（一）合伙设立阶段
发生于合伙设立阶段的合伙合同纠纷案件，合伙人之间主要对于合伙关系是否成立以及各方之间系合伙合同关系还是借贷、雇佣或租赁关系存在争议。
1、对于合伙关系是否成立产生争议
合伙合同系民事合同之一种，《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）并未对合伙合同附加特殊的形式要求，根据《民法典》第135条、第469条之规定，合伙合同可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。合伙合同成立要件较为宽松，为非要式合同，不要求必须签订书面合伙协议，由此在实践中衍生三方面问题：
第一，当并无书面合伙合同证明存在明确合伙约定时，对于合伙关系成立与否存在争议。
《最高人民法院关于贯彻执行＜中华人民共和国民法通则＞若干问题的意见（试行）》第50条规定：“当事人之间没有书面合伙协议、又未经工商行政管理部门核准登记，但具备合伙的其他条件，又有两个以上无利害关系人证明有口头合伙协议的，人民法院可以认定为合伙关系。”《民法典》第967条规定：“合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。”据此，认定合伙关系是否成立的关键在于是否具备“共同出资、共同经营、共享收益、共担风险”的合伙本质特征，以及是否有证据证明各方实际上已经形成了合伙的合意从另一方面，各方之间的民事关系只要符合上述合伙合同的本质特征，即使没有书面合伙合同，但只要证据足以确定合伙人姓名、合伙标的和数量或存在形成合伙合意且实际履行了合伙事务，则可以认定为合伙合同已经成立。如果无法提供书面合伙合同，也没有证据证明存在口头合伙约定，则无法以合伙关系约束争议各方。
第二，合伙人之间签订了名为合伙的书面协议，但对于实际上是否构成合伙关系存在争议。
即使存在名为合伙的书面协议，法院仍会审查各方权利义务是否符合个人合伙共同出资、共同经营、共同劳动、共担风险、共负盈亏的基本特征。合伙关系的认定主要考虑是否存在利润分配、风险共担的意思表示或事实。若欠缺上述合伙关系认定的构成要件，应以各方之间实际的法律关系确定各方权利义务。
第三，在合伙未能成立且无书面协议或者各方明确意思表示的情形下，合伙人之间对于权利义务的认定存在争议。
如在一起案例中，原被告双方仅口头约定合伙事宜，被告收到合伙投资款后，并未按照合伙协议约定设立合伙组织，并且怠于返还合伙投资款。双方对于原告支付的投资款的性质也存在争议，原告基于不当得利要求返还钱款，而被告则主张该笔款项性质系合伙投资款。
2、对于构成合伙关系还是其它法律关系产生争议
个人合伙往往没有经过工商登记注册而是借用他人或者某个合伙人的其他营业执照，以个体工商户或其他企业等外在形式进行营业。当内部发生纠纷时，往往就双方之间的法律关系存有较多争议，如一方主张构成合伙关系，而另一方则认为双方系借贷关系、雇佣关系、租赁关系等。正确认定当事人之间法律关系的性质是法院审理合伙合同纠纷案件的基础。
第一，合伙关系与租赁关系的争议。
一方当事人仅向合伙组织提供物品的使用权，不参与合伙经营、劳动，不参加合伙的盈余分配，不承担合伙经营的风险，并于此收取固定收入，当事人主张双方之间不存在合伙关系，而为租赁关系。如在一起案例中，原、被告签订《合作经营协议》约定，被告提供场地供原告使用，原告负责经营、支付押金并定期缴纳固定金额的使用费，从内容上看，双方并无共担风险、共享收益的意思表示，“合作经营”的实质系被告将其承租的房屋再次转租给原告并收取租金，故法院认定双方之间的协议名为合作经营，实为房屋租赁。可见，对于此类纠纷，法院主要通过结合合同中关于双方的权利义务、费用的计算、损益的分配方式等，审查双方有无共担风险、共享收益的意思表示。
第二，合伙关系与借贷关系的争议。
一方当事人向合伙组织提供资金，不参与合伙经营、劳动，不参加合伙的盈余分配，不承担合伙经营的风险，并于此收取固定收入或收取利息并约定收回本金，当事人主张双方之间不存在合伙关系，而为借贷关系。如在一起案例中，原、被告双方在《学校股份合作协议书》及《补充协议书》中约定，原告与被告各占学校股份50%。但是，《补充协议书》又约定被告有责任确保无论盈亏，原告每年回报利润为投资入股金额的百分之二十；学校的利润优先确保原告的回报等。最终法院认定涉案协议的性质应为借款协议而非投资合作协议。与此同时，实践中还存在有些合伙人为了规避自己应当承担的风险，将合伙协议改签为借款合同，约定其出资额为对方的借款，在规定期限内，先由合伙企业的利润偿还，待偿还不能时，由对方直接偿还。这种名义上为“借款合同”的合同，并不是真实的借贷关系，以借款合同起诉，法院一般不予支持。因合伙关系出资后，所投入资金的盈利和亏损，应当按照合伙协议处理，合伙人应当自愿承担风险的结果。而借贷关系则不同，无论借款人使用借款从事何种经营活动，是否盈亏，借款人应一律返还借款及约定的利息。
第三，合伙关系与雇佣关系的争议。
一方当事人虽参加合伙经营，但不参与合伙经营的盈余分配，不承担合伙经营的风险，并于此收取固定收入，当事人主张双方之间不存在合伙关系，而为雇佣关系。如在一起案例中，原告以取得工资与年终奖的形式参与合伙经营的盈余分配，最终法院认定双方法律关系属于雇佣关系
（二）合伙履行阶段
发生于合伙履行阶段的合伙合同纠纷案件，合伙人之间主要有以下争议：一方当事人请求分配利润、退还投资款，对于合伙财产的数额及分配产生争议；一方当事人未履行合伙协议或存在违约情形，对于合伙协议的解除及违约责任的承担产生争议；一方当事人擅自处分合伙财产或未经许可对外承担债务，对于债务追偿产生的争议。
1、对于合伙财产的数额及分配产生争议
民事主体缔结合伙协议，形成合伙关系后，即形成了共享利益、共担风险的共同体。合伙人应按照约定的出资方式、数额和缴付期限，履行出资义务。另一方面，在合伙体正常运行的前提下，合伙人有权要求在扣除经营成本后进行利润分配。一般来说，在合伙过程中请求分配利润，是合伙合同约定的应有之意，各方合伙人可以在自愿、平等的基础上约定利润分配的比例、条件和时间等。《民法典》第972条规定：“合伙的利润分配和亏损分担，按照合伙合同的约定办理；合伙合同没有约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。”司法实践中合伙主体请求分配合伙利润，往往发生在合伙人之间对合伙事务业已产生分歧的情况下发生，涉及到合伙投入、合伙成本以及合伙收益的核算，加之合伙事务处于动态变化中，事实较为复杂。如在一起案例中，原、被告虽签订了《合作经营协议》但因合伙账目不清，导致双方对合伙经营期间的经营余额以及共同经营项目的盈利分割数额存在争议。法院以经营期间的经营余额应按各半分配为原则，依据《合作经营协议》的约定，结合双方在审理过程中自述的项目实际收入，综合考虑双方履约情况及机械设备折旧情况等，在扣减合伙经营期间的经营成本后，最终确认共同经营项目应予分配的合伙财产数额。
2、对于合伙协议的解除及违约责任的承担产生争议
《民法典》第969条规定：“合伙人的出资、因合伙事务依法取得的收益和其他财产，属于合伙财产。合伙合同终止前，合伙人不得请求分割合伙财产。”根据该条法律规定，在合伙关系终止之前，任何一方合伙人均无权请求分割合伙财产。遵循此法律原则的情况下，实践中还需要具体案例具体分析。如果合伙协议未实际履行，则可以要求解除合伙协议并返还投资款及赔偿损失。在此种情况下，是否清算并不是返还投资款的前提。同时，根据《民法典》第563条关于合同法定解除的规定，合伙人也享有合伙合同的法定解除权，若一方合伙人违约致使合同目的不能实现，则另一方合伙人可要求解除合伙合同并返还其合伙投资款。如在一起案例中，一方合伙人在签订合伙协议后，未按约履行合伙义务导致合伙企业并未成立，且未提供充分证据证明存在合伙经营支出，亦未对合作事宜进展及投资款使用去向等进行说明，故法院最终认定各方当事人签订的《合作协议》的合同目的已经无法实现，该协议应予解除，并应及时返还投资款。
3、对于合伙债务的追偿产生争议
《民法典》第973条规定：：“合伙人对合伙债务承担连带责任。清偿合伙债务超过自己应当承担份额的合伙人，有权向其他合伙人追偿。”人民法院在审理相关纠纷时，主要审查合伙债务是否形成于合伙期间，并已经得到其他合伙人的认可。若一方合伙人擅自处理合伙财产或者未经其他合伙人认可创设债务，则难以认定是合伙债务，其他合伙人在承担责任后有权按照合伙份额向其追偿。如在一起案例中，张某在与其他合伙人未就合伙事宜达成一致的情况下，擅自将合伙场地转租给案外人，且并未提供已经其他合伙人同意或事后追认的证据，因此法院认为转租债权无法实现，故不应要求其他合伙人根据各自投资比例和份额承担责任。
（三）合伙终止阶段
发生于合伙终止阶段的合伙合同纠纷案件，合伙人之间主要对于合伙关系是否终止以及终止后的清算问题多存争议。
1、对于合伙关系是否终止产生争议
《民法典》第977条规定：“合伙人死亡丧失民事行为能力或者终止的，合伙合同终止；但是，合伙合同另有约定或者根据合伙事务的性质不宜终止的除外。”除了合伙人死亡、丧失民事行为能力或者终止等法律规定的合伙终止情形，合伙人对于合伙关系的终止主要存在以下争议焦点：
第一，合伙合同约定的合伙期限是否届满或终止事由是否发生。
一方面，对于合伙合同中明确约定合伙期限的，期限届满合伙关系到期终止。如在一起案例中，系争双方签订合伙协议成立加油站，其章程中载明合伙期限自营业执照批准之日起计算，期限为15年。在合伙协议的履行期限已到期，而实际双方未再续签协议的情况下，法院认定系争双方的合伙关系到期终止。另一方面，对于合伙合同中未明确约定合伙期限的，当事人对于合伙合同约定的终止事由是否发生多存争议。如在一起案例中，系争合同约定“本合同期限自2014年10月1日起，至某投资管理公司的租赁合同终止（包括续租），仓储建筑物拆除日止”，系争双方就合同终止是否要求“租赁合同终止”与“仓储建筑物拆除”二者同时满足，产生争议，法院最终认定系争合同在租赁合同到期日终止。
第二，全体合伙人是否达成终止合伙的合意。
当事人对于是否达成终止台伙的合意产生的争议，在该类合伙合同纠纷案件的审理中较为普遍。如在一起案例中，法院认为，一方合伙人草拟了《合作退出协议》并以微信发给其余合伙人，要求微信确认即可，各方签字后发回，说明全体合伙人已达成一致合意，《合作退出协议》已成立生效，案涉合伙终止。
第三，一方合伙人是否有权解除合伙合同。
合伙人依据法律规定享有依法解除合伙合同的权利。另外，依据《民法典》976条规定，合伙人还可以随时解除不定期合伙合同，但是应当在合理期限之前通知其他合伙人。即对于合伙人对合伙期限没有约定或者约定不明确，依据《民法典》第510条的规定仍不能确定的，从而视为不定期合伙的合伙合同，合伙人有权利行使任意解除权。
第四，合伙的共同事业目的是否已不可能实现。
如在一起案例中，系争双方合伙经营的内容为美甲店，系争美甲店已经关门不再营业，且已经对外准备转让，故双方合伙经营的内容已不存在，法院认定系争双方的合伙关系终止，合伙人应进行合伙事务的清算，并据此确定双方权利义务。
2、对于合伙的清算产生争议
合伙终止后非经清算完毕，合伙关系不能认为已经完全消灭。合伙合同的解除是合伙清算的基础，同时合伙的清算也是解决合伙终止之后利润的分配与债务亏损的承担等问题的前提。合伙关系解除后，对于合伙事务的清算，合伙人可以协商一致通过订立协议的方式达到清算目的。合伙人无法就自行清算或委托清算达成一致意见的，可以申请人民法院通过司法审计等方式进行清算。合伙清算是起诉合法事由，当事人要求进行合伙清算，目的是要求返还合伙投资款或分配合伙利润，属于人民法院民事诉讼受案范围。合伙未经清算，可能会给法院认定合伙财产、合伙债务等事宜带来困难。
实践中，合伙人基于合伙终止和清算，主要提出返还合伙投资款、分配合伙利润以及承担合伙债务等诉请，并围绕以下问题产生争议：
第一，合伙款项是否出资到位以及实际用于合伙事务。
合伙人应当按照约定的出资方式、数额和缴付期限，履行出资义务。合伙人可以用货币、实物、知识产权、土地使用权或者其他财产权利出资，也可以用劳务出资。在合伙终止之后，一方面，如果一方合伙人并未履行完毕出资义务则构成违约，依法应承担相应的民事责任：另一方面，如果合伙投资款实际并未用于合伙事务，合伙人也有权利要求返还。如在一起案例中，合伙协议明确记载张某的出资额为1、500，000元，而其实际支付了2，250，000元，在另一方合伙人既未将多出的款项记载在张某出资额内，也未举证证明各方存在其他合意或用途的情况下，张某请求返还钱款，法院予以支持。
第二，合伙的实际经营情况。
对于合伙未成立的，双方合伙关系无法继续经营，合伙关系即终止，需要对设立合伙的相关费用进行清算，并对各自的出资进行返还：而对于合伙合同已经履行的，根据合伙的实际经营情况确定合伙的利润分配和亏损分担。如在一起案例中，合同约定的合伙期限为5年，而韦某实际参与经营的时间仅有5、5个月，法院参照店铺场所和设备的折旧情况、双方约定的合伙期限以及实际经营时间所占比例，确定合伙投资款返还的金额。
第三，合伙人的过错责任情况，包括是否存在一方违反合伙合同约定或使得合伙目的无法实现导致合伙终止等情形。
如在一起案例中，双方合伙经营面包房期间无正规的财务管理制度，无正规的企业账户记账记录，全部以个人账户进行款项的收支，且合伙人陈某在另一合伙人叶某提出要求查阅财务资料的请求后其拒不配合，并在未与合伙人叶某一同核算面包房资产负债情况的情形下，擅自注销了面包房。陈某的上述行为使得个人资产与合伙体资产混淆不清，且已然使叶某投资合伙体的根本目的无法实现。基于此，法院判决陈某返还全额投资款。
第四，证明责任的分配，主要情形包括：
一方当事人请求法院进行清算或者主张返还出资，另一方当事人要求其对合伙关系解除且已履行出资义务承担证明责任，即证明合伙关系解除符合合伙合同及法律规定，并证明其出资合法属实；
一方当事人主张分配合伙利润，另一方当事人要求其举证证明利润数额与分配方案；
一方当事人主张没有利润或合伙尚有债务没有清偿不得清算，另一方当事人要求其应当对此承担证明责任，如不能证明没有利润或债务真实存在的，不能阻碍另一方当事人主张清算的诉讼请求。
如在一起案例中，合伙人卢某根据双方已分配利润的比例计算其应得的合伙利润，并对其诉讼请求提供了相应证据予以证明。合伙人曹某负责合伙的经营及财务凭证的保管，其对卢某主张的利润情况本可以提供直接证据加以反驳，但其拒不提供财务凭证且导致司法鉴定无法进行，在此情形下，法院根据举证责任分配规则，认定卢某提出的合伙利润。
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