顺治驾崩之后，十三衙门很快就被裁撤，恢复了内务府，由旗人包衣和汉人太监一同负责宫内事务。但注意，康熙继位时非常年轻，年仅八岁，主导政局的是孝庄太后和几个辅政大臣。但传统上，史学界都认为康熙创建了一套新的宫廷体制，“意在永远剥夺太监获得权位与影响力的机会”。的确，在乾隆朝的《国朝宫史》中，康熙被描述为一个对太监极其严厉的皇帝。他规定太监每个月只能拿二两银子，还禁止太监斗殴、赌博与饮酒，尤其是赌博和饮酒，这基本上就算太监在宫里仅有的一点娱乐活动了。康熙还对犯事的太监动用重罚，说“太监等不可假以威权，事发即杀之”。他认为，从历史上看，善良的太监很少见，像汉朝和唐朝那么严重的宦官干政，都是长期姑息养奸的结果，所以太监犯一点小错就必须重罚，他称之为“防微杜渐，慎之于始”。比如，有个名叫李进忠的太监，涉嫌敲诈勒索。刑部调查时，发现李进忠只是“强行干涉他人家务”，建议判他戴枷三个月，并杖责一百。但康熙驳回了建议，下令直接处死。

康熙的贡献有两点，思想和制度。

思想上来说，康熙在修《明史》的过程中重用了黄宗羲的学生万斯，强调宦官在明朝衰亡过程中的角色，让前面所说的反宦官思想进入了官方正典。同时，康熙亲自指点《明史》编纂者，说不能光骂宦官，更要负责的是怠惰奢靡的皇帝，以及和宦官狼狈为奸的官员。他还说，太监属阴，性情和常人不同，外表忠厚，内心叵测，要有英明的主子，也就是他自己，来避免他们干政。康熙非常自信，相信自己看人的眼光，可以做到知人善任，相比之下，晚明的皇帝都长于深宫之中，甚至连字都不太认识，不懂书面用语，发出政令都要依赖宦官，所以才那么容易被“拿捏”。可以说，在康熙眼中，宦官专权是因为皇帝太蠢，制衡不住太监。从制度上来说，康熙的确建立起了一套体制，对普通太监设立了重重管制。他完善了内务府制度，让包衣旗人管理太监，还设立了管理太监和宫内事务的敬事房。这个机构只对皇帝负责，不受官僚机构影响，只要他想，随随便便就能把不喜欢的太监关起来。而他影响最大的两个举措，是他设立了新的惩罚制度和责任制度。

所谓新的惩罚制度，是设立了内务府下的慎刑司，执行内宫刑罚。如果你看清宫戏，可能对这个地方有印象，后宫妃子出了事儿都会被安排去这里严刑拷打。实际上，慎刑司主要管的是太监相关案件，还会直接执行刑罚，比如用一根灌满铅的竹竿把犯人打死为止。而包括逃出宫外的这种轻罪，康熙则建立起了专门的监禁制度，也就是送到京城郊外的瓮山，让他们去那儿剪草喂马。瓮山到了清末，就进了颐和园，成了万寿山。而这个责任制度，就是设立了一个责任制，最高的总管太监负责管理中间的首领太监，而首领太监则负责管理普通太监。总管太监人数很有限，大多数的责任都落在了首领太监身上。一般来说，不超过十个太监为一组，每组一个首领太监，下面的出了事，要牵连上面的。普通太监能享受到多少自由，基本上取决于首领太监的态度。

感觉上，这套制度可以把太监群体都管起来，实际上，康熙从实践上给少部分的太监开了很多例外。正是因为康熙相信自己，他才会对少部分自己熟识的太监大开绿灯，而越是他不熟悉的太监，越容易被加重惩罚。而他熟悉的少数精英太监，比如陈福、李玉和梁九功等等，他就经常让他们代为传旨。这里的传旨不只是字面上的“传”，有时候只是口头委托，隐含了一定的解释空间，让太监能够扩大权力。而这些受宠的太监，能够积累起不小的财富，还能用这些钱去修建寺庙，壮大自己宫外的联系网络。

除了在宫中传旨，这些太监还经常跟传教士一起被派去处理外交事务，例如康熙晚年最倚重的太监之一，魏珠，就曾经调解过俄罗斯使臣和清朝皇帝的矛盾。为什么康熙这么信任太监？可以归为三大原因。第一个原因很现实，就算康熙再怎么批评明朝皇帝怠惰，他也做不到熟悉所有太监。要管好他们，他必须依靠少部分的总管太监，这就使总管太监们拥有了他们的权力基础。第二，康熙欣赏懂各种技术的人，包括西方来的外来学问和民间的奇技淫巧，而很多太监没有接受儒家传统教育，会很多实用小技巧。例如，在康熙的太子废立风波中，有一次怀疑废太子胤礽用了明矾做的隐形墨水，而魏珠因为会让文本显形的办法，便参与了调查。这还不够，魏珠能送给俄国使者自己做的珐琅表和来复枪，还能和爱听戏的皇帝经常探讨京城戏曲风格的发展，可见他的学识之广泛。第三，康熙并不担心自己过分信任太监，因为他经常和官员们直接见面，不会被太监孤立于宫中。

然而，随着康熙晚年精神状态每况愈下，代笔、传旨的需求越来越大，太监在宫中的影响随之越来越大。这在雍正继位前后的权斗中尤其明显，太监甚至成为皇子争取的对象。例如皇八子胤禩和皇九子胤禟一派，就和太监过从甚密。胤禩母亲出身不好，所以他格外努力地想要表现自己，其中一个办法就是拉拢康熙身边的梁九功和李玉。后来，李玉被查出挪用国库的六万两白银，资助胤禩活动，导致自己被抄家。胤禩厚赏自己的亲信太监闫俊，让他帮自己掩盖罪行，并且，雍正后来还指控胤禩借太监之口散播谣言，诋毁雍正。而胤禟，则是让身边的太监到宫外帮他敛财，比如他派太监何玉柱去东北盗采人参，到了东北以后就殴打当地商人，逼他们贱卖，等到了过关要交税的时候，就把官员也打一顿，“物理”避税。还有什么敲诈、勒索、诈骗等等，反正只要来钱快的事，都敢干。然后，胤禟再拿这些钱贿赂宫中太监，扩大自己的影响力，连陈福、魏珠这样的大太监，都收过他的贿赂，为他报告康熙的起居细节，并帮他在康熙面前说好话。为了感谢魏珠，胤禟甚至还允许魏珠收了自己的儿子做“养侄”。如果熟悉九子夺嫡的故事，你可能就知道这两个阿哥后来被雍正打击，被削除宗籍，最后死在狱中。

奇怪的是，雍正虽然严词警告说他兄弟们的家里“有奸恶太监数人”，引诱主人做坏事，但在之后的残酷政治斗争中，雍正却放过了太监们，很多都免于死罪，只是监禁或者流放。就连被指控侵占皇陵、贪污数百万银两的魏珠，雍正本来说就算凌迟了也不算过分，但最后也只是被抄家后软禁。雍正对涉案的太监宽大处理的原因，雍正自己解释是念及兄弟旧情，而且要保守皇家机密，但是按作者推测，是雍正继位本就有一定争议，而此时太监群体已经在宫内有一定影响力，雍正可能有所忌惮。特别是在内部舆论上，到处传话的太监影响力特别大，比如说雍正暗改圣旨的传言就出自宫中太监。可以说，雍正在继位风波中体会到了太监在宫中的重要性，所以更加警惕。雍正很不信任太监，不让太监接触机密的议政。他还专门下令要严格筛选皇子身边的太监，给他们安排一些“蠢笨”太监，不能让聪明太监服侍皇子。他还曾经专门下谕旨，说太监私下里有说有笑的，见了他就马上没声音了，这样很不好，其实就是担心太监在背后说他坏话。此外，雍正也很注意限制太监在宫外的角色，要求严查太监家庭有没有和王爷或者地方官勾结。

但另一方面，雍正在继承康熙制度基础上，进行了一定的创新，给了太监更多激励。例如，他给从宫中退休的太监提供资助，还为他们专门开辟了墓地。但最重要的是，雍正重新恢复了康熙时期废除的太监品级制，并把给他们的薪水翻了一番，表现好的太监会被奖赏升官，以此激励太监勤奋工作。不仅如此，雍正时期的太监人事管理可以说是相当松弛，比如有个案子说有个姓窦的王府太监私藏孩子，还在宫外搞诈骗，然而因为没有档案记录，雍正得专门下令调查各个王府里是不是有这么一号人。

可以说，康熙建立了一套下严上松的太监制度，而且设计严格但执行宽容，而雍正则是制度宽容但态度警惕。但到了乾隆，清朝的太监制度才算真正改变了轨迹。