光绪三十一年9月2日（1905年），清政府批准了由湖广总督张之洞与直隶总督袁世凯联合提出的自丙午（1906年）科为始，所有乡会试一律停止。各省岁科考试亦即停止”。至此，在中国历史上延续了1300年的科举制度正式废除。而提出废除科举的张之洞是科举探花，既得利益者，而袁世凯则是连个秀才都没有考上的武夫，可见，废除科举已经是共识。
但问题是，这些预备科举人员是满清统治基础，是最支持大清的政治集团，而现在由于满清将其“抛弃”，没有做出妥善的安排，或者说没有延续他们的利益，导致他们成为最反对满清统治的团体。算是给满清的棺材板钉上最后一颗钉子。
就在废除科举的当年年底，由宗室镇国公载泽、户部侍郎戴鸿慈、兵部侍郎徐世昌、湖南巡抚端方、商部右丞绍英为首的五人欧美出访团，为满清的“预备立宪”进行学习与造势。
五大臣的随员中，有一个特殊的群体，即留学生。他们长期在海外游学，精通外语，了解外国情况，负责在沿途充当翻译，而这些里不少都是“双料文凭”，既有大清的进士头衔，又是西方名牌大学的毕业生。其中不少后来成为北洋政府高级外交官，其中包括：
施肇基，考察各国政治大臣一等参赞、候选知府，毕业于美国康奈尔大学，进士出身，民国后，成为民国首任驻美大使，是“中国第一代职业外交家”的代表人物之一。
唐宝锷，翰林院检讨，毕业于日本早稻田大学，进士出身，民国后在北京、天津开设律师事务所，从事司法工作。
戢翼翚，外务部主事，毕业于日本早稻田大学，进士出身，民国前病逝。
钱承鋕，商部主事，毕业于日本东京帝国大学，进士出身。
陆宗舆，考察各国政治大臣二等参赞、内阁中书，毕业于日本早稻田大学，举人出身。民国驻日本大使，1919年被解除职务。
这在当时并不稀奇，当时众多进士出国进修，而直接出国获得外国学历的，朝廷为了让他们当官，直接“赐进士”出身。这也是科举被废后，新旧潮流碰撞之下的大清特殊的选官制度。
实际上，在停废科举之前，清朝已经开始大量向西方国家派遣留学生，在“洋务运动”开始之后，就已经出现了现代化西式学堂，教授的课程有，经史、英语、化学、物理、数学、驾驶、枪炮等。之所以如此设立，就是培养军事人才，周树人与周作人兄弟俩人就毕业于这样的新式学堂。在毕业之后，周作人与周树人都考取官费留学日本。
当时中国各地新式学堂的学员共有26万人。到废除科举的第二年，全国新式学堂学员激增至102万人。相比于中国当时的科举学校，新式学堂所习内容多为近代西方学校所传授的法律、工商业、军事、理工科知识，说白了，这更符合市场以及近代中国的需求。
官派留美的学生归国后，被安排到铁路、矿务、电报、商业、教育等部门工作。比如詹天佑就担任铁路督办，所以到光绪三十一年年科举被废时，是一个渐进的过程，不是突然废除。满清也不是没有想到，在科举被废后，这些读书人出路问题，依旧以考试形式选拔官员，可已经不考四书五经了，而是改为数学，国际地理、西方财政、铁路、矿务等。但荫生荫官依旧存在，这是封建阶级特权，是不可以废除的。
科举被废后，先后催生了学堂选官、留学生选官、议员选举、司法官考选、直省提法司及巡警道属官考选等选官制度。满清明确宣布：宣布凡是通过学堂选官考试合格的毕业生，可给予贡生、举人或进士出身的奖励，也就是取得做官的资格。施肇基等人就在这种情况下获得进士头衔。
为适应科举的废除，清政府设立“学部”，统辖全国教育事业（教育部）。同年，学部在举行了第一次留学生选官考试，共有13名留学生通过考试，获得“等第出身”，并授予官职。这里面包括金邦平、唐宝锷均，张锳绪、曹汝霖、胡宗瀛等人。
1907年，袁世凯奏请朝廷，对于政绩相对突出的留学生进士出身，为此詹天佑、吴仰曾、屈永秋、邝荣光四人得到准许，赐进士出身。其中，屈永秋是中国近代的第一代西医，曾主持北洋医学堂和天津卫生总局等事务；邝荣光亦是著名的采矿工程师，作为晚清留美幼童中最高寿的一位，他活到了1962年，享年103岁。
从1905年到1911年，清廷共进行七届留学生选官考试，通过学部考试而获得进士、举人身份的留学生，共有1369人。
必须承认的是，废除科举基本是举国共识，立宪派大员几乎全员支持废除科举。当然也有反对的，科举停废一年后，国学大师章太炎，刘师培都认为，新的选官制度存在不公，对民间的覆盖面不及科举制。更关键的是，当时很多穷书生失去科举考试后，既上不了学堂，也留不了学，一下子失去了上进的途径，最后走向了满清的对立面。
废科举最大的最大弊端就是使教育的不公平程度大大加深：新式学堂学费比较高昂，也必须要有专业老师授课。这就改变了过去“穷文富武”，穷苦人家靠自学经书文章也有一定上升空间的现象，也打击了很多贫苦人家的学习热情。从而使受教育的对象越来越集中在城市和富裕人群，让城乡之间和贫富之间的受教育程度差异空前扩大。
实际上，是科举本身的职能：入仕。一旦不能当官，统治基础就丧失了，而且废除科举之后建立任何可替代科举为其存在提供合理性的依据。废除科举却不知其真正影响的满清政府在广大汉族士绅中人心丧尽。又加上意识形态松绑之后，失去了八股文科举来禁锢思想后，满清无法控制住新学带来的民族主义，这些接受了新学的青年，最终变成了葬送满清的动力。
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