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祁连山山体高大，拦截季风区水汽，较西北地区降水丰富，年降水量300～700mm，主要集中在6～9月，且自东向西递减。山区降水部分以冰雪形式储存，形成冰川，被称为“天然固体水库”，对河流年径流量有稳定作用。
据2015年第二次中国冰川编目，祁连山共有冰川2685条，总面积约1537km²，占全国冰川总面积的3.4%，主要分布于4017～5764m海拔，近60年面积减少了400km²，且加速退缩，对水资源利用构成挑战。
甘肃祁连山冰川分布示意图
冰川融水补给河流，祁连山多年平均冰川融水径流量占全国冰川融水径流的2%，其中约87%补给河西走廊三大水系。河西走廊地表水资源主要依赖祁连山区内陆河流域的河川径流。
发源于祁连山内陆河流域分布
河西走廊的地表水资源主要源自祁连山区三大内陆河流域的河川径流。这些流域输出的地表径流量，不仅受到流域内植被和森林资源状况的影响，更与流域的集水面积大小有着直接且密切的关系。
具体而言，
石羊河流域集水面积达到9057平方公里，其出山径流量为15亿立方米；
黑河流域集水面积更为广阔，达到24901平方公里，出山径流量也相应增加至36.8亿立方米；
而疏勒河流域集水面积相对较小，为1368平方公里，其出山径流量也仅为0.85亿立方米。
历史平均祁连山的疏勒河、石羊河、黑河三大水系内陆河的72.6亿立方米径流水资源。可见其减少了非常多。
在祁连山区，季节性积雪主要分布在海拔3000至4000米之间，而常年积雪则主要分布在海拔4000至5000米的高山区域。随着海拔的上升，积雪覆盖率逐渐增大，呈现出明显的垂直分布特征。然而，近年来祁连山区的冰川雪线却呈现出上升趋势，近60年来，最低雪线已上升了200至800米，整个祁连山冰川雪线的平均海拔已达4780米。这一变化与20世纪末以来气温升高速率的增加密切相关，它导致了近10年来冰川萎缩和物质亏损的加速，冰川表面高程年平均减薄0.44米，且冰川物质损失自西向东呈现出加速趋势。
祁连山雪线时空变化
祁连山海拔4000米以上的区域冰川广布，这些冰川在夏季融化，提供稳定的水源，形成多条河流。祁连山拥有2683条冰川，总面积约2062平方公里，年均径流量为138.05亿立方米。
祁连山将会是未来云运河工程的循环降雨的主要来源。
红旗河高程地图
云运河中间段走向
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