1950年，由于人民解放军的主力部队以志愿军名义投入朝鲜战场，致使华东地区驻守部队有所减少。因此，华东沿海地区的形势一度呈现紧张。逃跑到台湾的国民党当局蠢蠢欲动，不断派遣人员潜渡到大陆，与福建省内的土匪内外勾结，并空投武器、物资支援内地的土匪，企图对沿海解放军形成内外夹攻之势。
1950年11月，为应对国际国内形势发生的新变化，毛泽东、中央军委电令华东军区，解除再攻金门的任务，全力以赴进行剿匪，限于六个月内消灭一切成股土匪，并积极巩固海防。
此时的福建沿海匪患确实相当严重，有人说，福建土匪多如牛毛。究其原因，主要有：
一是从地理环境看，福建地处东南沿海，地势起伏较大，森林茂密，海域辽阔，具有良好的隐蔽性。福建的地形条件有利于土匪的孳生，山高林密，海阔港深，可以出没其间；
二是解放战争的前进步伐太快，打下的地方，来不及搜剿，来不及不及清理。干部也缺乏，国民党的残余分子和散兵游勇，还有地方的恶霸和反动地主，勾结在一起，在后方空虚的地方，成帮结队。国民党又遥控封他们什么"反共救国军福建省统一行动委员会"、"先锋纵队总指挥"、"自由救国军闽北七省总指挥"和不计其数的"司令"、"专员"、"县长"。
到1949年冬，竟发展到大小240余股，4万多人，拥有长短枪27000余支，机枪300余挺，盘踞在东山、永安、清流、明溪、泰宁、将乐、光泽、三元、建宁等10座县城和若干乡镇，四处骚扰破坏，袭击共产党政权机关，杀害地方干部和积极分子。
这些土匪按其性质来分，大体为三类：
第一类是政治土匪，多为国民党败逃前留下并为其所掌握，共有140多股，约30000余人。他们以国民党政权的组织形式和人员结构为基础，成为土匪的重要组成部分。这些土匪多有政治背景，或追求政治目的，因此其行为和活动具有明显的政治性。
第二类是地主土匪武装，共70余股，约7000余人，是由当地的封建恶霸掌握的。他们以封建地主阶级的政治经济利益为导向，对当地的土地资源和人民财产进行肆意抢劫和剥削。地主土匪武装的存在，使得土匪活动更加严重威胁到民众的生活。
第三类是惯匪，是指历史悠久的惯犯，为数约3000余人。他们专以抢劫为生，有些匪首已有四、五十年的历史，甚至有三代相传为匪的情况。这些土匪通常有固定的活动区域和作案方式，对当地治安造成了极大的威胁。
在中央军委的统一协调下，福建军区携手浙江、江西、广东军区，组织了6个省与省、军分区与军分区的联防会剿区。
集中了5个师：第八十二师、第八十七师、第九十一师、第九十六师和第八十三师二四八团、第八十五师二五三团及第十兵团工兵团等兵力进剿股匪，另以3个师担任海防和进剿海匪，切断海陆土匪之间的联系；从部队中抽调9280名干部和老战士，组成一支强大的工作队，在地方党委统一领导下，参加地方土改、剿匪和镇压反革命工作。
在那个特殊的历史时期，剿匪部队采取了一系列有效措施来打击土匪势力。剿匪部队的原则是“军事打击、政治化解、人民参与”以及“严惩不贷与宽容并存”的策略。执行时，以精锐部队为主力，协同本地武装和民兵开展重点打击行动。
首先，对土匪进行集中包围和奔袭，全力清除大型土匪团伙。随后，剿匪部队进入了对小型土匪的分散击破和追踪阶段。在此过程中，剿匪部队始终坚持“既是战斗队又是工作队”的革命理念，利用一切可以利用的力量来保护人民的生命财产安全。
而对于那些已经投降或在清剿过程中被俘虏的土匪分子，剿匪部队也采取了不同于以往的处理方式。相较于以前的严惩策略，剿匪部队更注重宽大为怀，希望能有机会让他们认识到错误，改过自新。只有这样，才能从根本上减少土匪活动的发生，维护社会的和谐稳定。
11月中旬至12月上旬，二五三团在第八军分区警备团一部配合下，在连城清风山区，歼灭匪“中国人民自由军闽粤赣边区总司令部”中将总司令唐宗所部近400名，缴获步枪100余支、土炮20余门。12月3日凌晨，唐宗饥饿难忍，只身下山至章坑岭下，企图越过封锁线时被二五三团一连战士刘万金、查仲家活捉。二五三团在副团长王健行、副政委张茂勋率领下，3个多月内歼灭土匪2037人，摧毁了连城30多年的土匪老巢，多次获得福建军区通令嘉奖，并荣立集体三等功一次。
12月2日至20日，二六一团在清流县地方武装配合下，于江坊、长校、四堡围剿唐宗匪部主力第三十六纵队，歼其纵队参谋长江正清以下236人，一部溃散。
唐宗被擒后，国民党军统局驻闽南特派员康明深于1951年1月11日在漳平县新桥召开8县匪首会议，成立“福建省反共救国军统一行动委员会”，统一指挥5个纵队、1个总队共1200余名土匪，继续负隅顽抗。第八（龙岩）军分区奉命指挥第二五九团（欠三营）、二五三团三营和永春、大田县大队各2个连，以及当地区中队、民兵，围剿康部。于1月中下旬间奔袭新桥、德厚等地，毙俘“统一行动委员会”副主任张景清（俘）以下300余人。
1949年8月到1950年12月，福建全省共歼匪55000余，包括国民党派遣潜入大陆的武装匪特14股，解放全部匪占县城。大批著名的匪首如贺可泉、刘午波、唐宗、吴全荣等纷纷就擒，匪众土崩瓦解，相继下山投降。至此，尚有残匪4000藏匿山地，3000流窜海上，股匪基本被歼灭。
1951年1月，毛泽东亲自指示华东军区："继续不懈，坚持到底"，并在人民同意之下，坚决迅速地处死那些为民众痛恨的匪首、惯匪及恶霸，彻底清除匪患。
收到指示后，福建军区会同浙江、江西有关地区，组织了三省边界地区联防会剿，消灭了流窜在边界地区的股匪。
二八七团于12日侦悉匪“中国人民自由军闽赣边总指挥部”中将司令严正逃窜到泰宁西南的举凤山区，迅速集结6个连兵力展开追击。泰宁弋口乡民兵积极主动配合，于15日活捉了在闽北为非作歹数十年的土匪头子严正。二八七团及弋口乡民兵皆受到福建军区通令褒奖。
这个月，福建全省共擒获匪徒4574名，其中将领级别以上土匪184名，刷新了剿匪以来的月度纪录。在第三和第四军区的管辖区，匪患相对较少，股匪已基本剿灭。毛主席于2月26日致电福建军区叶飞等领导：“我们已经收到了一月份的剿匪简报，很高兴看到剿匪成果显著。请你们继续努力，坚持到三月底之前彻底清除福建所有股匪。若还有残余匪徒未清，地方武装与民兵需继续努力捕捉，直到全部消灭为止。在清剿行动中，对那些被群众深恶痛绝的匪首、惯犯及恶霸，请在征得人民的同意后，坚决迅速地给予死刑惩罚，这非常重要。”
3月，福建军民接到毛泽东和华东军区嘉勉电后，剿匪热情空前高涨。剿匪部队发扬连续作战的战斗作风，先后全歼匪“闽浙赣前线突击司令部暂编第三师”、“闽南军区漳州军分区”等部，击毙匪“福建游击军区闽西南边区指挥部”指挥官黄雨定、“闽南军区泉州纵队”指挥官王樵，活捉匪“中国人民反共救国突击军第六纵队”中将司令朱树堂、“特击第三师”少将师长吴金荣、“中国人民自由军闽粤赣边总司令部”第一纵队司令罗伯盛等重要匪首。
剩余的散匪人数虽不甚多，但他们仍然是极端反抗的敌人，斗争局势越发严峻。
87师260团在仙游、永春、德化三县交界处，设置了对闽南著名匪首、"东南人民反共救国军闽南军区副司令兼闽中军分区指挥官"刘子宽的包围圈。部队设置了一个接一个的哨岗，进行持久的包围和搜剿。
解放军用枯草树搭成窝棚，用松树心劈成细枝条照明，吃着老毛笋和山芋叶子，遭遇日晒雨淋，攀爬陡峭悬崖，经过27天不断压缩包围圈，终于擒获了匪首刘子宽和残匪百余名。
32军95师283团以8个连的兵力合围逃窜至建瓯城东南黎山一带的“暂编第四师”郑长吉股匪。经过130里的长途奔袭，五天四夜的辛苦搜索，成功俘虏“少将师长”郑长吉并活捉其部下4人。随后，部队连夜再出发，经五个小时的雨夜急行军后，在高山密林中经三天两夜搜捕，又活捉了"上校副师长兼19团团长"郑长兴及残匪40余名。至此，郑长吉的“暂编第四师”势力被彻底歼灭。
终于，福建省提前于1951年5月全部肃清了土匪，清除了后顾之忧。
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