崇祯十六年八月初，北京就爆发了一场持续4个月的大鼠疫（1643年8-12月）。这次鼠疫是从河北传过来的，崇祯十五年在天津就已经爆发过。关于这次鼠疫，记录文献很多。诸如“京师大疫，死亡日以万计”、“京师大疫，死者无算。”等。1644年的一份报告甚至说：昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。九门计数，二十余万也。
等于是北京人口一下死掉了20%！
更加可怕的是战斗人员的损耗。北京周边有三大营京军，但是在鼠疫面前，不堪一击。10万京军一下死了5万，战马从27000匹减少到1000匹。活下来的5万人也“鸠形鹄面，充数而已”。根本没有战斗力了。
鼠疫最猖獗的崇祯十六年十月初三，北京收到消息，孙传庭战死，李闯攻陷西安。明末最后一支听话的、专注剿寇的军队被歼灭，最后一个忠于崇祯的督军战死。《明史》称:“传庭死而明亡矣。”从此以后，崇祯丧失了对全国军队的节制权力，明朝的崩溃进入倒计时。
崇祯十六年十二月初八，李自成先头部队李友、白鸠鹤部率先渡过黄河，直逼山西全境。
崇祯十七年正月初八（1644），李自成主力部队全部进入山西，众达百万。此时，陕西北部、邻近的蒙古鄂尔多斯部得到了消息，给满清报信。接到消息后，多尔衮写了封回信，想和农民军结盟，还不知道这信该写给谁，只能用“西据明地之诸帅”来称呼闯军。
正月二十三，李自成抵达山西平阳。
二月初五，崇祯在德政殿召见吴三桂的父亲吴襄，正式商议调兵大计。
二月初六日，大顺军进抵太原城下。晋王朱求桂拿出三千两银子，送到城头“募死士杀贼”，山西提学黎志陞却从中尅扣，用纪功纸票代替现银，官军士气更加低落。
二月初八日凌晨，巡抚标营神将张雄开新南门投降，大顺军遂占领太原。朱求桂被活捉，蔡懋德自杀，布政使赵建极、巡宁道毕拱辰、守宁道毛炳文、督粮道蔺刚中、太原知府孙康周等都被处死。黎志陞被俘后，跪在大顺军将领面前口称:“本道历任三月，尚未入考棚”，竭力为自己洗刷。已投降大顺军的文士韩霖也为之吹嘘说，“此天下文章士也”。大顺政权当即加以录用，让他主持考试，选拔文官。
二月初九，因太原沦陷，北京震动。蓟辽总督王永吉、顺天巡抚杨鹗建议提调吴三桂保卫京师。
二月十六日，李自成统率大军北上进攻宁武。在攻克太原后向北京进军途中，李自成发布了著名的永昌元年诏书，全文正式昭告了预备改朝换代的决心。
二月二十日，大顺军过雁门关，二十一日攻宁武，二月二十二日攻克。山西总兵周遇吉城破后，与李自成军队巷战，被俘后惨遭农民军乱箭射杀。这是大顺军北伐遇到的唯一战役。
二月二十七日，崇祯帝在文华殿召开紧急会议，征调吴三桂“勤王”，内阁陈演、魏藻德两人不敢同意，因为吴三桂的关宁铁骑守着宁远城。如果因为调其来京，满清趁机入关，弃守国门之罪何人敢担？以致此事一延再延。
三月初一，大顺军抵达大同，全城人心浮动均想投降，但明朝代王朱传烧却责令守城。大同总兵姜壤自知力量单薄，难以抵敌，遂开门投降。大同巡抚卫景瑗被俘，由于他薄有令名，李自成恳切地开导他:“我米脂一民耳，今日至此，天命可知，尔真好官，尔降仍用尔抚大同。”过了三天，李自成见他不肯投降，爽朗地说，“尔真忠臣，我且驿乘送尔还家。”卫景瑗却死心塌地要为明王朝“杀身成仁”，请求速死。李自成说:“我必不杀尔。”卫景瑗唯恐做不成忠臣孝子，自己跑到海会寺自刭而死。李自成得报后仍然给了五十两银子，派人把卫的丧柩送回韩城老家。对于明朝代藩，李自成却毫不手软，下令杀了朱传烧全家。
三月初四，崇祯帝终于决定亲自下诏放弃宁远城，征调吴三桂、王永吉、唐通、刘泽清护卫京师。
三月初六，大顺军主力到达宣化，宣府巡抚朱之冯妄图负隅顽抗，在城头勒令军士同义军作战，“军士抱手默然无动者。盖一切大炮之火线已绝其火，门已俱塞实，不能发矣。”朱之冯见大势已去，急得仰天大哭。宣化总兵王承胤分守南城，当即大开城门迎接义军入城。“满城结彩，或帛或布，无者继以纸。百姓胸前皆粘'顺民’二字,焚香跪接。”朱之冯自缢而死。李自成巡视全城时，王承胤“跪之前称贺”，面有德色。
三月初八，宁远城的吴三桂终于收到了崇祯的撤军命令，放弃山海关外的全部土地，立即回京师勤王。
三月十二，关宁军离开宁远城，缓缓撤往山海关。一眼望不到头，且人数庞大，扶老携幼，哭声震天，军民混杂的队伍严重影响了行军速度。关宁骑兵原本2天的路程，足足走了7天之多。
三月中旬，满清前线士兵侦知吴三桂放弃宁远城进关，上报后，多尔衮判断关内出了大事，开始全面动员，进行有计划的准备。
三月十五日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。
三月十八日，锦衣卫指挥佥事王世德所作《崇祯遗录》说：“外城西南隅，地名烟阁，皆回回所居。十八日，贼攻广宁门急，群回倡乱开门，外城遂陷。次日，贼自东直门角楼缘城而上，大城遂陷。野史云宦官献城，非也。”居住在北京外城西南的某些族群率先打开了东直门，闯军从东直门爬上来，外城顿时陷落。
三月十九日，崇祯想便装逃亡城外，但城门不开。甚至守城的士兵向皇帝开炮，说是闯军偷门。崇祯无奈，砍伤公主，勒令皇太子便装出逃，周皇后上吊自尽。自己带着太监王承恩在城内转悠，最后来到煤山上，自缢身亡。吴三桂的几十万人刚刚全部撤入山海关。大顺军占领北京，明太子朱慈烺降顺。李自成下令搜索崇祯下落。
三月二十日，李自成下令所有明朝官员于次日报到，降者录用，愿回籍者自便，藏匿城内者斩。大顺军彻底占领全城，弹压乱兵，恢复秩序。通州、密云、天津、涿州明军投降。吴三桂、黎玉田从山海关前出到丰润，得知北京失守消息，研究讨论下一步行动。
三月二十一日，李自成于文华殿接见明朝降官，众降官上表劝进。从天牢中释放并启用被崇祯囚禁的众官员。崇祯的尸体被发现。
三月二十二日，李自成下令以帝礼葬崇祯，以王礼祭，封朱慈烺为宋王，其二弟为公爵。
三月二十四日，确立新官制。派遣赵应元、郭升、董学礼平定山东、徐州，派遣刘日恭招降黄得功、高杰、刘肇基、刘伊盛、徐大绶五将。吴三桂宣布投降大顺，进京朝见李自成。
三月二十五日，刘芳亮南下占领保定。
三月二十六日，刘宗敏、牛金星率领文武百官劝进。吴三桂却突然停止向北京进发。
三月二十七日，开始向勋贵、太监、锦衣卫、三品以上高官追赃助饷。李自成派唐通率八千军队接管山海关防务，携带吴三桂之父吴襄的书信及白银一万两、黄金一千两、锦缎一千匹前去招降吴三桂，许诺父子封侯。
三月二十九日，唐通与吴三桂、黎玉田接触，吴黎二人决定投降。黎玉田被委任为四川节度使。
四月一日，牛金星开始筹备登基典礼。驱逐明宫太监出城。刘宗敏下营组织操练。
四月四日，黎志陞主持开科举。吴三桂突然袭击唐通，派杨坤、郭云龙联络清军。多尔衮召回在盖州汤泉休养的范文程回沈阳，范文成说动多尔衮出兵。
四月八日，李自成下令停止追赃助饷。清廷决定出师。吴三桂叛变消息传至北京，李自成召开军议，准备平叛，委任田虎、张鼐、白广恩先行，白鸠鹤占领天津，控制海道。
四月九日，文武百官第四次劝进，李自成同意。李自成接见北京郊外百姓代表。多尔衮率领清军从沈阳誓师向山海关进发。
四月十日，大顺军先头部队接近山海关。
四月十二日，李自成召开军议，暂停登基典礼筹备，决定亲征山海关。
四月十三日，李自成留牛金星、李友、罗戴恩等率辎重部队万人留守北京，亲自率刘宗敏、李过、任继荣、刘希尧、谷可成、张能、杨彦昌、周凤梧、左光先、梁甫、官抚民等部出征山海关。李自成命吴三桂之父吴襄及崇祯的三个儿子随行，欲让他们劝降吴三桂。
四月十四日，大顺军抵达通州。
四月十五日，吴三桂派人至李自成营中诈降，李自成中计，放缓行军速度。多尔衮遇到吴三桂使者，下令改变行军路线，兼程前往山海关。
四月十九日，大顺军打败吴三桂，吴三桂败回山海关。
四月二十日，大顺军追至山海关，吴三桂向多尔衮告急。
四月二十一日，大顺军猛攻山海关，吴三桂抵挡不住。清军抵达山海关外欢喜岭。
四月二十二日，吴三桂的部下开始向大顺军投降，吴三桂见大势已去，率五百敢死队突围至清军大营，剃发投降。清吴联军向大顺军进攻，经过一番激战，刘宗敏重伤，周凤梧、官抚民阵亡，兵政府尚书喻上猷被俘，大顺军士兵及随军民夫死者数万。吴三桂部死伤两万余人，总兵何进忠被击毙。清军伤亡不详，镶红旗满洲副都统萨素喀及拖钮、阿喇穆、布尔赛、鄂哈、马纳海、莽郭、扎叟尔额布亨、巴拜、恩克伊、饸萨、留哈等将领被击毙，正红旗满洲都统叶克书重伤。
四月二十四日，吴襄被处决。
四月二十五日，李自成率领七千骑兵先行返回北京。山海关战败的消息传回北京。山海防御使张若麒献永平降清。
四月二十六日，李自成返回北京，乱兵在城内抢劫，李自成下令弹压。
四月二十七日，大顺军加固北京城防。吴襄全家被处决。
四月二十八日，众官请求李自成速行登基典礼，李自成不允，最终因刘宗敏坚持而同意。
四月二十九日，李自成举行登基典礼，通知百姓出城躲避清兵，烧毁皇宫部分建筑。
四月三十日，大顺军第二次通知百姓出城躲避清军，放弃北京撤退。
五月初二日，吴三桂追击李闯王，追过房山琉璃河。李自成复走西安。所过山西郡邑，多有闭城拒者，闯辄攻破，屠之。
五初三日，多尔衮率清军大队驾临北京。
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