单细胞数据挖掘还有很多工作可以做，不管是公共数据，还是自测数据。2014年，Cell杂志发表题为Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging的研究论文。该研究通过单细胞RNA测序和CODEX多重成像技术，首次构建了人类骨髓微环境的高分辨率图谱，揭示了骨髓中造血和非造血细胞的异质性及其空间组织。研究重点包括：①非造血细胞的多样性-图谱绘制：鉴定出9种转录独特的间充质基质细胞（MSC）亚型。②细胞间通讯：预测了造血细胞与非造血细胞间的相互作用。③空间结构：通过CODEX成像解析了骨髓微环境的解剖学特征，发现早期髓系祖细胞定位于高氧的动脉-骨内膜微环境，而造血干细胞（HSPCs）则靠近脂肪细胞。④疾病应用：在急性髓系白血病（AML）样本中发现间充质基质细胞（MSC）的扩增及其与白血病细胞的共定位。

Fig1展示人类骨髓的单细胞转录组图谱，是研究的基础框架。Fig 1B-D展示 细胞类群组成异质性。UMAP展示82,742个单细胞转录组的分布，涵盖造血和非造血两大谱系。造血细胞包括三系造血（红系、髓系、淋系）和HSPC亚群（如HSC、MPP、CLP等）。非造血细胞包括血管平滑肌细胞（VSMCs）、内皮细胞（ECs）和间充质细胞（MSCs），其中MSCs表现出显著异质性（如Fibro-MSC、THY1+ MSC等）。Fig1C 热图展示不同细胞谱系关键标记基因表达模式（如CXCL12标记间充质细胞，CDH5标记内皮细胞），突出MSC亚群转录多样性。

一般单细胞数据展示，Fig1中细胞类群只是简单的大类群展示。而Cell论文中的Fig1，借助降维图和散点图，极好地展示了细分的细胞亚群，为后续数据深度挖掘奠定了基础。

如果做大类群展示，起码配色要花点心思，不然真的太普通了。