江南制造局开办之初，为了满足淮军作战所需，加上李鸿章手里的经费有限，因此主要是生产火炮、枪支、弹药等等，无暇他顾。不过江南制造局的前身旗记铁厂原本以轮船修造为长，而此时曾国藩、李鸿章已经见识到轮船在军事方面运用的好处，因此都考虑“如有余力，试造一二”，以实现自造轮船。

1867年春，时任两江总督的曾国藩上奏清廷，申请在江南制造机自造轮船，并从江海关中每年提取一成洋税作为经费。不久江南制造局就在徐寿、徐建寅父子和华蘅芳等人的主持下，先后设计、建造了“惠吉”、“操江”、“测海”、“威靖”、“海安”、“驭远”、“金瓯”、“保民”等舰船，和福州船政局一样，是当时国内主要轮船制造基地之一，开创了中国近代造船工业的新局面。

不过当时清政府内忧外患不断，对军火需求极大。作为当时中国最大的军工企业，江南制造局生产重点不得不向枪炮、弹药等方面倾斜。在1875年“金瓯”号铁甲蚊子船下水以后，江南制造局将原本就不多的造船经费分出一半用于军火生产，剩下的造船经费只够维持修船业务。

之后除了1885年为南洋水师建造了一艘“保民”号巡洋舰之外，江南制造局停止了造船业务，日常就只有为南洋水师和招商局等维修舰船。这个一度发展势头不错的造船机构，因为经费所困，只能暂时黯然退场，不得不说有些可惜了。