1876年夏，甘肃肃州军营内，左宗棠面对摊开的西北舆图，真正发愁的并不是能不能打进新疆，而是打进去以后，怎样让这片土地不再反复陷入战乱。
这场战事后来常被概括为“战后之战”。所谓“不留生俘，降了也杀”，更多是民间对严厉军令和局部处置的浓缩说法，并非一条适用于所有人的普遍命令。若只把它理解成嗜杀，反而看不清清军收复新疆的复杂背景。
同治年间，西北兵乱蔓延，清朝在新疆的统治力量大幅削弱。阿古柏从中亚进入南疆，依靠武力扩张，先后控制喀什噶尔、和田等地，并建立政权。与此同时，沙俄于1871年出兵占领伊犁，清廷面对的已不只是地方割据，还有外部势力对西北边疆的蚕食。
朝廷内部曾有“海防”与“塞防”之争。日本于1874年以琉球船民遇害为借口出兵台湾，更使一部分官员认为应把有限军费投入东南沿海。左宗棠却据理力争：“东则海防，西则塞防，二者并重。”在他看来，新疆一旦放弃，陕甘便失去屏障，俄国势力也可能继续向内地逼近。
左宗棠并非传统意义上一路科举得志的将领。他湖南醴陵人，字季高，二十岁中举，却屡次会试不第。太平天国战争期间，他以幕僚身份进入军政核心，逐渐展现出筹饷、用兵和整顿地方的能力。到了西征时，他已经不是只会纸上谈兵的士人，而是熟悉战场与后勤的统帅。
西征军兵力并不占绝对优势，真正支撑远征的，是严密的准备。左宗棠采取“缓进急战”的办法，先在甘肃、肃州一带筹粮练兵，修整道路，准备驼马和火器，再寻找一举突破的机会。军中使用了从欧洲购置的近代火炮，攻坚能力明显增强。
有人担心粮饷不济，曾问：“大军深入荒漠，粮道断了怎么办？”左宗棠的回答很实际：“先把粮运到，再谈进兵。”这句话未必是原始档案中的逐字记录，却准确体现了他的用兵思路：西征胜负，往往不只决定于前线厮杀，更取决于数百里乃至上千里的运输线。
1876年，刘锦棠率军进入新疆，先取古牧地，继而攻克乌鲁木齐。北疆局势被打开后，清军没有急于把全部力量投入南疆，而是逐步推进，分割各处势力，避免被敌军凭借城堡和地形拖入消耗战。
有意思的是，阿古柏本人在1877年5月突然死亡，死因至今有不同说法。其政权失去核心后迅速瓦解，但这并不意味着战事立即结束。敌军残部、地方武装和旧有势力仍控制若干城镇，清军必须连续追击，迫使对方失去重新集结的机会。
“不留生俘，降了也杀”的说法，正是在这一阶段被不断传播。清军对顽抗者、反复叛乱者以及部分武装首领采取了严厉处置，目的在于震慑地方势力，防止刚攻下的城池再度易手。但若把所有投降者都说成遭到杀害，既缺乏充分依据，也不符合清军后来招抚、安置和恢复地方秩序的实际做法。
收复新疆并非一路屠杀。对于愿意归顺的地方首领和民众，清军也采取了安抚、赈济、恢复生产等措施。军事打击与政治招抚同时展开，才使战争没有陷入无休止的报复。左宗棠明白，杀伐可以夺城，却不能单靠杀伐治理边疆。
南疆各地相继被清军控制后，伊犁问题仍然悬而未决。伊犁自1871年被沙俄占领，清军没有直接攻占这一地区。1880年，左宗棠将大营移至哈密，摆出收复伊犁的军事姿态，以战逼和。清军的进军准备和外交压力，促使沙俄重新谈判。
1881年，中俄签订《伊犁条约》，清朝收回伊犁大部分地区，但付出了赔款并割让部分领土的代价。这个结果谈不上彻底胜利，却保住了新疆的主体疆域。把它说成“沙俄望风而逃”，显然过于夸张；真正起作用的，是军事准备、外交交涉和国际力量博弈共同形成的压力。
战事结束后，善后比攻城更难。新疆人口锐减，农田荒废，商路阻塞，地方财政几乎无从谈起。清军一面剿除残余武装，一面恢复驿站、屯田和粮道，并重新设置行政管理。左宗棠还重视植树，军队行进和驻防时栽种柳树，后来河西走廊及新疆部分地区出现的“左公柳”，便与这一举措有关。
1884年，清政府正式设立新疆省，刘锦棠出任首任巡抚。建省意味着治理方式发生变化：新疆不再只是依靠将军府和军事据点维持的边疆，而被纳入较为完整的行省体系。军事收复、行政整顿和经济恢复，至此才连成一条线。
从1878年南疆大部平定，到1911年清朝覆亡，新疆虽仍有局部冲突和边患，却没有再出现阿古柏时期那样席卷全疆的割据局面。所谓“换来30年的安定”，准确说是建立在战争胜利、地方整顿与外交防守共同作用上的相对稳定，而不是一纸命令便能换来的太平。
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