1683年8月，福建水师提督施琅率清军抵达台湾，郑氏集团接受招抚，台湾局势由此发生转折。战事结束后，真正棘手的问题才摆到朝廷面前：台湾究竟应该撤兵，还是长期驻守？
当时朝廷内部并非没有疑虑。台湾远隔海峡，粮饷运输困难，官员往来不便，稍有风浪便可能音信中断。有人认为，郑氏政权既已归顺，驻军过多反而增加财政负担。
施琅的判断却很直接。他认为台湾扼守东南海面，是沿海各省的重要屏障，若只接受归降而不设置常备兵力，等于把海防门户交给变化莫测的海上势力。施琅曾向康熙帝陈述：“台湾非弹丸之地，弃之则沿海不得安宁。”这类主张，最终影响了朝廷决策。
康熙帝没有采取简单的撤兵方案，而是把台湾纳入福建省管辖。1684年，清廷设置台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，并设分巡台厦兵备道，负责地方行政与军事事务。台湾从此不再只是一个临时驻军点，而成为有府县、有官署、有固定防务的地方行政区域。
不过，行政建置只是第一步。台湾与大陆之间隔着海峡，岛内又有山地、河流和漫长海岸线，单靠府县官员显然无法稳住局面。因此，清廷依照绿营制度，在岛上逐渐建立水陆并重的驻防体系。
台湾绿营的核心，是台湾镇，总兵为最高武职长官，统辖中、左、右三营，主要力量集中在台湾府城一带。中营设游击一员，配备守备、千总、把总等武官，经制兵额为910名；左营为930名，右营同样为930名。
三营兵力合计2770名。这个数字看似不算庞大，却并非单纯守卫一座城池。营兵分驻城门、街坊和交通要地，既负责府城防御，也承担巡逻、缉查、护送粮饷等事务。台湾府城是行政中心，也是岛内军政联系的枢纽，清廷自然不敢掉以轻心。
随着局势稳定，府城防务又被进一步加固。雍正十一年，也就是1733年，台湾城守营增设左、右二军，各有500名经制兵。两军分别向冈山、下茄冬等地布置，形成府城外围的支撑点。
这意味着，台湾府城并不是把所有兵力挤在城墙之内，而是逐步形成内外相接的防御格局。敌情若从沿海出现，外围营汛可以提前发现，府城也能获得反应时间。
台湾南部的凤山、淡水一带，同样是驻军重点。南路营设参将一员，都司、守备各有分驻，千总三员，把总六员，经制兵额达到1500名。南路既要维护地方秩序，也要看守港口、道路和沿海据点。
岛屿北部的防务更为复杂。原有北路营后来分为中、左、右三营，副将驻彰化，中军都司驻彰化，左营驻诸罗，右营驻竹堑，合计经制兵2400名。北路地域广阔，既要防备海上来犯，也要维持各地之间的交通畅通。
有意思的是，台湾的兵力分布并没有完全按照人口多少来安排，而是紧紧围绕港口、府城、道路和海岸线展开。哪里控制交通，哪里就是驻军重点；哪里能够登陆，哪里就必须设置营汛。
水师方面，澎湖的地位尤其突出。澎湖群岛位于台湾海峡中部，是大陆船只前往台湾的重要中转地，也是观察海上动向的前沿。对于清廷而言，守住澎湖，等于在台湾外侧增加了一道屏障。
清廷在澎湖设置水师协，设副将一员统领，分置左、右二营。左营游击驻妈宫澳，配备守备、千总、把总等武官，经制兵额1000名。澎湖水师既负责岛屿防务，也承担巡海、会哨和护送船只等任务。
按照相关军制统计，台湾水陆两军共有武职114员，经制兵额12670名，战船92艘。这个规模，已经明显超过一般道府的驻军配置。若放在内地，许多府州的常备兵力不过数百至一两千人，台湾却拥有接近省级海防重镇的军事体量。
这套部署还有一个特点：水师并不孤立存在，陆营也不是各守一方。澎湖负责外海预警，沿岸营汛负责登陆地带，府城和南北路营负责纵深防守。三者彼此衔接，构成由海向岸、由外围向腹地逐层收缩的防线。
康熙朝留下的这套格局，后来经过雍正、乾隆等朝不断调整，成为清代台湾防务的基本骨架。只是再严密的布置，也要依靠持续的粮饷、船只和训练维持。光绪十年，即1884年，中法战争期间，法军进攻基隆并占据澎湖，台湾海防所面临的压力，终于在晚清国力衰退的背景下集中显现出来。
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