2026年7月15日，马来西亚总理安瓦尔·易卜拉欣宣布，一经发现以色列公民在马来西亚境内，将立即驱逐出境。安瓦尔表示：“我们正在调查此事，绝不允许有这种情况发生。如果确有其事，就必须采取行动。因为马来西亚不承认以色列，相关人士将被立即驱逐出境。”

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以色列外交部随即发布声明，指责马来西亚存在国别歧视，但马来西亚方面不予理会。安瓦尔强调，马来西亚数十年来一直禁止以色列公民入境，这不是新政策。马来西亚移民政策始终不承认以色列国，这一立场由来已久。马来西亚迄今未与以色列建立外交关系，也不承认以色列为主权国家。

马来西亚护照上明确标注“除以色列外所有国家均有效”。

2019年1月27日，因马来西亚拒绝为以色列运动员发放签证，国际残疾人奥林匹克委员会宣布剥夺马来西亚2019年世界残疾人游泳锦标赛的主办权。该赛事原定于7月29日至8月4日在砂拉越州首府古晋举行，是2020年东京残奥会的资格选拔赛。国际残奥委员会表示，马来西亚内政部违反了与签证相关的规定。马来西亚因此成为全球首个因拒绝以色列运动员入境而被剥夺国际赛事主办权的国家。

2018年4月21日，长期居住在马来西亚吉隆坡的巴勒斯坦火箭专家法迪·巴特什在住所附近被两名枪手枪杀。巴勒斯坦伊斯兰抵抗运动（哈马斯）随后发表声明，称巴特什为哈马斯成员，并指责以色列情报机构摩萨德是幕后黑手。但以色列国防部长阿维格多·利伯曼回应称，巴勒斯坦“习惯性指责以色列”，巴特什之死“实际关联巴勒斯坦组织派别间内斗”。这一事件被马来西亚视为对其主权的挑战，进一步加剧了双边关系的紧张。

2026年7月，8名美国众议员致函美国国务卿，要求马来西亚改变对以色列的政策。美国国务院随后召见马来西亚驻美大使，要求其说明立场。马来西亚外长表示，马来西亚已正式向美国政府重申不承认以色列的立场。安瓦尔表示，马来西亚不会因受到威胁而改变政策。

马来西亚的反以政策建立在宗教认同、民族情感与主权尊严的多重基础之上。作为一个以伊斯兰教为主要信仰的国家，马来西亚主流社会将巴勒斯坦事业视为穆斯林群体的共同道义责任。对马来西亚而言，不承认以色列不仅是外交选择，更是长期坚持的国家立场。