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由于几十年来化肥的大量使用，土壤酸化板结有机质严重退化，有机肥又引起人们重视，尤其是果园和蔬菜种植，土壤有机质经过几十年压榨国内果园平均都在0 8%左右，欧美日本都在4左右，高的园子达到恐怖的8%，这就是国内水果口感差的主要原因，有机质越低土壤有害菌就越多，作物抗病能力越差，化肥利用率就越低，这是一个恶性循环。

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过去农民种田基本全都依靠农家肥，来源主要是牲畜粪水，南方还有一些秸秆类混合腐熟后施用。随着养殖业的不断规模化，过去那种家家户户养猪养鸡的庭院经济模式已经日渐瓦解，代之以养殖小区、专业户和养殖工厂。对这些规模化的养殖者来说，处理牲畜粪污成了一道难题。不过，目前各地都在探索将畜禽粪污进行资源化利用的方式，预计今后这将是传统农家肥的一个升级，也将是一个大产业。

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由于化肥见效快，增产效果明显，农业生产中一直长期大量施用化肥，由于过量施用化肥，其危害性已经显现，土地板结和盐渍化，造成产量降低和品质下降，同时化肥还是面源污染的重要因素。国家已经看到了大量使用化肥的危害，农业部现在推广有机肥替代化肥技术示范，相信不久的将来，有机肥（包含农家肥）将应用越来越多。