中国的历史中，有很多神话元素，例如三皇五帝时代，都是通过《史记》等书籍得知的，从考古上来讲无法验证，到了大禹建立夏朝，有了甲骨文验证的商朝，才进入人类时代，但没有明确的划分。
而日本的历史，或许是编著晚的原因，有明确的划分神话时代和人皇时代。
神话时代
第一阶段，混沌创世
天地尚处于混沌之时，日本神话里最先诞生五位没有具体形体的创世神明，统称别天津神。
之后陆续出现神世七代诸神，一路传承，诞生了最重要的一对创世神明：男神伊邪那岐、女神伊邪那美。
两位神明手持天之琼矛，伸入混沌大海不断搅动，矛尖提起滴落的海水凝聚成陆地，也就是日本列岛。
之后二人结合，生下山川、海洋、风、火等世间万物各路神灵。
不幸伊邪那美在生下火神时被火焰灼伤，重伤离世，灵魂去往黄泉之国。
伊邪那岐十分思念妻子，前往黄泉想要带回伊邪那美，最终没能如愿。
从黄泉归来后，伊邪那岐在河边净身涤除黄泉的污秽。清洗面部之时，诞生三位主神：
擦洗左眼，生出天照大神，也就是太阳神，同时是日本皇室的祖先神；
擦洗右眼，生出月读命，掌管月亮；
擦洗鼻子，生出须佐之男，掌管海洋与风暴。
第二阶段：高天原动荡，上演出云让国
须佐之男在众神居住的高天原肆意作乱，引发大乱；之后他降临凡间，斩杀为祸一方的八岐大蛇，并从蛇体内取出草薙剑。
须佐之男的后代大国主，后来掌控了出云地区，成为人间大地的统治者。
太阳神天照大神认为，凡人世界 “苇原中国” 理应由自己的后裔掌管，于是接连派遣使者前往交涉，逼迫大国主交出统治权，这便是著名的 “出云让国”。
第三阶段：天照神孙降临人间，开启神统传承
天照大神派遣自己的嫡孙天津彦彦火琼琼杵尊下凡治理大地，授予他三件至宝：八咫镜、八尺琼勾玉、草薙剑，同时立下神谕：王权永续不绝，与天地一样长久。
琼琼杵尊从天而降，落脚在九州日向的高千穗峰。他迎娶山神之女木花开耶姬，生下两个儿子，也就是海幸彦与山幸彦。哥哥海幸彦擅长捕鱼，弟弟山幸彦擅长狩猎。
第四阶段，海神促成联姻，由此诞生出神武天皇一脉的直系血脉。
传说山幸彦和兄长交换打猎、捕鱼的工具，事后二人反目。山幸彦失意之下潜入大海，在海底和海神的女儿丰玉姬结为夫妻。
等到丰玉姬快要生产时，她叮嘱丈夫千万不要偷看自己分娩。可山幸彦没能忍住，偷偷窥见妻子现出鳄鱼本体。丰玉姬又羞又怒，一气之下重返海底龙宫。她把刚出生的孩子鹈葺草葺不合尊，托付给自己的妹妹玉依姬养育。
长大之后，鹈葺草葺不合尊和抚养他的姨母玉依姬成婚，二人孕育四个儿子，最小的第四子就是神日本磐余彦尊，也就是神武天皇。
源自神代的血脉，就此传承到人间第一位人皇身上。
人皇时代
传说神日本磐余彦尊，自幼聪慧果敢，15岁便被立为太子。
青年时期迎娶日向国吾田邑女子吾平津媛，生下长子手研耳命。
甲寅年（传说公元前660年之前的7年），当他45岁时，磐余彦尊与兄长、子嗣商议，天祖琼琼杵尊下凡只统治九州日向一隅，东方 “苇原中国（大和）土地肥沃、适合建立统一王权”，于是决定举军东征，平定东部大地。
于是便有了日本的一段著名的史诗，神武东征。
根据《古事记》上卷之记载，神倭伊波礼毗古命（即神武天皇）与兄长五濑命商议前往何处可以一统苇原中国，遂决定向东行。
大军经筑紫（今福冈县）抵丰国宇沙（今大分县宇佐市），遇到宇沙都比古（（日文）ウサツヒコ）、宇沙都比卖（（日文）ウサツヒメ）二人设宴款待，并移动到筑紫冈田宫停留了一年。接下来又在阿岐国（今广岛县）之多祁理宫待了七年、吉备国（今冈山县）之高岛宫停留了八年。
大军行进至速吸门（（日文）はやすいのと），遇到一名坐在龟甲上钓鱼之奇人，神武天皇纳为家臣，赐名槁根津日子。该家臣谙水性熟海道，领大军从浪速国之渡口坐船至青云之白肩津。
此时登美能那贺须泥毗古早已兴军待战，双方鏖战时五濑命的手遭到对方流箭射穿。他受伤濒死时对神武天皇说：“我们是日神之子，不该面对日出的东方，应该要背对太阳才对。” 于是遵照指示向南迂回前进，中途在海边清洗五濑命手臂上的血，至纪伊国（今和歌山县）男之水门时五濑命身亡，葬于纪伊国灶山。
大军行至熊野村，突有一头大熊出现并倏忽消失，神武天皇与士卒随即失去意识而倒地。一名唤高仓下之男子持一横刀献上，神武天皇马上苏醒。当他取横刀时，熊野山的荒神被斩杀，倒地的士卒亦随着起身醒来。
神武天皇问高仓下关于横刀的由来，答曰梦见天照大神及高木神对建御雷神说：“你不是平定苇原中国了吗？为何让我等之子孙遭受纷扰呢？还不赶快下凡拯救他们！”。
建御雷神却回说：“我不需要下凡，有一把可以平定战火的横刀就可以了。” 所以这把横刀穿越高仓下之屋顶，特地取来献给天神之子。
高仓下又继续转述高木神托梦的命令：“天神御子，切勿继续朝深山前进，内有许多凶神，我自天上派遣八咫乌做向导，你应该跟随着它的指引。”
因此，神武天皇率军跟着八咫乌走，来到吉野河遇到捕鱼的贽持之子；继续前行，遇到从井里出来、有尾巴的井冰鹿；再往山里走，遇见分开岩石走出来、有尾巴的石押分之子前来晋见。
后来，大军抵达宇陀。此地有兄宇迦斯、弟宇迦斯二人，神武天皇遣八咫鸟前往招降，兄宇迦斯却射箭逼回八咫鸟。兄宇迦斯欲集结军队跟神武天皇作战，却集结不成，于是佯装降伏，建造了一座实为陷阱的宫殿等待神武天皇到来。
弟宇迦斯拜见神武天皇并禀告此事，故大伴连等之祖道臣命、久米直等之祖大久米命二人召来兄宇迦斯，以横刀、矛、矢强迫他进入该宫殿。兄宇迦斯跌入自己所设的陷阱而亡，道臣命、大久米命将其尸体乱刀分尸；后来弟宇迦斯设宴款待神武天皇及其军队。
军队继续前进，到达忍坂大室时，八十个有尾巴的土云人在室内等待着。神武天皇赐宴席给此八十人，并设八十个带着佩刀的膳夫，命令膳夫听到歌声时便斩杀土云人。于是歌声响起时，膳夫们拔刀杀死土云人。
之后迩艺速日命带了许多天上的宝物晋献给神武天皇，以表臣服。
最后神武天皇在亩火的白梼原宫即位，治理大和。
简单概括如下：
完整的东征路线：日向国出发 → 筑紫（福冈）→ 丰国（大分）→ 安艺（广岛）→ 吉备（冈山，驻军休整8年）→ 浪速、河内（大阪）。
1、河内苦战，长兄陨落
大军抵达河内青云白肩津，遭遇地方豪族长髓彦顽强阻击。交战中长兄五濑命被流箭射伤。
磐余彦尊顿悟：自身是日神天照后裔，不可面朝旭日向东征伐，属于逆天道。下令全军后撤，绕道纪伊半岛（和歌山）迂回。不久，五濑命伤重离世，葬于纪伊灶山。
2、渡海风暴，两位兄长殉海
大军横渡海域遭遇猛烈暴风。二哥稻饭命、三哥御毛沼命为平息海神怒火，纵身跃入大海牺牲，祈求船队平安。东征队伍仅剩磐余彦尊与长子手研耳命。
3、熊野毒气之灾，韴灵剑降临
军队在熊野荒坂津登陆，因误杀当地居民触怒山神，全军中毒昏迷，无法前行。
天神托梦，令武瓮雷神降下神剑韴灵（布都御魂），由凡人高仓下献上；天皇握剑苏醒，瘴气邪神被斩杀，全军恢复行动能力。天神同时派遣三足神鸟八咫乌担任向导，引领大军穿越凶险熊野山地。
4、平定宇陀土酋
抵达宇陀地区，当地首领兄宇迦斯、弟宇迦斯兄弟。兄长假意归降，修建陷阱宫殿准备伏击；弟弟暗中告密。磐余彦尊设局，逼迫兄宇迦斯踏入自己布置的陷阱身亡。
5、扫荡大和各地土著势力
接连击败吉野八十枭帅、矶城地方豪族、众多被称为土蜘蛛的土著部族。
6、决战长髓彦，饶速日命归顺
再度与长髓彦交战，久攻不下。天降金色灵鸱停在天皇弓上，金光刺得敌军无法睁眼，皇军大胜。
长髓彦辩解：自己的妹婿饶速日命同样自称 “天孙”，一国不能有两位天神后裔，因此拒不臣服。
磐余彦尊与饶速日命交换天神信物，确认彼此同为神裔。饶速日命认清长髓彦顽抗，诛杀长髓彦，率领部众归顺。
7、历经多年（7年）征伐，整片大和平原全部平定。
最终于辛酉年正月初一（传说公元前660年），磐余彦尊于亩傍山橿原宫（今奈良县橿原市）正式登基为王。
自这一刻起，日本历史叙事脱离纯粹诸神活动的神代，正式进入人皇（人代）时代。
人皇登基之后：
- 迎娶三轮大神之女媛蹈鞴五十铃媛命为皇后，生下日子八井命、神八井耳命、神渟名川耳尊（日后第二代绥靖天皇）；
- 次年大范围论功行赏：册封道臣命（大伴氏始祖）、大久米命、椎根津彦等功臣，分封领地；嘉奖引路神鸟八咫乌后裔；
- 即位第4年，在鸟见山中设祭坛，祭祀皇祖天照大神；
- 即位第31年巡幸国土，眺望平原地形，将这片国土命名为秋津洲；
- 即位第42年，册立皇子神渟名川耳尊为皇太子（后继任天皇）。
- 在位76年后，享年127岁；崩于橿原宫，崩御年份为公元前585年。次年秋季葬于亩傍山东北陵（后世官方认定神武天皇陵，奈良橿原市）。
注：《古事记》记载版本为享年137岁。
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