1878年春，清军进入喀什噶尔后，地方官员清查城内人口与旧政权遗留人员，一批来自英属印度的人员引起了注意。人数在后来的叙述中被说成“五千多”，他们究竟是什么身份，又为何会出现在新疆，成为左宗棠必须处理的一桩边务问题。
这件事不能只看成“印度人突然进入新疆”。19世纪中叶以后，英国已经把印度经营成殖民地，并以印度为基地向中亚扩张势力。新疆西部连接中亚，南面又接近克什米尔，正好处在俄英竞争的交叉地带。
清同治年间，内地战乱不断，陕甘地区长期动荡，新疆驻军和粮饷供应受到严重影响。1865年，浩罕汗国军官阿古柏率部进入喀什噶尔，随后逐步控制南疆大片地区。清朝在当地的行政体系遭到破坏，英俄两国也乘机施加影响。
阿古柏建立政权后，急需武器、军械和外部承认。英国方面希望借助这一势力牵制俄国，同时打开新疆的贸易和政治通道，于是通过印度向阿古柏提供枪械、军火及技术人员。有关人员中，有军人、工匠、翻译、商人，也有承担联络和侦察任务者，并不能笼统视为普通移民。
有意思的是，后来民间文章常把这些人全部称为“印度士兵”，甚至说他们在新疆横行霸道。实际情况应当分开看。阿古柏统治下确有征税苛重、刑罚严酷等问题，但具体到每一个印度人员，其身份和作用并不相同。把所有人一概说成恶徒，容易把复杂的边疆局势讲简单了。
左宗棠并非一开始就把主要精力放在这批人员身上。1875年，清廷任命他为钦差大臣，督办新疆军务。次年，清军分路西进，先取乌鲁木齐，再向南疆推进。左宗棠采取“缓进急战、先北后南”的方略，依托粮台和交通线逐步推进，避免军队深入后陷入补给困境。
1877年，阿古柏在库尔勒附近突然死亡，死因有中毒、自杀等不同说法，至今难以凭一条材料定论。其部属很快分裂，清军乘势收复吐鲁番、喀什噶尔等地。到1878年，南疆主要城镇重新纳入清朝控制，战事基本结束。
也正是在接管城镇、整顿户籍和清理旧政权机构时，清军发现了这批与英属印度有关的人员。有人掌握火器制造，有人熟悉边境道路，还有人同阿古柏政权保持着雇佣或贸易关系。对清军而言，他们既是战后遗留人员，也是英国势力深入新疆的现实痕迹。
据晚清时期流传下来的说法，这批人员约有五千多人。这个数字在不同叙述中并不完全一致，现有常见材料也难以证明他们全部属于同一组织。因此，所谓“新疆有五千多印度人”，更适合视为当时对相关人员的概称，而不是一次严格的人口普查结果。
左宗棠处理这件事时，考虑的重点并非族群身份，而是政治归属和边防安全。若让大批同英属印度有联系的人员继续集中留在南疆，既可能成为外部势力获取情报的渠道，也可能引发新的治安问题。清军在新疆站稳脚跟不久，不能留下这样的隐患。
地方官员曾向左宗棠请示：“这些人若不遣散，日后恐怕还会与外部势力往来。”左宗棠所面对的选择很现实：要么送回印度，要么迁往内地安置，不能让他们继续在南疆形成特殊群体。
后来流传最广的说法是，清廷同意给他们两条路：返回印度，或者随清军及官府迁往内地居住。对这批人员来说，返回故土显然更容易接受，于是多数人选择离开新疆，经过边境通道返回英属印度。至于具体人数、遣返批次和办理过程，公开史料记载并不充分，不能把民间叙述中的每个细节都当作确切档案。
这项处置的实际意义，在于切断阿古柏政权同英属印度之间残存的人员联系。新疆重新纳入清朝治理后，清廷还要恢复驿站、整顿军屯、清查户籍，并重新处理与俄国的边界问题。遣散旧政权依赖的外来人员，只是善后工作中的一个环节，却直接关系到南疆的秩序恢复。
至于阿古柏的墓地，清军收复南疆后，当地确有毁墓泄愤的传闻和行动。阿古柏统治期间造成的破坏，使部分民众对其极为痛恨。不过，毁墓并不能代替行政重建，真正决定新疆能否安定的，仍是驻军、粮饷、官制和交通线能否重新运转。
左宗棠处理印度人员的办法，带有鲜明的晚清边务特点：不轻易扩大冲突，但也不允许外部势力留下可供利用的据点。对那些没有继续留在新疆条件的人员，遣返或迁居内地，便成了当时相对稳妥的选择。
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