这件事情的根源还要追溯到朱元璋，洪武元年（公元1368年）正月，朱元璋在应天登基称帝，此时明军尚未攻克元大都，尽管应天是天下财赋汇聚之地，但朱元璋认为南京距离北方前线过于遥远，朝廷调度指挥颇为不利，而且历史上定都于此的朝代皆国祚不久，心中深以为忌，因此当大臣们提议在汴梁（今河南开封）建都时，朱元璋还亲自前往考察并一度下诏实行两京制，
然而当徐达攻克元大都的捷报传来时，群臣再度建议利用元朝宫室定都北平，但朱元璋认为战乱初平，若在北平或长安洛阳大兴土木势必劳民伤财，最终，他将目光投向了自己的家乡今安徽凤阳，他力排众议执意在此修建中都，这项浩大工程持续六年终因耗费巨大不得不半途而废，
经此挫折，朱元璋才于洪武十一年（公元1378年）下诏正式定南京为京师，为弥补都城远离前线的缺陷，朱元璋将包括燕王朱棣在内的九个儿子分封在漫长的边境线上，洪武十三年（公元1380年）朱棣就藩北平，朱棣本人有勇有谋，他与秦晋二王共同承担起北方边防，屡次出征，在军中积累了极高的威望，也让他对定都南京带来的指挥不便有了切身体会。洪武三十一年（公元1398年），朱元璋驾崩，建文元年（公元1399年），朱棣在北平起兵，发动了靖难之役，建文四年（公元1402年），朱棣登基改元永乐，然而他进入南京时迎接他的建文旧臣寥寥无几，更多的则是逃亡或者当面斥责甚至图谋行刺，朱棣采取了极其残酷的镇压手段，这种环境让朱棣感到极度不安与压抑，他内心深处对南京产生了排斥，于是迁都的念头在军事需求与个人心理的双重驱动下变得日益迫切。
永乐元年（公元1403年），礼部尚书李至刚上奏，称北平乃皇上承运龙兴之地应升格为京都，此举正中朱棣下怀他当即准许，拉开了迁都的序幕，与此同时为了充实北京人口与经济，朱棣多次下令从各地移民至北平。然而靖难之役严重破坏了社会经济，税收较洪武朝高峰期明显减少，而且连接南北的大运河自洪武末年便已淤塞不通，因此尽管朱棣在永乐四年（公元1406年）曾下诏预备次年营建北京宫殿，并派遣工部尚书宋礼等人赴四川湖广等地采伐巨木，但工程不久便因条件不成熟而放缓。但朱棣是一位意志坚定的统治者，永乐七年（公元1409年）朱棣首次北巡北京，此次北巡他带着一个精简而核心的朝堂班子，这表明皇帝的北巡是将部分行政中枢迁移到北京，此后朱棣又多次并长时间的驻跸北京，帝国的权力中心已然北移。
与此同时，漕运疏通工程也在全力推进，当这些基础条件日渐成熟，朱棣迁都的决心也愈加公开化，永乐十四年（公元1416年），朱棣召集群臣正式商议营建北京城事宜，于是这项空前浩大的建筑工程全面启动，据记载，为营建北京城，全国征调了超过二十万能工巧匠，以及上百万的军民，经过三年多的艰辛劳作，永乐十八年（公元1420年），北京宫殿群终于竣工，朱棣正式颁布迁都诏，永乐十九年（公元1421年）正月初一的元旦大朝会便成为了在全新都城举行的第一个国家大典，标志着迁都的全面完成。
然而迁都并非一帆风顺，反对之声始终存在，迁都当年四月，新建的奉天华盖谨身三大殿因雷击起火，这被许多反对迁都的官员视为上天示警，纷纷上书批评迁都劳民伤财，强烈要求还都南京，但朱棣强硬驳回了这些意见并严厉处置了主事者。
纵观朱棣迁都北京的历程，南京关联着篡位的不安与血腥的记忆，迁都有助于摆脱南方旧臣势力的牵制，巩固以北方为基础的统治集团，从军事战略角度看，迁都是以天子守国门，皇帝直接掌控庞大的边防军队应对蒙古势力的威胁，定都于此不仅有利于控制中原更能经略东北，这一抉择的影响极为深远，它确立了此后长达五百多年的首都格局，极大加强了对华北东北和西北地区的控制，历史证明了朱棣的迁都是一次深刻改变历史走向的战略布局，眼光之长远魄力之雄浑至今仍令人感慨深思。
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