的设计、验证及样品分析相关的技术考量。尽管本文以LNP-mRNA为重点,但用于检测和定量液体基质(如血清、血浆或其他生物基质)中裸露mRNA、向导RNA(gRNAs)或类似RNA结构的检测方法,也可以参考。
下图展示了RT-qPCR PK方法设计、验证、样本分析的相关考量点。
RT-qPCR检测mRNA药物的设计考量
本文围绕支持mRNA药物PK分析的RT-qPCR检测方法,从引物探针设计、检测流程选择、样本处理及参照品四个核心维度,梳理了关键设计策略与技术要点。
一、引物/探针设计与多重检测
1.前期基础考量
·设计检测方法前,需明确mRNA药物的结构,包括LNP核心内RNA链的数量与种类。
·若药物含多种RNA(如LNP包裹的多个mRNA、CRISPR-LNP中的mRNA与gRNA),需判断是否需检测所有RNA种类,或选择一种代表性RNA即可满足药代动力学分析需求。
2.多重检测优势与设计
·多重RT-qPCR/RT-dPCR可在单个反应中同时检测多个靶点,能减少试剂用量、样本体积和反应时间,适合样本量有限的高通量检测,其设计可参考已有qPCR多重检测方法。
3.特殊情况与设计要点
·mRNA-LNP中的RNA常经修饰以提升稳定性,需在方法开发阶段验证这些修饰不会影响定量准确性。
·当需使用短寡核苷酸或较低退火/延伸温度时,可采用含锁核酸(LNA)的引物/探针以增强结合力,尤其适用于RNA寡核苷酸检测。
·引物/探针设计需结合使用场景与特异性要求,同时考虑扩增效率、二级结构预测等因素,且设计偏好可能随开发阶段变化(如早期用“骨架”特异性检测,确定候选药物后用药物特异性检测)。
二、一步法与两步法检测选择
1.两种方法核心差异
·一步法:逆转录(RT)与qPCR在同一反应管中进行;两步法:RT与qPCR在不同反应管中分步进行,二者各有优劣,需在方法开发中谨慎选择。
2.方法适用场景与优势
·一步法:更常用于液体基质样本,无需额外操作步骤,可减少样本处理误差;且使用基因特异性引物,能确保有足够逆转录引物检测PK研究中的靶RNA,市面上有Thermo Fisher TaqPath、TaqMan等系列商用试剂盒。
·两步法:当样本体积/量有限、需对不同靶点进行多重检测时更具优势;但两步法常用的随机六聚体或oligo dT引物,需优化才能实现靶RNA的高灵敏度定量。
3.辅助与优化手段
·市面上有含特殊缓冲液(如GC缓冲液)的预混液,可解决模板二级结构问题;具体选择一步法还是两步法,需依据方法开发需求与使用场景(COU)确定。
三、样本收集与处理考量
1.基质选择
·需通过合适的临床样本收集、处理和储存条件保护mRNA完整性,且mRNA药物的脂质成分差异可能影响其在收集和储存过程中的稳定性。
·生物基质选择取决于给药途径、生物分布(如血浆/血清、脑脊液、尿液)等因素;检测血循环中mRNA时,血清与血浆的选择可参考同一采血管能否同时用于mRNA药代动力学、脂质药代动力学、免疫原性及可溶性生物标志物检测。
2.稳定性保障与处理方式
·LNP药物在冻干条件下4°C储存稳定,但需验证所选基质中mRNA成分的稳定性;部分LNP在采血管中储存稳定,但mRNA若不添加额外试剂可能不稳定。
·可使用含专有添加剂的商用采血管(如PAX gene ccfDNA管、Streck RNA Complete BCT管)长期保护mRNA,但这类管子可选容积有限(最大10mL),可能增加患者负担。
·样本收集后可立即添加裂解缓冲液或RNase抑制剂,但操作难度较高;也可通过快速冷冻(如液氮、干冰)保护样本完整性,以待后续PCR分析。
3.抑制剂与提取注意事项
·需评估样本中的稳定剂是否会抑制PCR(尤其在最小稀释度(MRD)后直接检测时),若存在抑制风险,建议进行提取,但需确保提取过程不影响检测灵敏度。
四、参照品要求
1.基础文件与信息
·药代动力学检测需提供参照品的分析报告(COA),以证明其特性,报告需包含物质名称、批次号、来源、储存条件、有效期/复检期、纯度、浓度等基础信息。
2.关键信息与选择考量
·参照品的分子量与核苷酸序列信息至关重要,可确保回收率计算的准确性;了解分子量来源(如生产与表征所用方法),有助于保证检测过程中测量结果的一致性。
·参照品通常为含靶序列的RNA标准品(如供试品、分析物、药物产品、LNP-mRNA、mRNA或含目标扩增子的合成核酸片段),选择时需考虑方法开发、验证及样本分析阶段是否有足量供应,且检测中使用的校准品与质控品需来自同一参照品。
五、RT-qPCR定量mRNA的标准曲线与质量控制
标准曲线:实现绝对定量的核心
标准曲线用于对目标RNA进行绝对定量,在方法验证中需评估线性动态范围、灵敏度、线性关系、扩增效率及重复性。其构建可采用LNP-mRNA或裸露mRNA作为标准参照品,浓度单位可为纳克、皮克或单链拷贝数,具体范围需结合使用场景与药物研究需求,匹配待测样本的预期浓度。标准曲线构建主要分为非提取法与提取法两类。
1.非提取法(Non-extraction):无需提取,直接检测
非提取法无需对基质样本进行RNA提取,直接通过RT-qPCR分析目标序列,核心流程与注意事项如下:
标准品制备:若以LNP-mRNA为参照品,需将其高浓度掺入空白基质(如宿主血清、血浆),再通过系列稀释或其他稀释方案制备不同浓度的校准品;若以裸露mRNA为参照品,需在含基质裂解液(与样本处理流程一致)的体系中制备标准品。
关键步骤:从LNP-mRNA复合物中释放mRNA的加热步骤,可在稀释至MRD后进行,也可整合到RT-qPCR反应中。若使用裸露mRNA标准品,且药物产品(LNP-mRNA)可获取,建议验证二者的线性一致性。
优化方向:可通过优化关键参数与试剂提升检测效果,如使用抗抑制剂聚合酶、聚合酶增强剂,或调整直接RT-qPCR反应条件。
2.提取法(Extraction):经RNA提取后检测
提取法需先对样本进行RNA提取,再构建标准曲线,分享两种典型方案,各有侧重与优化要点:
方案一:裸露mRNA掺入提取后基质RNA
操作逻辑:将裸露mRNA标准品掺入从空白基质中提取的RNA中,由于提取后的RNA对RT-qPCR的抑制作用弱于原始基质,可在单次反应中检测更多RNA样本,且提取过程能浓缩核酸,提升检测灵敏度。
需要注意的是,该方案未考虑目标RNA从基质中的回收率,因此需在方法验证中通过设置提取QC或其他评估手段,明确提取流程的回收率,确保定量准确性。
方案二:LNP-mRNA作为参照品掺入基质
操作逻辑:以LNP-mRNA药物产品为参照品,掺入空白基质并稀释,制备标准品与QC样本;需在方法开发阶段优化提取用样本体积(如判断是否需预稀释)。
需要注意的是,此方案难以实现高且稳定的提取效率,需在方法开发中测试不同提取试剂盒与平台进行优化;可通过在提取过程中掺入已知浓度或拷贝数的对照RNA,经RT-qPCR检测其回收率来估算提取效率。若标准品、QC样本与待测样本在同一提取板中处理且条件一致,可无需单独估算提取效率;此外,向低浓度LNP-mRNA样本中添加载体RNA,可提升RNA回收率,且需在标准品与QC样本制备时同步添加。
优化方向包括:提取方法优化可覆盖多个维度,包括样本投入量、提取试剂盒及组件、载体RNA、缓冲液选择、DNase处理、热处理、自动化操作等。
六、质量控制(QC):保障检测可靠性
为验证标准曲线与样本分析所用方法的有效性,需制备并同步分析QC样本,同时设置多种对照以监控污染、提取/PCR过程及DNA干扰,具体体系如下:
1.核心QC样本:覆盖不同浓度水平
QC样本需与校准品分开制备,建议在相关基质中掺入参照品,设置低、中、高三个浓度水平,确保覆盖待测样本的浓度范围。用于评估检测方法的准确性、精密度与稳定性,判断单次分析是否有效。
2.阴性对照:监控污染风险
无模板对照(NTC):所有检测批次均需包含,由水或缓冲液组成,用于监控试剂污染,需满足“未检出”或“低于检测下限(LLOQ)”的验收标准。
警戒对照(Sentinel Control):非强制要求,但可用于监控RT-qPCR建立过程中的空气传播污染,其组成与NTC一致(如水、缓冲液),但在建立时需暴露于环境空气中,验收标准与NTC相同。
3.过程对照:监控提取与PCR效率
提取过程对照:在提取前向样本中掺入外源RNA寡核苷酸或MS2病毒(如RNA噬菌体),通过RT-qPCR检测其回收率,评估提取过程是否有效。
PCR抑制对照:以双重检测形式加入外源对照(如Thermo Fisher的Xeno对照、Sigma的SPUD对照),通过监控其循环阈值(Ct值),确认目标mRNA检测结果低于定量限的样本为“真阴性”,排除PCR抑制导致的假阴性。
4.无逆转录对照(No RT Control):排除DNA干扰
在RT-qPCR中设置No RT对照,用于监控样本中的DNA污染,区分mRNA与DNA产生的信号,确保检测仅针对目标mRNA。该对照至少在方法开发阶段必须包含,若有必要也可纳入验证环节,同时保障引物探针的特异性(不扩增DNA污染物)。
设置方式:
使用不含逆转录酶(RT)的预混液,且该预混液需与RT-qPCR用预混液成分一致(如盐浓度、Taq聚合酶),仅缺失RT。
对RT-qPCR预混液中的RT进行热灭活,但需注意该方式可能无法完全消除RT活性,效果有限。
使用核糖体DNA(rDNA)特异性引物,利用rDNA序列高度保守且在基因组中丰度高的特点,同时检测基因组DNA(gDNA)污染。
DNA污染评估:可通过对比NoRT对照与已知目标浓度样本的Ct值,或使用商用技术(如Valid Prime),评估样本中gDNA的污染情况,避免其影响检测准确性。
RT-qPCR检测mRNA药物的方法验证
一、线性(Linearity):验证信号与浓度的关联
线性用于评估RT-qPCR中“输入RNA量”与“输出信号(Cq/Ct值)”的比例关系,核心围绕RT效率、PCR效率及标准曲线线性展开。
效率评估
RT效率:衡量RT酶将RNA转化为cDNA的准确性,理想效率为100%(完全转化),但受RNA质量、酶活性、目标RNA结构及反应条件影响,难以完全实现。
PCR效率:衡量DNA聚合酶在每轮循环中复制模板的效率,理想值接近100%,实际受引物设计、反应条件、模板质量及抑制剂影响;生物基质可能抑制效率,通常≤90%的效率若能满足检测性能与重复性要求,也可接受。
线性关系与标准
理想线性关系表现为:在对数尺度下,Cq/Ct值随RNA浓度增加呈比例下降。
线性动态范围通常受样本提取等分析前步骤限制,而非RT-qPCR本身。
验收标准:标准曲线的相关系数(R²)≥0.980为普遍可接受水平。
二、准确度与精密度(Accuracy and Precision, A&P):评估检测误差
A&P用于衡量检测方法的随机误差与系统误差,需在方法开发阶段初步确定,并在验证阶段确认。
准确度:检测结果与“真实值”的接近程度,以相对误差(%RE)表示,计算公式为(观测值-真实值)/真实值×100%。
精密度:多次独立检测结果的一致性,以变异系数(%CV)表示。
样本制备:QC样本需与标准曲线独立制备,通过向相关生物基质(如血清、血浆裂解液)中掺入已知量参照品制成,覆盖检测范围的低、中、高三个浓度,同时包含ULOQ与LLOQ。
检测要求:需进行批内(同一次实验)与批间(不同次实验)评估,至少包含6次合格实验,由≥2名分析人员在≥2天内完成,每个浓度水平至少检测3次。
验收标准
qPCR(插值法):批内/批间精密度≤30%CV(QC样本)、≤50%CV(LLOQ);准确度%RE在-50~100%范围内。
dPCR(绝对拷贝数):批内/批间精密度≤30%CV(QC样本)、≤50%CV(LLOQ);准确度%RE≤30%(QC样本)、≤50%(LLOQ)。
三、灵敏度(Sensitivity):确定最低检测能力
灵敏度指方法检测低浓度目标RNA的能力,核心评估指标为定量下限(LLOQ),而非检测下限(LOD)。
监管指南对灵敏度的规定较模糊,需结合检测用途与药物研究需求,以样本中目标RNA的预期浓度(如Cmax、Ctrough)为参考。
LOD在mRNA药物PK检测中意义不大,因低于LLOQ的结果统一判定为“低于定量限(BLQ)”。
LLOQ评估与验收
评估方式:与A&P评估同步进行(≥6次实验、≥2名分析人员、≥2天)。
验收标准:批内/批间精密度≤50%CV,准确度%RE符合A&P中LLOQ的要求。
四、特异性与选择性:确保检测专一性
二者分别针对“非目标RNA干扰”与“基质内源性成分干扰”,保障检测结果仅来源于目标mRNA。
特异性:评估引物-探针组合在总RNA或非目标RNA(如多mRNA药物中的其他mRNA)存在时,准确检测目标RNA的能力。
设计阶段:通过BLAST等数据库工具,在计算机层面预测引物-探针是否与非目标序列结合。
实验阶段:用无模板对照(NTC)或空白基质提取RNA作为阴性对照,若检测结果≤LLOQ,即证明特异性。若需评估非目标RNA干扰,需向样本中掺入非目标mRNA,检测结果需≤LLOQ(无交叉反应)。
选择性:评估方法在基质内源性成分(如代谢物、溶血/脂血样本中的杂质)存在时,准确检测目标RNA的能力。
评估方案:至少选取10个个体的基质样本,分别进行“未加标”与“低浓度加标(如LQC)”检测;未加标样本需“未检出”或结果≤LLOQ,加标样本需至少80%(8/10)符合A&P验收标准。
五、稳健性(Robustness):验证方法抗干扰能力
稳健性指方法在实验条件轻微变化时,仍维持稳定性能的能力,通常不强制纳入验证,但对长期应用至关重要。
不常规在方法开发阶段进行,但若实验条件无显著变化,可通过不同日期的数据对比初步判断。
正式评估可通过“批次测试”实现,人为改变实验变量,如分析人员、仪器、实验日期、预混液批次,或样本制备流程。
核心价值:降低方法不可靠风险,尤其在后续需更换关键试剂批次时,可确保方法连续性。
六、提取效率/回收率(Extraction Efficiency/Recovery):评估提取过程有效性
提取效率衡量从基质中回收目标RNA的能力,需针对不同基质分别评估,核心为优化提取流程并验证其稳定性。
评估范围
至少需评估“主要基质”与“替代基质(如磷酸盐缓冲液PBS)”;若涉及多种类似生物流体基质,需分别评估。
方法开发阶段:在提取流程优化后,通过1次或多次实验,用高、中、低浓度加标样本(或6~8个浓度梯度样本)评估,样本需按分析计划冷冻或储存。
方法验证阶段:在多个实验批次中验证回收率(需结合基质可获得性),验收标准需匹配使用场景。
评估方法
向基质中掺入已知量的LNP-mRNA药物产品,经提取后用RT-qPCR/RT-dPCR检测,通过“实测浓度/预期浓度×100%”计算回收率/提取效率。
需额外评估预期Cmax浓度下的提取效率,确保方法对高、低浓度LNP-mRNA均适用。
特殊情况:若方法无需RNA提取(如直接检测),则无需评估提取效率;若采用“稀释/热处理”释放mRNA,需评估LNP释放目标mRNA的效率。
七、稀释效应(Dilutional Effects):验证稀释流程可靠性
稀释效应评估“样本稀释步骤”是否影响目标RNA的检测浓度,确保超量程样本经稀释后可准确检测。
评估方案
方案1:向基质中掺入超定量上限(如10×ULOQ)的目标RNA,用空白基质稀释后检测,验证各稀释度的准确度与精密度是否符合标准。
方案2:提取加标样本后,稀释提取产物再检测,同样验证准确度与精密度。
关键要求:评估方法需与实际样本检测流程完全一致,确保结果可直接应用于实验。
八、稳定性(Stabilities):保障样本处理与储存有效性
RNA易降解,需通过多种稳定性评估,确保样本在处理、储存过程中浓度无显著变化,避免误判“浓度差异”为“生物学差异”。
长期稳定性(LTS)
评估条件:需同时评估-20℃与-80℃储存条件(考虑部分实验室无-80℃设备);若mRNA在-20℃不稳定,需缩短检测间隔并及时转移至-80℃储存。
评估时间点:至少包含1周、1个月,或根据研究需求延长至3个月、6个月、12个月(覆盖样本预计储存周期),用HQC、LQC样本验证。
其他稳定性评估
需根据样本储存与处理流程,选择以下相关项目评估:
稀释QC稳定性:对高浓度样本(如预期Cmax、10×ULOQ),评估其储存过程中的稳定性。
全血稳定性:评估全血处理为血清/血浆的过程对RNA浓度的影响,需在不同时间点(如1h、2h、4h)检测加标样本。
室温/4℃稳定性:评估样本在室温与4℃条件下的benchtop稳定性。
冻融稳定性:评估样本经历多次冻融循环后的稳定性,支撑实验中样本冻融操作。
提取后RNA稳定性:若需从提取后RNA中复筛样本,需验证提取后RNA的冷冻稳定性。
验收标准:稳定样本的检测结果需在基线样本的70%~130%范围内,且重复样本间CV≤30%;若方法包含提取步骤,需将提取效率波动纳入验收标准考量。
RT-dPCR用于mRNA药物检测的核心考量
RT-dPCR是一种不依赖标准曲线的绝对定量方法,相较于RT-qPCR,受基质效应影响更小,其核心定量逻辑与技术特点如下:
定量原理:通过检测RNA提取物中互补DNA(cDNA)的拷贝数,间接推算原始生物样本中mRNA的拷贝数,以cDNA作为mRNA定量的替代指标。
关键优势:无需构建标准曲线即可实现绝对定量,减少了标准品制备误差及批次间差异对结果的影响;同时对基质中干扰物质的耐受性更强,适合复杂生物基质(如血清、血浆)中的mRNA检测。
RT-dPCR的适用场景:低浓度样本的精准定量。RT-dPCR在特定场景下表现出显著优势,尤其适合LNP-mRNA药物分析中对低浓度样本的检测需求。当预期样本中药物浓度较低时,RT-dPCR比RT-qPCR更精准、准确。二者理论上均能检测到单个目标分子,但实际灵敏度受“可分析样本总量”限制——RT-dPCR平台可整合多批次实验数据,增加mRNA上样量(或反应体积),从而提升灵敏度,这一特性也适用于含多种mRNA载体的LNP药物的多重检测。
技术局限性:RT-dPCR的线性动态范围较窄(仅3-4个数量级),远小于RT-qPCR(7-8个数量级),因此在样本分析时往往需要较高的稀释倍数,需特别关注稀释过程对定量结果的影响。
RT-dPCR的方法验证重点:稀释线性与QC设置
基于RT-dPCR的技术特性,其方法验证需重点关注以下内容,以确保检测结果可靠:1)评估稀释线性:由于样本需高倍稀释,必须在方法验证中评估“稀释线性”,确认稀释过程不会导致目标分子丢失或浓度偏差,保证稀释后样本仍能准确反映原始浓度。2)设置稀释QC:在适用情况下,建议在方法验证中纳入“稀释QC样本”(如模拟高浓度样本稀释后的QC),通过检测稀释QC的准确度与精密度,验证稀释流程的稳定性。3)其他验证维度:RT-dPCR的方法验证还需覆盖特异性、灵敏度、准确度等常规维度。
mRNA药物的样本分析与验证后考量
一、样本处理(Sample Processing):提取与释放RNA的核心步骤
样本处理需根据检测需求选择合适的RNA提取或释放方式,同时优化关键参数,确保目标RNA高效回收。
简化处理流程
核心步骤:先将样本稀释至MRD,再通过加热释放RNA;若需更高温度释放RNA,加热步骤可整合到RT-qPCR中,或在其之前单独进行。
优化要点:需针对目标患者群体相关的不同条件,优化加热处理(温度、时长)、MRD数值及稀释剂;稀释剂可选择无酶水、制剂缓冲液、TE缓冲液或PBS,需在方法开发阶段通过优化确定。
提取试剂盒与对照设置
提取方式:可选择磁珠法或柱法提取,也可使用商用提取试剂盒;试剂盒选择需基于“特定用途”原则,提取效率需在方法开发中优化,并在验证阶段确认。
对照设置:若标准品和QC样本无需经过提取流程,建议加入“提取对照”,独立监控提取效率(不影响检测性能);若标准品和QC样本需与样本同步提取,则无需额外设置提取对照,但需在方法开发中评估样本提取效果。
二、样本纯度与完整性(Sample Purity&Integrity):无需常规评估的特殊场景
与常规RNA分析不同,LNP-mRNA药物的PK分析中,样本纯度和完整性通常无需常规评估,具体原因与注意事项如下:
无需评估的核心原因:血清、血浆等基质中可检测到的RNA浓度极低,常规纯度指标(如260/280、260/230nm吸光度比)或完整性指标(如电泳、RNA完整性数RIN)缺乏实际参考意义。
需关注的例外情况:仅当目标mRNA的检测序列未跨外显子-外显子junction,或与内源性cDNA序列完全匹配时,需警惕基质中少量DNA污染可能带来的干扰,此时需针对性评估DNA污染情况。
三、数据报告:统一单位与清晰换算
mRNA药物的PK数据报告需统一单位,并明确换算逻辑,避免混淆,核心要求如下:
单位选择与统一
开发阶段与报告阶段需使用相同单位,且需符合临床药理学家的需求;常见单位包括“每体积mRNA拷贝数(如copies/mL)”或“每体积mRNA质量(如ng/mL)”,若已知目标mRNA准确分子量,可轻松实现质量与拷贝数的换算。
低于LLOQ的样本数据,需报告为“BLOQ(低于定量限)”;对于特殊RNA药物(如自扩增RNA、含多载药的LNP-mRNA),若适用,可报告为“每体积生物流体拷贝数”。
单位换算公式
需在方法开发与验证阶段明确换算逻辑,避免报告时出错,核心换算公式如下:
每毫升拷贝数:Copies per mL=(Copies per reaction÷μL eluted RNA per reaction)×洗脱体积(μL)×(稀释倍数÷提取血浆体积(μL))×1000μL/mL
每拷贝纳克数:ng per copy=目标mRNA分子量÷(6.0221×10²³)×10⁹
每毫升纳克数:ng per mL=Copies per mL plasma×ng per copy
若标准曲线经提取且以ng/mL制备,仅需考虑稀释倍数,无需额外单位换算,可直接报告为ng/mL。
四、样本重测与再分析(Sample Retesting and Reanalysis):规范流程与条件
需在样本分析计划中明确重测流程,针对不同情况选择合适的重测方式,具体要求如下:
重测场景与方式:当样本因精密度不达标或浓度高于定量上限(ALQ)需重测时,可选择从基质中重新提取样本,或直接使用已提取的RNA进行重测;若使用已提取RNA重测,需在方法验证中证明冷冻RNA提取物的稳定性,或通过历史数据、文献提供支持。
实测样本再分析(ISR):ISR可验证方法对实测样本的长期性能,增强研究结果可信度,但需结合PCR类方法特性合理设计:
需避免ISR验收标准过严或过宽(过严导致数据无意义,过宽导致误差遗漏);部分场景(如儿科研究、罕见病研究)可能因样本量不足无法开展ISR。
多数情况下,通过数据科学评审及基于QC的检测性能长期监控,已能满足研究需求;若开展ISR,需在设计实验前考虑提取效率、回收率、检测精密度及稳定性,并制定合理验收标准。
五、试剂桥接与部分验证(Reagent Bridging and Partial Validation):保障方法生命周期稳定性
作为分析方法生命周期的重要环节,试剂桥接与部分验证需针对不同程度的变化,采取对应的验证策略,确保方法持续可靠。
试剂桥接与确认
核心目的:确认新批次或新制备的关键试剂是否符合方法验证阶段建立的规格,确保其可用于样本分析;桥接实验需将新旧批次试剂在同一次RT-qPCR中平行对比,确认性能一致性。
适用场景:关键试剂批次变更、试剂生产工艺变更、试剂或反应混合方式变更等;需记录关键试剂批次使用情况(即使无需桥接/确认),确保可追溯性,关键试剂包括参考物质、限制性内切酶、基质池等。
部分验证与重新验证
部分验证(交叉验证):当变化程度较小时(如更换不同品牌预混液,且验证阶段已测试多批次),可通过部分验证确认方法性能无显著变化。
重新验证:当变化程度较大时,需开展重新验证,例如更换提取试剂盒/流程、改变引物/探针/目标序列、变更研究基质(如从血浆改为全血)等。
决策原则:需结合“使用场景”与“变化严重程度”,判断是采取桥接/确认、部分验证还是重新验证。
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