众所周知，“指挥部”是武警部队编制序列中一类非常重要的领导指挥机构，举个例子，军改前，武警水电、黄金、交通、森林这四支警种部队都是设立“指挥部”作为各支警种部队的领导指挥机关（指挥部内设司令部、政治部、后勤部），且编制等级均为正军级，其军事主官称作“司令员”、军事副职称“副司令员”。
而在经过此前军改的改革调整后，武警部队依然设有相应的“指挥部”，分别是武警海警总队北海海区指挥部、武警海警总队东海海区指挥部、武警海警总队南海海区指挥部和武警新疆总队南疆指挥部。其中，三个海警海区指挥部是在军改中新调整组建的，隶属正军级的武警海警总队，军事主官称作“司令员”；而武警南疆指挥部（隶属武警新疆总队）则是在军改前就早已经设立运行了，其军事主官称作“主任”（武警新疆总队于2008年11月由副军级升格为正军级）。
那么看到这里，估计有许多人就会有疑问了：为什么同样都是正军级武警总队下设的指挥部，怎么有的指挥部军事主官可以称司令员、有的指挥部军事主官则是只能称主任呢？其实原因主要有两点，一个是编制等级不同、另一个是职责权限不同。当然了，编制等级和职责权限其实是相辅相成、紧密结合的整体，因为规格级别上去了、职责权限自然也会随之提升，而职责权限提升了反过来也会促使编制等级适时升格。
在编制等级方面，3个海警海区指挥部统一都是副军级建制，已经是同绝大多数的武警内卫总队平级了，所以其军事领导职务称作“司令员、副司令员”是完全符合编制体制规定要求的；毕竟从2013年1月1日起，为加强武警部队的现代化和正规化建设，武警部队下辖各副军级内卫总队的军事领导职务都已经从总队长、副总队长改为了司令员、副司令员。相比之下，武警新疆总队南疆指挥部只是正师级，其规格级别还不足以支撑设置“司令员、副司令员”这类军事领导职务，故而武警南疆指挥部的军事领导只能称作“主任、副主任”。
在职责权限方面，3个海警海区指挥部同武警新疆总队南疆指挥部相比明显拥有更大的权限、更大的体量和更重的职责任务，例如3个海警海区指挥部不仅下辖旅级的海警属地支队、还同时下辖着正师级的海警机动支队，而武警南疆指挥部下辖的武警支队则是以团级为主、极少数是旅级支队。概括而言，在力量管辖权限方面，武警南疆指挥部与海警海区指挥部相比根本不在一个量级上，差距悬殊。
另外，3个海警海区指挥部不仅要指挥所属海警力量执行海上治安管理、打击海上犯罪、对海上重要目标和重大活动实施安全保卫、查处海上走私违法行为、查处海上的各类施工作业违法行为和海洋污染损害行为、处理海上渔业生产安全事故和渔业生产纠纷等内部执法任务，而且对外还要积极开展维权执法、处置非法闯入的外来船只，并在我国管辖海域开展常态化巡航、警戒，值守重点岛礁，管护海上界线，预防、制止、排除危害国家主权、安全和海洋权益的行为。
也就是说，在职责权限方面，海警海区指挥部既对内又对外，甚至不排除同外国军事力量过招的可能，面对的各种突发状况复杂多变，自然需要更高的权限和等级；而武警南疆指挥部虽然同样职责重大、地位突出，但肩负的主要是执勤、警卫守卫、处置突发社会安全事件、反恐维稳、抢险救援等传统任务，权限不需要过高。
综上所述，因为编制等级更高、职责权限更重等原因，所以3个海警海区指挥部可以设立“司令员”这个军事主官职务，而武警南疆指挥部仅能设“主任”这个主要军事领导职务。
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