1949年11月初，第6军转隶第1兵团建制，率第16、第17师向新疆进军。1950年1月至3月，第6军所属部队先后到达新疆，军部与第17师驻迪化（今乌鲁木齐）、伊宁等地区，第6军兼迪化军区。1953年5月，第6军军部与西北军区航空处合编为西北军区空军。第16、第17师改编为新疆生产建设兵团第5、第6师，第6军番号即行撤销。

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