1966年6月，担任军科院副秘书长的王智涛，因病休息了2年多，虽然也能看文件，可不在岗位上工作，感觉自己落伍了。提出身体已经康复，希望能上班，阎副院长把情况上报给叶帅，叶帅并没有同意，让他休养为主！
智涛是军事教育出身，战争年代与和平时期长期担任军事教育工作。1960年，差点被要求转业，多亏叶帅将他调去军科院，原本打算任命为秘书长，可到任后，改为二级部副部长，协助彭绍辉工作。
军科院的主要工作是理论研究，负责条令条例编写等工作，到军科院3年里，王智涛到成长也非常快，干得很舒心。1963年根据他的表现被提拔为副秘书长，工作上的事情更琐碎一些。或许工作量很大，导致几个月后身体出现问题，初步诊断以为是胃病发作，结果吃药半个月反而加重，开始便血，以为是痔疮破裂。
有点医术的妻子觉得不正常，让他到另一家医院检查，结果确诊为中晚期直肠癌。于是，赶紧住进医院，并进行手术治疗，手术后叶帅、粟裕、宋时轮副院长对他的关系很大，阎揆要、钟期光两位领导也到医院看望他，最让人感动的是王新亭副总长，原谅他是军科院副院长，调总参工作，得知他手术，竟然在医院守护8小时做完手术才离开。
让他更没有想到的是，总理在帮忙之中，在粟裕大将的陪同下看望他，对他亲切关怀，询问手术情况，身体情况，宽慰他不要有后顾之忧，而且还叮嘱医护人员，让他安心养病后，才能离开病房。对于日理万机的总理能来看他，内心是久久不能平静。
身体基本恢复后，军科院首长就决定不让他工作，继续休养。毕竟这么大手术，更需要休息。安排他到杭州、上海疗养。1966年，身体已经大有好转，想着回一线工作。
他把情况告诉院领导，叶帅说：这么重的病，动了这么大手术，现在搞运动，情况复杂，不要急于工作，休息为好。也可以参加院办组织的政治学习。没想到运动到来，使得他8年没有工作，直到1978年，他被任命为军科院顾问，被任命二线职务。
顾问是常委的参谋和助手，支持常委领导工作，出谋划策，提出建议和意见。顾问有建议权，没有决定权，他在顾问的位置上发挥余热，这时候他的年纪已经不到了73岁。
实际上从1964年理论岗位，一惊14年之久，虽然年纪也大了了还觉得有很多东西要掌握，忙着看书学习，休息时间都很短。1983年接到离休的命令，安安心心过上晚年生活。
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