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一项由国际顶尖团队主导的基因组学里程碑研究近日发表于《自然》(Nature)杂志:通过对英国生物银行(UK Biobank)近50万名参与者的全基因组测序(WGS),科学家们构建了覆盖多族裔的超大遗传变异数据库,首次以前所未有的精度揭示了人类基因组中隐藏的“疾病密码”,为精准医疗与复杂疾病研究注入强劲动力。

从外显子组到全基因组:为何WGS是“基因组学的终极拼图”?

过去十年,外显子组测序(WES)因聚焦编码蛋白质的基因区域(仅占基因组1-2%),成为疾病关联研究的常用工具。但它也因“视野局限”备受争议——大量非编码区(调控基因表达的关键区域)、结构变异(如大段插入/缺失)及罕见变异被遗漏。

此次研究团队用数据给出了有力回应:针对UK Biobank 490,640名非芬兰欧洲、非洲、德系犹太、东亚、南亚等多族裔参与者,研究人员利用测序技术生成了覆盖全基因组的测序数据。结果显示:

  • 变异数量远超WES:WGS共识别出超10亿个单核苷酸多态性(SNP)和近1.012亿个小插入/缺失(Indel),其中WES仅能捕获约2.5%的WGS变异(尤其是非编码区、罕见变异及结构变异)。

  • 结构变异的“冰山一角”:每个基因组平均包含7,340个缺失和5,762个插入/重复,影响约3.6兆碱基对的序列。这些结构变异多为罕见(频率<1%),且长度远超常见变异,可能通过改变基因调控或功能区域影响疾病风险。

“如果说WES是‘扫描书的目录’,WGS则是‘逐字阅读全书’,甚至包括书页边缘的批注。”该研究通讯作者、安进子公司Decode Genetics研究员比亚尔尼·哈尔多森(Bjarni Halldorsson)比喻道,“过去我们漏掉了太多‘批注’,而它们可能藏着疾病的真相。”

3991个“新关联”:改写疾病遗传认知

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验证这一超大数据库的价值,研究团队将其与763项二元性状(如有无某种疾病)和71项数量性状(如血压、血糖)的GWAS(全基因组关联研究)结合,发现了3,991个此前未被基因分型芯片或WES捕获的遗传关联。

这些新关联有何特点?

  • 罕见变异的“话语权”:多数新关联涉及罕见变异(频率<0.1%),而这类变异因在人群中占比低,过去常被WES或芯片研究忽略。

  • 非翻译区的“隐藏功能”:部分关联指向基因的非翻译区(UTR)——尽管不直接编码蛋白质,但可能调控mRNA的稳定性或翻译效率,进而影响疾病表型。

  • 多族裔特异性关联:通过多族裔GWAS元分析和表型全关联研究,团队还揭示了部分性状仅在特定族裔中存在的遗传基础,为解决“欧洲人群主导的遗传研究外推至其他族裔时的偏差”提供了关键数据。

“这就像用更高清的显微镜观察基因组,过去模糊的‘阴影’现在清晰成了具体的分子标记。”哈尔多森表示,“这些新发现可能指向全新的药物靶点或诊断标志物。”

开放共享:全球科学家的“基因组宝藏”

此次研究的最大亮点不仅是数据本身,更在于其开放共享的理念。UK Biobank已将全基因组测序数据向全球研究人员开放(通过研究分析平台),预计将推动跨学科、跨机构的合作研究。

“我们期待未来几年内,全球科学家基于这一数据库产出数以万计的新发现。”论文作者团队强调,“从解析HLA、KIR等复杂免疫区域的变异,到揭示红细胞抗原系统的遗传基础,再到探索非编码区在癌症、神经退行性疾病中的作用,这一资源将成为人类理解自身基因组的‘超级字典’。”

美国国立卫生研究院(NIH)基因组学研究所所长埃里克·格林(Eric Green)评价称:“这项研究标志着群体基因组学进入‘全基因组时代’。它不仅填补了WES的盲区,更通过多族裔数据推动了精准医学的公平性——让不同背景的人群都能从基因组研究中受益。”

未来已来:从“数据”到“健康”的转化之路

随着全基因组测序成本的持续下降(据行业预测,2025年单人全基因组测序成本已降至500美元以下),类似UK Biobank的大规模测序项目正加速落地。研究团队指出,未来可探索的方向包括:

  • 跨族裔精细分析:进一步解析不同族裔间遗传变异的差异,优化多族裔疾病风险预测模型。

  • 功能验证:针对新发现的变异(尤其是非编码区和结构变异),通过实验验证其对基因表达或蛋白质功能的直接影响。

  • 临床转化:将遗传标记物整合到常规体检中,实现从“疾病治疗”到“风险预测-早期干预”的转变。

“我们的终极目标不是发表更多论文,而是让更多人因基因组研究更健康。”哈尔多森说,“当全球科学家共同挖掘这一数据库时,我们离‘精准预防’的愿景又近了一步。”

从50万人的全基因组数据中,科学家们不仅看到了人类遗传多样性的复杂图谱,更触摸到了“解码疾病、守护健康”的未来轮廓。这场由UK Biobank引领的基因组革命,或许正改写人类对抗疾病的规则。

原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-025-09272-9

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