东汉中后期，外戚集团利用察举制度缺乏有效监督的弊端，大肆安插朋党入朝为官。拉拢中立的朝臣也是外戚集团扩张其行政权力的一种方式。以上两种方式是外戚大将军网罗其部属的途径，旨在配置好其政令的执行者。
在此之前，外戚大将军首先要设法控制尚书台，这是外戚掌控行政权之根本。从外朝最高领袖丞相被废之后，唯有担任录尚书事、尚书令的官员才具有真正的宰相之权，否则，太傅与三公便是徒有虚名的高级官员。
在东汉，尚书台是负责中枢决策和发布诏令的机构，总揽其职的录尚书事、尚书令，便是“出纳王命，赋政四海，权尊势重，责之所归”的真宰相。 当时，尚书负责上传、下达奏书和选举官吏，还能批阅章奏，决定其可否奏闻的权力。
在顺帝以前，大将军无录尚书事，只得通过太尉和太傅录尚书事以专断朝政，桓帝以后，大将军才能直接任录尚书事以揽政权。和帝至顺帝时期专权的外戚大将军虽然在制度上没有获得录尚书事的官职，多担任侍中、黄门侍郎或中常侍这类内朝官。
但他们仍旧能通过间接手段控制尚书台，也就是收买或者胁迫那些担任上公或三公的官员，窃取尚书台为己用，在幕后操纵整个国家的行政权力。冲帝时期，临朝称制的梁太后改变了外戚制度的内容，使西汉大将军录尚书事的传统得以再度施行。
自此之后，外戚梁冀、窦武、何进都以大将军录尚书事之职专权。自窦宪起，外戚已经演变为皇权的异己力量并力图控制皇权。和帝时，外戚出身的大将军窦宪拥有坐镇凉州、遥控朝政之权，这是其大范围网罗宾客的成果，窦氏的亲戚友人门客故吏遍布全国。
这些投靠窦氏的官吏在大将军的领导下干预朝政，侵夺皇帝的行政权。“宪、景等日益横，尽树其亲党宾客于名都大郡，皆赋敛吏人，更相赂遗，其余州郡，亦复望风从之。” 此时的太傅邓彪也是窦氏外戚集团任命的，自然便于利用，对窦氏“事无不从”。
对于那些反对外戚专权的大臣，窦氏外戚集团则使用具有策略性的打压，反对者将根据其出身和资望，获得手段不同的迫害，有些遭到诋毁、免官，有些则被收监、杀害。最终达成“朝臣震慑，望风承旨”的效果，由窦宪发出的政令因此能够得到比较顺利的执行。
安帝时，邓骘不能算作侵夺皇帝行政权的外戚，他的政治行动缺乏自主权，曾几次试图退隐避祸，此人多数时候是被临朝称制、代理皇权的邓太后强行利用的一个内部工具人，而侵夺皇帝行政权的太后则亲自掌控内外朝臣。梁冀在顺帝时任大将军。
冲帝时因梁太后临朝称制之故获得参录尚书事的权力。到了桓帝时期，梁冀得到皇帝特别给予的史无前例最高荣誉地位后为人更加跋扈，“在位二十馀年，穷极满盛，危行内外，百僚侧目，莫敢违命，天子恭己而不得有所亲豫。”
梁冀主持高级政治会议，并且有权为任何政务做最终决断，朝中机构仅执行梁冀颁布的大小政令，皇帝仅是随时可能被梁氏废立的傀儡。灵帝时，外戚窦武成为辅政大将军，因号召士大夫铲除宦官而得到全社会的拥护，“武既辅朝政，常有诛翦宦官之意......天下雄俊。
知其风旨，莫不延颈企踵，思奋其智力。”窦武将那些反对宦官的同志安排到朝廷中担任重要岗位，其中就有尹勋成为了尚书令。窦武常居禁中，控制尚书台 并得到中央和地方官员的大力支持后，诛杀了专制省内的中常侍管霸和苏康。
但最终因窦太后政治立场与窦武陈藩不同，导致外戚与士大夫集团坐失良机，反被宦官杀害。少帝时，权戚何进早在中平元年便因黄巾贼起义而被灵帝拜为大将军镇守京师，其弟何苗也有战功，被封为车骑将军，何氏外戚之权势在此时便称得上强盛。
刘辩即位后，何进得以录尚书事，掌控尚书台，基本能够掌控外朝军政大权。朝廷中，唯有宦官集团有实力与何氏争权，最终何进重蹈窦武之覆辙，身死族灭。
专权外戚妨碍皇帝履行官吏任免权
武帝时，外戚田蚡担任丞相后对皇帝的官吏任免权进行过侵夺。“天下士郡诸侯愈益附蚡......荐人或起家至二千石，权移主上。上乃曰：君除吏尽未？吾亦欲除吏。”这是汉代外戚制度中优待重用外戚这个不成文的传统所造成的不良后果。
西汉中后期外戚制度对皇帝行使官吏任免权产生了较为严重的负作用。武帝外戚制度中内外相制的设计自元凤元年起完全崩坏，此时内外朝五位辅政大臣经过激烈斗争后，只余内朝首领霍光一人，霍氏外戚集团一家独大，垄断了汉廷的官吏任免权。
霍光选用外朝丞相不重品格才干，只图易于驾驭。王䜣、杨敞、蔡义依次替任丞相之职。这三位丞相都是霍光故吏，王䜣和蔡义已迟暮，杨敞原为大将军幕府的军司马，以霍光心腹的身份来到朝中任官，对霍光言听计从。
这些霍光故吏出自大将军幕府，源自于武帝给大将军辟府权，即使没有战事，大将军也可以根据需要在地方或中央设立私人军政组织，类似一个以大将军为核心而高效运转的小朝廷，其中表现优异的掾属有很大概率会被推荐到朝廷做官。
外戚大将军辟府制度和朝廷不成熟的任官制度是外戚能够侵夺皇帝官吏任免权的主要原因。“......光......党亲连体，根据于朝廷。”宣帝未亲政时，中央官员多为霍光的党羽，如太仆杜延年、车骑将军张安世、大司农田延年。
光禄大夫丙吉、太中大夫任宣、京辅都尉赵广汉、少府史乐成、宗正刘德等。霍光以大司马大将军领尚书事控制内朝，用亲附自己的官员任外朝之职控制外朝，用亲朋故吏充当地方大员，建立双重内外相依的人事系统，牢固地把持朝政。
专权二十年的霍光集团成为两汉权戚擅政的模板。许多幼弱昏庸的汉代君主无法像汉武帝那样 通过控制大司马大将军掌握内朝从而控制外朝、治国理政，他们反而被辅政外戚代行皇权，造成大司马大将军以内制外，独揽朝政的局面。
宣帝采用了武帝外戚制度中以新外戚制旧外戚的原则，在成功消灭霍氏外戚后，大力提拔自己倚重的许、史两家外戚。他继续用外戚担任内朝领袖和辅政大臣，以许延寿为大司马车骑将军，以史高为大司马车骑将军领尚书事。
宣帝临终前也使用了武帝的托孤设计，让外戚史高与儒臣萧望之、周堪共同担任元帝的辅政大臣，结果又是外戚集团打倒了儒臣集团——与昭帝朝的结果相同。史高缺乏才干，任人唯亲，御史大夫陈万年倾尽家财贿赂他，即可得太尉之职。
后来他经过杨兴的规劝才知道应该任用贤士，推荐匡衡入朝做郎中。在史高的运作下，匡衡得以升任博士和给事中。由于元帝年长且重用宦官石显，导致史高、许嘉等外戚未曾如霍光那样获得完整的官吏任免权。
他们只是在阻碍元帝任用与己敌对的儒生派官员并尽力推举外戚集团的成员入朝为官。在成帝一朝，完全代替皇帝行使官吏任免权的外戚是与成帝关系密切的王凤，这时史高已经成为过气人物。王凤按照传统得到大司马大将军领尚书事的职位。
自招人马入大将军幕府私用，并且网罗一些愿意归附于他的朝臣和在野贤才，给自己人提供入仕升职的便利。成帝想要任用自己欣赏的宗室刘歆为中常侍，由于未获得王凤的同意而作罢，在场大臣也都认为王凤比成帝更具官吏任免权。
不经过王凤批准，任何任命都是无效的。成帝末期，王莽得到其申请退休的叔父王根的举荐，完成大司马一职的家族式继替。“根......荐莽自代，上遂擢为大司马。莽......继四父而辅政......”哀帝时期，外戚傅晏操纵朝廷的官吏任免事务。
任用自己的追随者朱博、赵玄为丞相和副相。王莽作为四朝权戚，除了在哀帝时期曾退隐以外，均篡夺了皇帝所掌握的官吏任免权，他手下的三位皇帝如同遭受冷遇的吉祥物，对朝廷人事没有话语权。哀帝死后，王太皇太后再拜王莽为大司马。
九岁的平帝即位，将政事委托给王莽处理。王莽党同伐异、胁持上下，使自己的从弟王舜担任车骑将军，引进大司徒孔光的女婿甄邯担任侍中奉车都尉，将哀帝所亲信的外戚和大臣一网打尽。“......前将军何武、后将军公孙禄坐互相举免。
丁、傅及董贤亲属皆免官爵，徒远方。”《汉书·成帝纪》有评：“......外家擅朝......建始以来，王氏始执国命，哀、平短祚，莽遂篡位，其威福所由来者渐矣！”章帝以后的东汉皇帝大多寿命较短，其继位者必为幼弱之君，导致母后临朝、外戚辅政的现象重复出现。
将会代替皇帝行使官吏任免权，直到皇帝有能力夺回皇权为止。窦宪侵夺和帝的官吏任免权；邓骘代替殇帝和安帝行使官吏任免权；梁冀在顺、冲、质、桓四朝作为皇权代理人行使官吏任免权；何进在少帝时掌握朝廷人事大权、献帝是曹操的傀儡。
官吏任免权完全在曹操手上。 东汉外戚制度的不良改变是从窦宪因击败北匈奴之军功被拜为大将军开始的。“旧大将军位在三公下，置官属依太尉。宪威权震朝庭，公卿希旨，奏宪位次太傅下，三公上；长史、司马秩中二千石，从事中郎二人六百石，自下各有增。”
这次有关外戚大将军制度上的调整，不仅抬高了大将军的政治地位，更使大将军从光武帝时期的普通武将再次升级为具有西汉风格的总揽汉廷军政大权的辅政大臣，大将军幕府的幕僚也得到了可观的抬举和赏赐。
窦宪从此时起便能依自己所需进行朝中人事安排。尚书仆射郅寿、乐恢并以忤意，......而笃进位特进，得举吏，见礼依三公。
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